| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,145,111 | 0 | C | A | 35.4% | 107.9 / 16.5 | 48 | A149E (GCA→GAA) | yegJ | DUF2314 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/16); new base A (1/16); total (16/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.42e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGATAACCGATCACGGAAGAACCGAGCATTTCTGGCTTACGGATGTCACTTATTCTAACGGCATGTTTATTGGCGTAATCAGCAATGACCCTGGTATTGTTACAAACGTAGAATATGGCCAGGAGTGGAAAATCAAGAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAA‑TTTACGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACC‑TATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAG > NZ_CP009273/2144862‑2145358 | cGATAACCGATCACGGAAGAACCGAGCATTTCTGGCTTACGGATGTCACTTATTCTAACGGCATGTTTATTGGCGTAATCAGCAATGACCCTGGTATTGTTACAAACGTAGAATATGGCCAGGAGTGGAAAATCAAGAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAA‑TTTACGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACC‑TATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGc < 1:896822/250‑1 (MQ=255) 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1:788747/1‑157 (MQ=255) agaagCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTTTTGTCTTTAAACGCCATGAGAAAATCCCTCTGCCCACAACGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTTCCGCCGGGCGGGGCAAAAAATGCTTTTACAATTTTGGTAGTAAATCGAGTTGTTTCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACgggggg > 2:213469/1‑247 (MQ=255) aagCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTTTTGTCTTCAACCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAAAGTTTTATCATCATCCGTAAGCCCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAAAAATTTAGGTAATAAATAGAGTTGTTTCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACggggga > 1:893438/1‑245 (MQ=255) agcaggcgagaaaaGAGAAAAATTGTTTCTATAATCAGCCTTTATTTTTTTTGTTTAAGCTGGC‑GGTTGATTTGTTGTCTCCACCCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTaaaga < 1:87349/238‑1 (MQ=255) 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CGATAACCGATCACGGAAGAACCGAGCATTTCTGGCTTACGGATGTCACTTATTCTAACGGCATGTTTATTGGCGTAATCAGCAATGACCCTGGTATTGTTACAAACGTAGAATATGGCCAGGAGTGGAAAATCAAGAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAA‑TTTACGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACC‑TATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTGTTGTCTTCAACCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAG > NZ_CP009273/2144862‑2145358 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |