| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,995,399 | 0 | A | C | 35.0% | 162.7 / 20.1 | 80 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase sigma factor FliA/H48 family flagellin FliC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/5); new base C (0/28); total (47/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.16e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTTCCACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGCCAACAC > NZ_CP009273/1995150‑1995647 | gTTCCACGCTCGCGGGCAGTCGCACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGCGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGCATAGAGCGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGTCGCTTCGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGGTACAGGTAAATTCC‑AGGAAGaaaaaa‑a > 2:822452/1‑250 (MQ=255) gCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCccgcc > 1:638499/1‑250 (MQ=255) cTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCccgccg > 1:606604/1‑250 (MQ=255) gAACCTGGAGGCGCAGTGCTCCGGGACGCACGAGCGGGACATACCGCGGCCACAGGGGGTGTTTATCCATTACCCCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCTTTATATGATTTATCGGCTTAATTATCCGTTTCTGGGGGGTTTTTAATCGGAGGATTGGGGGGTGAAATGGGGGGTTTTTTGGGGTTTAGGGGTAAATTCC‑AGGAAAAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGc < 2:456441/250‑1 (MQ=255) cTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGt > 1:369755/1‑250 (MQ=255) ggcgggCGCAATGCTCCGGGACGCCCCAGCGGGACATACCGCTGCCACAGCGAGTTTTTATCCATTACCCCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCTTTATATGAGTTATCGGCATGATTACCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAATGAGGGGTTATTGGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGtt < 1:871582/246‑1 (MQ=255) cgcAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTCCCCCTTCAGCGGTATAGAGTAAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTGGGGGGTTACAGGTAAATCCC‑AGGCAAAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGAc < 1:934505/250‑1 (MQ=255) cgcAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCCAGTTGCTgg > 2:102102/1‑248 (MQ=255) gagACATAACGGGGCAAAAGGGATTGTTTATCCATTCCACCTTCAGGGGTATAGGTTAAAT‑TAACAATAAACAGCCCTGCTTTATAGGAGTTAGCGGAATGATTATCCTTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTGAAATGAGGGGTTTTTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGAAAAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGAt < 2:93636/248‑1 (MQ=255) accGCTGCCACAGCGAGTTTTTATCCATTACCCCTTCAGCGTTATAGAGGGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGTGTTATATGAGTTATCGGCATGATTACCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAAGCGGACGATTAGGGGGTAAAATGAGGGTTTTTTGGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAAAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGt < 1:93868/248‑1 (MQ=255) cTGCCATAGCGAGTGTTTATCCTTTACCCGTTCAGCGGTATAGAGTAAAT‑TCACGAAAAACAGCCGTGTTTTATATGAGTTTGGGGCATGTTTATCCTTTTCGGCGGGTTTTTAAAGCGGACGATTGGTGGGTGAAAGGAGGGTTTTTTTGGGGGTTAAAGAAAAATTCC‑AGGAAAAAAAAC‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAAc < 2:472988/250‑1 (MQ=255) cTGCCACAGCGAGTTTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGATTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAAGCGGACGATTAGTGGGTAAAAGGGGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATCCC‑AGGAAAAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAAc < 1:540606/250‑1 (MQ=255) cTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAAc > 1:793956/1‑250 (MQ=255) 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aTCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACa > 2:644285/1‑249 (MQ=255) tCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaa > 2:910039/1‑249 (MQ=255) ccATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaa > 2:590056/1‑249 (MQ=255) aTTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAt > 1:505256/1‑250 (MQ=255) ttACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAtg > 1:426912/1‑250 (MQ=255) tcctccTTCAGCGGTAAAAAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCTGGCGTTATATGTTTTATGGGCATGTTTATCCGTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGAACGATTTGGGGGTAAAAGGGGGGTTTTTTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAAAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAt < 2:146878/244‑1 (MQ=255) acCTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGc > 2:63265/1‑249 (MQ=255) ccTACAGCTGTATAGAGTGAAT‑TCCCGATAACCGGCCCTGCTTTATAGTGTTTATGGGATTTATTATCCTTTTCTGCAGTGTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTAAAATGGGGGTTTTTTTGGGGGTTACAGGTAAATCCC‑AGGCAAAAAAAA‑CCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCaa < 2:336115/250‑1 (MQ=255) cTTCAGCGGTATAGAGTGAAT‑TCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGCAGAAAAAA‑ACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCaaa > 1:951389/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |