| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 748,581 | 0 | T | A | 39.2% | 111.8 / 30.7 | 74 | intergenic (‑330/+60) | ybgD/gltA | fimbrial protein/citrate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/10); new base A (0/29); total (35/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.88e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATT‑GAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAA‑TATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAGACGGAATACCCATCGCTTTCAGGATGATACCAGAG > NZ_CP009273/748337‑748830 | aaaaTATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGCATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATT‑GAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAA‑TATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCATATaaaaa > 2:829938/1‑250 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AAAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATT‑GAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAA‑TATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTT‑AGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAGACGGAATACCCATCGCTTTCAGGATGATACCAGAG > NZ_CP009273/748337‑748830 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |