Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,145,167 | 0 | G | T | 39.1% | 32.1 / 10.3 | 46 | intergenic (+40/+25) | yegJ/pphC | DUF2314 domain‑containing protein/protein‑serine/threonine phosphatase PphC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/13); new base T (6/12); total (21/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.13e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CGGCATGTTTATTGGCGTAATCAGCAATGACCCTGGTATTGTTACAAACGTAGAATATGGCCAGGAGTGGAAAATCAAGAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAA‑TTTACGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACC‑TATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATACCATCCGTAAATGC > NZ_CP009273/2144920‑2145407 | cGGCATGTTTATTGGCGTAATCAGCAATGACCCTGGTATTGTTACAAACGTAGAAAATGGCCAGGAGTGGAAAATCAAGAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAA‑TTTACGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACC‑TATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAAttgtt < 1:935850/250‑1 (MQ=255) ggCATGTTTATTGGCGTAATCAGCAATGACCCTGGTATTGTTACAAACGTAGAATATGGCCAGGAGTGGAAAATCAAGAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAA‑TTTACGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACC‑TATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAAttgttg < 2:394923/250‑1 (MQ=255) tttATTGGCGTAATCAGCAATGACCCTGGTATTGTTACAAACGTAGAATATGGCCAGGAGTGGAAAATCAAGAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAA‑TTTACGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACC‑TATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTGTTGTCTTCa < 2:375147/250‑1 (MQ=255) ttGGCGTAATCAGCAATGACCCTGGTATTGTTACAAACGTAGAATATGGCCAGGAGTGGAAAATCAAGAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAA‑TTTACGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACC‑TATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTGTTGTCTTCAA‑CCg < 2:283619/250‑1 (MQ=255) tttaaaaaaCGTAGAATATGGCCAGAGGTGAAAAATAAAAAAAAAAGATATTACAGACGGGATGTATACGCGCGGGAAAAAAA‑TTTACGGGGGTTATCCTTTTGTTCTTTTTTTGGTCCCC‑TACCAAAAAAAAGAAGCGGAGGATCAAAAAAAAAAATTAGTTCGCTAATCAGCTTTTATATTTATTTTTAAAACGGGG‑GGTTGAATTGTTGTCTAAAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAgc < 2:340849/243‑1 (MQ=255) ataaaaaTATGGCGGGGAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAGATTTTTCAGACTGGATGTACCCGGGCGGGAAAAAAT‑TTTAGGGCGTTTATACCATTAATCCTTTATGGTCCACT‑TACCAAAAAAAAGAAGCCGAGGAGCAAAGAAAAAAATTAGTTCGATAATCAGCCTTTATTTTTTTTTTTAAACCGGGC‑GTTTAAATTTTTGTCTCCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCa < 2:84468/245‑1 (MQ=255) gaaaaaTAGGGCCAGGAGGGAAAAATAAAAAAAAAAGATATTTAAGACTGAATGTATCCGCGGGGGAAAAAAA‑TTGACGGGGTTTATACCATTAATCTTTTATGGGTCCCC‑TACCAAAAAAAAGAAGCCGACGAGCAAAGAGAAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTTTTAAAACGGGC‑GGTTGAATTGTTGTCTTAAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCaa < 1:904516/246‑1 (MQ=255) agaagagggaaaGGAGTGAAAAAAAAAAAAAGAGGATATTGAAAACGGGATGTATCGGCGCGGGAATAAAA‑TTTAGGGCGTTTATCCGTTTGATCTTTTAGGGACCACC‑TACCAAAAAGAAAAACCCGACGAGAAAAGAAAAAAATGATTCCGCTAAACGCCCTTTATATTTTTTTTTAAAACGGGC‑GTTTAAATTGTTGTCTACAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACg < 2:855431/239‑1 (MQ=255) aGTGAAAAATAAAGAAAGAAGATATTACAGACTGTATGTATACGCGGGGGGATAAAA‑TTGACGGGGGTTATACCATTGATCTTTTATTGGTCCCC‑TACCCAAAAAAAGAACCCGACGAGCAAAGAGAAAAATTAGTTCGCTAACCAGCCGTTATATTTATTGTTAAAACTGGC‑GGTTAAATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATcc < 1:903497/250‑1 (MQ=255) gaTTTTTCAGATGGGATGTATACGCGGGGGAAAAAAA‑TTTACGGCGTTTATCCCATTGATCTTTTATGGGTCACC‑TACCAAAAAGAAAAGGCCGACGAGCAAAGAGAAAAATTAGTCCGTTAATCAGCCGTTATATTTTTTGTTAAAACGGGC‑GTTTGATTTTTTGTCTCCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCgg < 1:12734/250‑1 (MQ=255) gcgaaCTTGATGTAGCCGCGAGGGTATAAAA‑TGTGCTGCTATTATCTCTTTGAGCCTTTTTTGGTCCCT‑TACCAAAAAAAAAAAGACGACTGAAAAAGGGAAAATTTGTTTCGTTACTCCCCTGTTATTTTTATTGTATAACCTGGC‑GGTAAAGTTTTTCTCTTGAT‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACGGCGCCAGTGCCATCGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTgg < 2:363897/245‑1 (MQ=255) atccgggggggAAAAAATTTTACGGCGTTTATACATTTGATCTTTTATTGTTCCCC‑TACCAAAAAGAAGAAGCCGACGAGCAAAGAAAAAAATTAGTCCGCTAATCAGCCGTTATTTTTATTGTTAAAACGGGC‑GGTTGATTTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCtt < 1:634386/242‑1 (MQ=255) gggaaaaaaa‑TTTAGGGCGTTTTTCCCTTTGATCTTTTATTGCCCCCC‑TACCAAAAAAAAAAACCCGACGAGTTAAAAGAAAATTTTGTTCTCAAACCACCCTTTATTTTTTTTGTTAAACCGGGC‑GTTTGATTTTTTGTCTTCAC‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTc < 1:559855/244‑1 (MQ=255) aaTAAAT‑TTTGCGGGGTTTATTCCTTTGATCTTTTTTTGCTCCCT‑TACCAAAAAAAAGAGGCCGACGAGCAAAGAAAAAAATTGTTTCGCAAATCAGCCGTTATTTTTATTTTTTAACCGGGC‑GGTTAATTTGTTGTCTTAAC‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAgg < 1:955888/249‑1 (MQ=255) aa‑TTAACGGCTGTTATACATTTGACCTTTTATTGGCCCCC‑TACCAAAAAAAATAGCCCGACAAGTAAAAAGAAAAATTATTTCGCTAACCGGCCTTTTTATTTTTTTTAAAAACGGGG‑GTTTAATTTGTTGTCTCCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGtaata < 2:767396/250‑1 (MQ=255) ggcggTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACC‑TATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTGTTGTTTTCAA‑CCGCCCTGAGAAAATCACTCTGCCCCCAGCGCCAGTGCCAACGGTTTTTTATCATCCGTACGCCCGTTTTCCGCCGGGGTGGGCAAAAAATGCTTTTACAAATCAGGGAATAAAACGAg > 1:657452/1‑250 (MQ=255) ggtttATACATTTGATCCTTATTTGGCCACC‑TAACAAAAAAAAGAAGCCGACGAGAAAAGAGAAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCTTTATTTTTATTTTTAAAACGGGC‑GGTTAATTTGTTTTCTTAAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAgtt < 2:86610/247‑1 (MQ=255) ttATACCATTGATCCTTTATTGGTCACC‑TATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTTGATTTTTGTTTTCCA‑CCCCCCTTAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTTTCATCATCCGTACGCTCGTTTATCCCCGGGCTGGACAACAAATGCTTTAACAATTTAGTGAATAAATCGAgttttt > 2:583645/1‑250 (MQ=255) tataCCATTGATCCTTTATTGGTCACC‑TATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTTTTGTCTTCAA‑CCGCCCTGAGAAACTCAATCTCCCCACACGGCCCCTGCCAACGCTTTCTTATTATCCGTACGCCCGTTTTACCCCGGGCTGGACCAAAACTGCTTTAATAATTTAGGGTATAAATCGAGTTGTTc > 1:804918/1‑250 (MQ=255) taTTGATCTGTTATTGGTCACT‑ACTCCAAAAGAAGAAGCAGAAGAGCTAAGACAAAATTTATTCCGCAAAGCGGCTGTTATATTTATTG‑TTAAAATGGCGGGTAGAATTTTTGTCTTCAG‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCg < 1:202254/249‑1 (MQ=255) gtCCTTTTTTGGTCCCCTTACCAAAAAAAAGAACCCACCGAGCAAAGAAAAAAATTATTTCCTTAATCGCCCTTTTTATTTTTTTTTAAACCGGGC‑GGTTGATTTTTTTTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTtg < 1:415086/248‑1 (MQ=255) tttATTGGTCACC‑TATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTTTTTTCTTCCA‑CCGCCATGAGAAAATCACTCTGCCCACAACGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACCAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCAAGGTGTTCCTGCGTTGCTgccg > 2:895129/1‑250 (MQ=255) aTTGGTCACC‑TATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTGTTTTCTTTAA‑CCGCCATGAGAAAATCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTTCCGCGGTGCTgccgccc > 1:588052/1‑249 (MQ=255) cACC‑TATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTTAATTTTTGTCTTCAA‑CCGCCCTTATAAAATCACTCTGCCCCCACCGCCCGTGCCAACGTTTTTTCATCCTCCCTACGCCCGTTTACCTCCTGGCTTGGCAAAAACTGCTTTTACACTTTAGGTTATAAATAGAGTTGTTCCTGCAGTGCTGACTCCCGTcccc > 2:937421/1‑248 (MQ=255) aCC‑TATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGGGCCAACGGTTTATCATCATCCGTACGCCCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGGTGTTCCTGCGTTTCTGCCGCCAGTCCAtt > 1:735313/1‑250 (MQ=255) cc‑TACCAAAAAAAAAAAGCCGACTATTAAAAAGAAAATTTATTTAGCTAACCGTCCTTTATTTTTAGTGTTAAAACGGGG‑GTTTGAATTTTTGTTTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTg < 1:735348/250‑1 (MQ=255) aaaaGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCt > 1:788747/1‑157 (MQ=255) agaagCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTTTTGTCTTTAA‑ACGCCATGAGAAAATCCCTCTGCCCACAACGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTTCCGCCGGGCGGGGCAAAAAATGCTTTTACAATTTTGGTAGTAAATCGAGTTGTTTCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACgggggg > 2:213469/1‑247 (MQ=255) aagCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTTTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAAAGTTTTATCATCATCCGTAAGCCCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAAAAATTTAGGTAATAAATAGAGTTGTTTCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACggggga > 1:893438/1‑245 (MQ=255) agcaggcgagaaaaGAGAAAAATTGTTTCTATAATCAGCCTTTATTTTTTTTGTTTAAGCTGGC‑GGTTGATTTGTTGTCTCCAC‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTaaaga < 1:87349/238‑1 (MQ=255) agCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTGTTGTCTTTAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCCCAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTaaag > 1:682699/1‑249 (MQ=255) ccGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGGATTGTTTTCTTCTA‑CCGCCATTAGAAAACCACTCTTCCCACAGCGCCCGCGCCCACGCTTTATCATCATCCGTACGCTCGGTTACCGCCCGGCCGGGCAAAAAATTCTTTAAACATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTTCCGCGTTGCTGTCGCCAGTCCATTTAAAAACGGGGGaaaaaa > 2:21720/1‑249 (MQ=255) cgacgaGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGGTGAATTGTTGTTTTCAA‑CCGCCCTGAGAAAATCACTCTGCCCCCAGAGCCAGTGCCAACGTTTTATCCTACTCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGGTGGAAAAAAAATGCTTTAACAATTCCGGTAATAAATCGAGGTGTTCCTTCGTTGCTGCCCCCAGTCCATTTAAAAAAGGGGGgaaaaaag > 2:992614/1‑250 (MQ=255) acgaGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTAGAGTGTTGTGTTTAA‑ACGACATGTGAGAAGCATTTCGCCCCCAGCGCCAGTGTCCACGCTTTTGCAGTTTCCCCACGGACCGATAACACCCGGCAGGAGCAAAACTGGTTTCACAAATTCGGTTATAAACACGGTTGTTACCGCGGTTGGGCCCCCCGTCCATTGGATAACGGGGTAAAGAAAGGc > 2:690346/1‑250 (MQ=255) gaaaatTTAGTTCGCTATTCAGCTGTTATATTTATTTTTAAAGCGGGC‑GTTTTATTTTTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGgaga < 1:210034/248‑1 (MQ=255) gCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGGATTGTTTTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAAATCACTCTGCCCCCAGCGCCAGGGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATgaggag > 2:133503/1‑249 (MQ=255) gTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGGATTGTTGTCTTCAA‑ACCCCATGAGAAAATCACCCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGGTTTTTCATCATCCGTAAGCCCGTTTACCGCCGGGCGGGGAAAAAACAGCTTTAACAATTCAGGGAATAAATTCAGGTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGGGAAGAAAGGCAAATGAGGGGGATTATTCac > 2:334578/1‑249 (MQ=255) gCTAATCCGCCTTTTTTTTTTTTTTTTAAACTGGC‑TGTTAAATTTTTTTCTTCAC‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCata < 1:278736/250‑1 (MQ=255) taagcaccttttATATTTTTTTTTAAAACGGGG‑GGTTAATTTGTTGTCTCAAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCatat < 1:640217/239‑1 (MQ=255) aatcgccttttATTTTTTTTGTAT‑AACGGGG‑GGTTGAATTTTTTTTCTCAACCCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGCAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATAttt < 2:869684/241‑1 (MQ=255) caccctttATTTTTTTTTTTAAAACGGGC‑GTTTAATTTGTTTTCTCCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAAc < 1:783096/244‑1 (MQ=255) gTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTGTTGTCTTCAA‑ACGCCCTGAGAAAAACACTCTGGCCACAGCGCCAGGGCCAACGGTTTATTATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGGTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGGAAAAAAACGAGGTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCCGTCCCTTGAAAAAAGGGGTGAAAAAAGGCACAAGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGcc > 2:109150/1‑248 (MQ=255) ttttttttttttAACCGGGC‑GTTTGATTTTTTGTCTACAC‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCg < 1:819623/247‑1 (MQ=255) tGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATaa > 1:634395/1‑249 (MQ=255) cTGGC‑GGTTGAATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATACCATACGt > 2:717165/1‑249 (MQ=255) c‑GGTTGAATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATCCCATCCGTAAAtg > 2:239019/1‑250 (MQ=255) gtgtGAATTTTTTTTCTCAACCCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATACCATCCGTAAAtg < 1:250916/247‑1 (MQ=255) ggTTGAATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATACCATCCGTAAAtgc > 1:945266/1‑250 (MQ=255) | CGGCATGTTTATTGGCGTAATCAGCAATGACCCTGGTATTGTTACAAACGTAGAATATGGCCAGGAGTGGAAAATCAAGAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAA‑TTTACGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACC‑TATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAATTGTTGTCTTCAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCTCGTTTACCGCCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAATCGAGTTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATACCATCCGTAAATGC > NZ_CP009273/2144920‑2145407 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |