| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,980,476 | 0 | A | C | 32.4% | 148.4 / 13.0 | 71 | Y24S (TAC→TCC) | ftnB | non‑heme ferritin‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/14); new base C (0/23); total (34/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.41e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTGATGATTTAAGCATTTTCTTATACCCGTTCAGACGTTATTCTTATTTCAGATCATCGTCAGAATTGACTCCACGATCACATTTCGGACCGGCAGAAAGGAATTATTCTGCAAACAGTAATTATGGTGTTTTGATTTATCTTGCACCTCTCCACTTCTGGATATAAGGATATTAGGTATGGC‑AACCGCTGGAATGCTTCTCAAACTCAACTCTC‑AAATGAACCGCGAGTTTTACGC‑ATCCAATCTCTACCTT‑CACCTGAGTAACTGGTGTTCTGAACAGAGTCTGAACGGCACCGCCACTTTCCTTCGCGCCCAGGCACAGAGTAATGTGACCCAAATGATGCGCATGTTTAACTTTATGAAGAGTGTCGGCGCTACCCCCATCGTTAAAGCCATTGATGTTCCCGGTGAAAAACTGAACTCTCTGGAAGAACTGTTCCAAAAAACGATGGAAGAATACGAGCAACGTTCTAGTACGTTGGCACAGTTAGCCGATG > NZ_CP009273/1980228‑1980724 | ttGATGATTTAAGCATTTTCTTATACCCGTTCAGACGTTATTCTTATTTCAGATCATCGTCAGAATTGACTCCACGATCACATTTCGGACCGGCAGAAAGGAATTATTCTGCAAACAGTAATTATGGTGTTTTGATTTATCTTGCACCTCTCCACTTCTGGATATAAGGATATTAGGTATGGC‑AACCGCTGGAATGCTTCTCAAACTCAACTCTC‑AAATGAACCGCGAGTTTTACGC‑ATCCAATCTCTAc > 1:763507/1‑250 (MQ=255) tgatTTAAGCATTTTCTTATACCCGTTCAGACGTTATTCTTATTTCAGATCATCGTCAGAATTGACTCCACGATCACATTTCGGACCGGCAGAAAGGAATTATTCTGCAAACAGTAATTATGGTGTTTTGATTTATCTTGCACCTCTCCACTTCTGGATATAAGGATATTAGGTATGGC‑AACCGCTGGAATGCTTCTCAAACTCAACTCTC‑AAATGAACCGCGAGTTTTACGC‑ATCCAATCTCTACCTT‑c < 1:356591/250‑1 (MQ=255) tttAAGCATTTTCTTATACCCGTTCAGACGTTATTCTTATTTCAGATCATCGTCAGAATTGACTCCACGATCACATTTCGGACCGGCAGAAAGGAATTATTCTGCAAACAGTAATTATGGTGTTTTGATTTATCTTGCACCTCTCCACTTCTGGATATAAGGATATTAGGTATGGC‑AACCGCTGGACTGCTTCTCAAACTCAACTCTC‑AAATGAACCGCGAGTTTTACGC‑ATCCAATCTCTACCTT‑CAcc > 2:49007/1‑250 (MQ=255) aaGCATTTTCTTATACCCGTTCAGACGTTATTCTTATTTCAGATCATCGTCAGAATTGACTCCACGATCACATTTCGGACCGGCAGAAAGGAATTATTCTGCAAACAGTAATTATGGTGTTTTGATTTATCTTGCACCTCTCCACTTCTGGATATAAGGATATTAGGTATGGC‑AACCGCTGGAATGCTTCTCAAACTCAACTCTC‑AAATGAACCGCGAGTTTTACGC‑ATCCAATCTCTACCTT‑CACCTg < 2:224304/249‑1 (MQ=255) gCATTTTCTTATACCCGTTCAGACGTTATTCTTATTTCAGATCATCGTCAGAATTGACTCCACGATCACATTTCGGACCGGCAGAAAGGAATTATTCTGCAAACAGTAATTATGGTGTTTTGATTTATCTTGCACCTCTCCACTTCTGGATATAAGGATATTAGGTATGGC‑AACCGCTGGAATGCTTCTCAAACTCAACTCTC‑AAATGAACCGCGAGTTTTACGC‑ATCCAATCTCTACCTT‑CACCTGAg > 2:25837/1‑249 (MQ=255) cATTTTCTTATACCCGTTCAGACGTTATTCTTATTTCAGATCATCGTCAGAATTGACTCCACGATCACATTTCGGACCGGCAGAAAGGAATTATTCTGCAAACAGTAATTATGGTGTTTTGATTTATCTTGCACCTCTCCACTTCTGGATATAAGGATATTAGGTATGGC‑AACCGCTGGAATGCTTCTCAAACTCAACTCTC‑AAATGAACCGCGAGTTTTACGC‑ATCCAATCTCTACCTT‑CACCTGAGt > 2:367973/1‑249 (MQ=255) aTTTTCTTATACCCGTTCAGACGTTATTCTTATTTCAGATCATCGTCAGAATTGACTCCACGATCACATTTCGGACCGGCAGAAAGGAATTATTCTGCAAACAGTAATTATGGTGTTTTGATTTATCTTGCACCTCTCCACTTCTGGATATAAGGATATTAGGTATGGC‑AACCGCTGGAATGCTTCTCAAACTCAACTCTC‑AAATGAACCGCGAGTTTTACGC‑ATCCAATCTCTACCTT‑CACCTGAGTaa > 2:476013/1‑250 (MQ=255) cTTATACCCGTTCAGACGTTATTCTTATTTCAGATCATCGTCAGAATTGACTCCACGATCACATTTCGGACCGGCAGAAAGGAATTATTCTGCAAACAGTAATTATGGTGTTTTGATTTATCTTGCACCTCTCCACTTCTGGATATAAGGATATTAGGTATGGC‑AACCGCTGGAATGCTTCTCAAACTCAACTCTC‑AAATGAACCGCGAGTTTTACGC‑ATCCAATCTCTACCTT‑CACCTGAGTAACTGgt > 2:570379/1‑250 (MQ=255) taCCCGTTCAGACGTTATTCTTATTTCAGATCATCGTCAGAATTGACTCCACGATCACATTTCGGACCGGCAGAAAGGAATTATTCTGCAAACAGTAATTATGGTGTTTTGATTTATCTTGCACCTCTCCACTTCTGGATATAAGGATATTAGGTATGGC‑AACCGCTGGAATGCTTCTCAAACTCAACTCTC‑AAATGAACCGCGAGTTTTACGC‑ATCCAATCTCTACCTT‑CACCTGAGTAACTGGTGtt < 1:61066/249‑1 (MQ=255) taCCCGTTCAGACGTTATTCTTATTTCAGATCATCGTCAGAATTGACTCCACGATCACATTTCGGACCGGCAGAAAGGAATTATTCTGCAAACAGTAATTATGGTGTTTTGATTTATCTTGCACCTCTCCACTTCTGGATATAAGGATATTAGGTATGGC‑AACCGCTGGAATGCTTCTCAAACTCAACTCTC‑AAATGAACCGCGAGTTTTACGC‑ATCCAATCTCTACCTT‑CACCTGAGTAACTGGTGtt < 2:434072/249‑1 (MQ=255) 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aaTGCTTCTCAAACTCAACTCTC‑AAATGAACCGCGAGTTTTACGC‑ATCCAATCTCTACCTT‑CACCTGAGTAACTGGTGTTCTGAACAGAGTCTGAACGGCACCGCCACTTTCCTTCGCGCCCAGGCACAGAGTAATGTGACCCAAATGATGCGCATGTTTAACTTTATGAAGAGTGTCGGCGCTACCCCCATCGTTACAGCCATTGATGTTCCCGGTGAAAAACTGAACTCTCTGGAAGAACTGTTCCa > 2:507878/1‑249 (MQ=255) aactcacctcGA‑AAATAAACCGCGAGTTTTACGC‑ATCCATTCTCTCCCCC‑CCCCTGATTAATTGTGGTCCTGAACAGAGTCTGACCGGCACCGCCACTTTCCTTCGCGCCCAGGCACAGAGTAATGTGACCCAAATGATGCGCATGTTTAACTTTATGAAGAGTGTCGGCGCTACCCCCATCGTTAAAGCCATTGATGTTCCCGGTGAAAAACTGAACTCTCTGGAAGAACTGTTCCAAAAAACGATGga < 2:155397/250‑1 (MQ=255) tcaactcTC‑AAATGAACCGCGAGTTTTACGC‑ATCCAATCTCTACCTT‑CACCTGAGTAACTGGTGTTCTGAACAGAGTCTGAACGGCACCGCCACTTTCCTTCGCGCCCAGGCGCAGAGTAATGTGACCCAAATGATGCGCATGTTTAACTTTATGAAGAGTGTCGGCGCTACCCCCATCGTTAAAGCCATTGATGTTCCCGGTGAAAAACTGAACTCTCTGGAAGAACTGTTCCAAAAAACGATGgaag > 1:382207/1‑249 (MQ=255) 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TTGATGATTTAAGCATTTTCTTATACCCGTTCAGACGTTATTCTTATTTCAGATCATCGTCAGAATTGACTCCACGATCACATTTCGGACCGGCAGAAAGGAATTATTCTGCAAACAGTAATTATGGTGTTTTGATTTATCTTGCACCTCTCCACTTCTGGATATAAGGATATTAGGTATGGC‑AACCGCTGGAATGCTTCTCAAACTCAACTCTC‑AAATGAACCGCGAGTTTTACGC‑ATCCAATCTCTACCTT‑CACCTGAGTAACTGGTGTTCTGAACAGAGTCTGAACGGCACCGCCACTTTCCTTCGCGCCCAGGCACAGAGTAATGTGACCCAAATGATGCGCATGTTTAACTTTATGAAGAGTGTCGGCGCTACCCCCATCGTTAAAGCCATTGATGTTCCCGGTGAAAAACTGAACTCTCTGGAAGAACTGTTCCAAAAAACGATGGAAGAATACGAGCAACGTTCTAGTACGTTGGCACAGTTAGCCGATG > NZ_CP009273/1980228‑1980724 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |