Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 29,486 | 0 | C | A | 32.0% | 177.6 / 25.1 | 78 | intergenic (+291/‑165) | dapB/carA | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase/glutamine‑hydrolyzing carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/7); new base A (0/25); total (46/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-14 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TAAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAA‑TTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTT‑AATGTAAATTTTGACCATTTGGT‑CCACTTTTTTC‑TGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGC‑GTTTTCC‑AGAACAG‑G‑TTAGATGATCTTTTTG‑TCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGCGGTTG > NZ_CP009273/29247‑29732 | taAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAA‑TTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTT‑AATGTAAATTTTGACCATTTGGT‑CCGCTTTTTTC‑TGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGC‑GTTTTCC‑AGAACAG‑G‑TTAGATGAGCTTTTTG‑TCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAatat < 1:288238/250‑1 (MQ=255) taAAGGGCTTTAATTTTTGGCCATTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAA‑TTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTT‑AATGTAAATTTTGACAATTTGGT‑CCACTTTTTTC‑TGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGC‑GTTTTCC‑AGAACAG‑G‑TTAGATGATCTTTTTG‑TCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAataata > 1:843968/1‑249 (MQ=255) gCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAA‑TTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTT‑AATGTAAATTTTGACCATTTGGT‑CCACTTTTTTC‑TGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGC‑GTTTTCC‑AGAACAG‑G‑TTAGATGATCTTTTTG‑TCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATaaaaaa < 2:25927/250‑1 (MQ=255) cTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAA‑TTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTT‑AATGTAAATTTTGACCATTTGGT‑CCACTTTTTTC‑TGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGC‑GTTTTCC‑AGAACAG‑G‑TTAGATGATCTTTTTG‑TCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAAt > 1:384359/1‑250 (MQ=255) tAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAA‑TTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTT‑AATGTAAATTTTGACCATTTGGT‑CCACTTTTTTC‑TGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGC‑GTTTTCC‑AGAACAG‑G‑TTAGATGATCTTTTTG‑TCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATc < 2:42129/248‑1 (MQ=255) aTTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAA‑TTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTT‑AATGTAAATTTTGACCATTTGGT‑CCACTTTTTTC‑TGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGC‑GTTTTCC‑AGAACAG‑G‑TTAGATGATCTTTTTG‑TCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCg < 2:694588/249‑1 (MQ=255) aTTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAA‑TTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTT‑AATGTAAATTTTGACCATTTGGT‑CCACTTTTTTC‑TGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGC‑GTTTTCC‑AGAACAG‑G‑TTAGATGATCTTTTTG‑TCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGc > 1:31665/1‑250 (MQ=255) 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cATTTGGT‑CCACTTTTTTC‑TGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGTTGCGCAAGC‑GTTTTCC‑AGAACAG‑G‑TTAGATGATCTTTTTG‑TCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACACAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGCCGGCAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAAttatta > 2:682311/1‑250 (MQ=255) tttGCT‑CCTTTTTTTTC‑TTTTTGTTTTTATTTCGTGCAATTTTTTGTCTCCGCAAGC‑‑TTTTCC‑AAAAAAG‑GTTTAGTTGTTTTTTTTT‑CCTTTAAATCCCTGAAAACCATCCATA‑AGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAatat < 2:406637/249‑1 (MQ=255) cccttttttttt‑tTCTTTTTTTTATTTCATGTAATTTTTTTGCGGCG‑AAGCTGTTTCCA‑AAAATAG‑T‑TAAGTTTTTTTTTTTT‑TCGTTAAATGCCTAAAAAACATTCTAG‑ACCAAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAAt < 2:709/245‑1 (MQ=255) 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TAAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAA‑TTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTT‑AATGTAAATTTTGACCATTTGGT‑CCACTTTTTTC‑TGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGC‑GTTTTCC‑AGAACAG‑G‑TTAGATGATCTTTTTG‑TCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATG‑AGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGCGGTTG > NZ_CP009273/29247‑29732 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |