| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,941,210 | 0 | C | T | 33.3% | 135.5 / 27.2 | 72 | E40K (GAA→AAA) | hdfR | HTH‑type transcriptional regulator HdfR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/39); new base T (24/0); total (33/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTGCTGACTGGGTCAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAACTTCC‑‑AGGAAAG‑TTTTTAACAATTCCGTATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAAAGAATTAGGAGCGTGCAGGATGGCGGAAAGCT > NZ_CP009273/3940961‑3941458 | aCTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTc < 1:196847/250‑1 (MQ=255) tAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAg < 2:149307/249‑1 (MQ=255) gCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGt < 1:466710/250‑1 (MQ=255) cTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCt < 1:165194/250‑1 (MQ=255) gTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGTGGAAAAGGGCACACCCAGGTGATTTTTCTGTTGTTTgt > 2:473442/1‑249 (MQ=255) ggCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCg < 1:668133/249‑1 (MQ=255) aTCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGTGAAAAAGTTAACAACCAGGTGGTTTTCCAGTTGTCTGGtttcaaaa > 1:913844/1‑244 (MQ=255) tCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGc < 1:98394/250‑1 (MQ=255) aTTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCa < 1:489605/248‑1 (MQ=255) ttGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCACACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGTGAAAAAGGTTACACCCCATTGTTTTTTTTGTTGTTTGTTTTTTAAGCTCAccgct > 2:660230/1‑250 (MQ=255) 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tgGC‑GGGTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTGCTGACTGGGTCAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAACTTCC‑‑AGGAAAG‑TTTTTAACAATTCCGTATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGt < 1:418010/248‑1 (MQ=255) gggTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTGCTGACTGGGTCAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAACTTCC‑‑AGGAAAG‑TTTTTAACAATTCCGTATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAAAg > 2:358632/1‑249 (MQ=255) gTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTGCTGACTGGGTCAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAACTTCC‑‑AGGAAAG‑TTTTTAACAATTCCGTATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAAAGAAt < 2:872665/250‑1 (MQ=255) 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ACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTGCTGACTGGGTCAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAACTTCC‑‑AGGAAAG‑TTTTTAACAATTCCGTATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAAAGAATTAGGAGCGTGCAGGATGGCGGAAAGCT > NZ_CP009273/3940961‑3941458 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |