| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 3,631,327 | T→G | L109R (CTG→CGG) | pitA → | inorganic phosphate transporter PitA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,631,327 | 0 | T | G | 98.1% | 384.1 / NA | 104 | L109R (CTG→CGG) | pitA | inorganic phosphate transporter PitA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (40/62); minor base C (2/0); total (42/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
AAGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTTGATGACCGGGACGTCAGTGGTGGATGCACTCAATATCCCGAAAGTATTAAGTATTTTCGGTTCTCTGATCGTTTCCCCTATTGTCGGCCTGGTGTTTGCTGGCGGTCTGATTTTCTTGCTGCGTCGCTACTGGAGCGGCACCAAGAAACGCGCCC > NZ_CP009273/3631081‑3631566 | aaGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCgggg < 1:109333/250‑1 (MQ=255) gCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGGGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGGTCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCCGGGTa > 1:910428/1‑250 (MQ=255) cATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTAcc < 2:372202/250‑1 (MQ=255) tCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTg < 1:408936/250‑1 (MQ=255) gTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGGGTTTTTCTGGGGGGTCTGGGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATTCTGCCGACGGATCTGCTGCTTTATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGGTTTCTATGTTGCTGGCGGCGGTTATCTGGAACCGGGGGACCTGGTACtt > 2:150255/1‑250 (MQ=255) tttCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACttt < 1:696911/250‑1 (MQ=255) tttCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGGGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGTTGCCGGCGGATCTGCTGCTTCATATGGGGTCGTCTCATGGCCTTGCCCTGGGGTTTTCTATGTTGATTGGGGCGATTATCTGGAACCGGGGGACCTGGGTCttt > 2:624913/1‑250 (MQ=255) ccATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTgg < 2:31859/249‑1 (MQ=255) tGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTGGTTTa < 1:113064/250‑1 (MQ=255) gACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGGGGTCTGAGGGTTGCCTATGGCACTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTATTATGGGAGCGTCTCATGGCCTTGCCATGGGGTTTTCTCTGTTTCTGGCGGCGATTTTCTCGCACCCGGGTAACCGGTACTTTGGTTTAc > 2:92594/1‑250 (MQ=255) acaGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGGTCGTCTCCTGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTTTCTGGAACCGGGGGACCTGGTACTTTGGttttactg > 2:785095/1‑245 (MQ=255) caGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTg > 1:289149/1‑249 (MQ=255) gCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGTTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCAt < 1:17044/250‑1 (MQ=255) gCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCAt < 1:842209/250‑1 (MQ=255) tGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCa < 1:60737/250‑1 (MQ=255) aCCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGc < 1:788037/250‑1 (MQ=255) aCCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGc < 2:878315/250‑1 (MQ=255) ccGTTATCTATTCCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGc < 2:757371/249‑1 (MQ=255) cGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTg < 1:515380/250‑1 (MQ=255) ttATCTATTCCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGAt < 1:818764/250‑1 (MQ=255) aTCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGAtt < 2:964310/249‑1 (MQ=255) tCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTg < 2:603086/249‑1 (MQ=255) 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aGCTCGTCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTGTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTTATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATGCGCTGATTGGCGCGATCATCGGTATTGGTTTAAc < 2:773383/250‑1 (MQ=255) cTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCa < 1:6269/250‑1 (MQ=255) gCCGTGGTTACTGCGTTGGTATTCACCGTGTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTACCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGCCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATg < 2:628519/250‑1 (MQ=255) ccGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGc < 1:186021/250‑1 (MQ=255) ccGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGc < 1:504748/250‑1 (MQ=255) gTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCGGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTtg < 1:122689/249‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |