| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,221,754 | 0 | T | C | 48.0% | 47.4 / 14.8 | 51 | pseudogene (484/1436 nt) | mdtQ | multidrug resistance outer membrane protein MdtQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/11); new base C (9/15); total (25/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTA‑CCCA‑GGCGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAG‑CCCG‑CCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAA‑CGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCT > NZ_CP009273/2221507‑2221994 | ccGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTA‑CCCA‑GGCGGGCA‑GTAACCTcc < 1:638066/250‑1 (MQ=255)ccGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTA‑CCCA‑GGCGGGCA‑GTAACCTc < 1:568149/249‑1 (MQ=255) gggTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTA‑CCCA‑GGCGGGCA‑GTAACCTCCGc < 1:282679/250‑1 (MQ=255) cTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTTTT‑CGCGTTTCCCCCCCCGTGC‑CTTTACCGTC‑CCCC‑GGCGGGCA‑GTTACCCCCCCCCGATTCt > 1:252867/1‑250 (MQ=255) aTTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGAG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTA‑CCCA‑GGCGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTccc > 1:129168/1‑250 (MQ=255) atatCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTA‑CCCA‑GGCGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAg < 1:683510/249‑1 (MQ=255) tatCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTTCT‑CCGGTTCCGCCGCCCCGGC‑TTTGACCGTA‑TCCC‑GGCGGGGC‑GTAAACTACGCCCGCTTTTTTCTCCAgt > 1:169808/1‑248 (MQ=255) atCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGGTTCGCCGCCCGGGC‑TTTTAACGTA‑CCCA‑GGCGGGCC‑GGAAACTCCGCCCCGTTCTTTTCCCCGata > 1:515855/1‑250 (MQ=255) ggTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCCGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTA‑CCCA‑GGCGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCg < 1:655949/250‑1 (MQ=255) ccACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTA‑CCCA‑GGCGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGAt < 1:703631/249‑1 (MQ=255) acCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCTTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTA‑CCCA‑GGCGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAg < 2:287757/250‑1 (MQ=255) acCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTGCTGATAGAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTGTTTCTATTCGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTA‑CCCA‑GGCGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAg < 2:811725/250‑1 (MQ=255) cTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTTCCCGCCAGCAATTGGCGGGGTTTTCC‑CCCG‑TCCCCCCCCCCTGG‑TTTTACCCTC‑CCCC‑AGCGGGCAGGAAACCCCCCCCCCATTCTTTCCCC‑TATATCGAGAAGcccacccccccc > 2:160970/1‑240 (MQ=255) gaagaaGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTGCC‑CGCGGTTCCCCCCCCGTGC‑TTTTAACGGA‑ACCA‑AGCGGGCA‑GGAACCCCCGCCCGATTCTTTTCCCCGATATCGGGATGCCAG‑cccc‑cccgt > 1:598877/1‑246 (MQ=255) aagaagTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTTCT‑CGCGTTTCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGGA‑CCCA‑GGCGGGGA‑GTAACCCCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAG‑cccc‑cccct > 1:469228/1‑245 (MQ=255) gaagTAGTCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCAATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTACCG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTCCCCCCGCCCGTGC‑TTTACCCGTA‑CCCA‑GGCGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAG‑CCCG‑CCGTTAAGc < 2:757227/250‑1 (MQ=255) gggggtgcGGTCGCGATATTGGTGTTCTGTTTTTTTTCATTTTGCGACAAGCCC‑TGGTTAACCG‑CCGCTTGG‑GTTTCCCCCCCCAAGTACA‑GGGGGC‑CTCCCCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCC‑CGCGTTCCGCCCCCCGTTC‑TTTACCCGTA‑CCCG‑GGGGGGCA‑GTACCCCCCCCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAG‑CCCG‑CCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACg < 2:867424/243‑1 (MQ=255) tCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTGCT‑CGCGTTCCGCCGCCCCGGC‑TTTAACCGTA‑CCCC‑GGCGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCCGATATCGAGATGCCAG‑CCCG‑CCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCAccggccgg > 1:248443/1‑250 (MQ=255) cGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTTCT‑CGCGTTTCCCCCCCCCTGC‑TTTTACCCTACCCCC‑GCCGGGCG‑GAAACC‑CCCCCCCCGTCTTTTCCCCGATAATCAGATGCCCG‑CCCC‑CCCGTTAGCCAAAAACACCCGTGGGGTA‑CCACGGGCCggg > 2:270437/1‑249 (MQ=255) gaagggTTTTCTGCTTTTTTTCTATTTGCTG‑AAGTCCGGTGTTAACCC‑CCCCCTGG‑GTTTGCCCCCCCCA‑TGCAGGGGGGG‑CTACGCGCCCAGCCAGCAGTGGGG‑GGTTTTGCT‑CGGGTCCCCCCGCCCGTGC‑TTTACCCGTA‑CCCG‑GGGGGGCA‑GAACCCCCCCCCCGATTTTTTCCCCAGTAATGGAGATGCCAG‑CCCG‑CCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGc < 2:815933/246‑1 (MQ=255) tGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGGTTGCT‑CGCGGTCCCCCGCCCCGGC‑TTTTACCCTA‑ACCA‑GGCGGGGAGGAAACCCCCCCCCGATCTTTTCCCCGGA‑ATCGGGATGGCAG‑CCCGCCCGTCAAG‑CACAAGTAACGCTGGTGGACCCCCGGGCCGGTGGT‑CCTCCGGc > 2:76297/1‑250 (MQ=255) ttcgcctttttttCTTTTCGCTGCAACACC‑GTG‑TTGCCC‑CCCCCTGGTTTTTGCACCCCCCAGCACG‑GGCGGG‑TCACTCTCCCACCCAGCAATTGGC‑GTGTTGCCC‑CGCGTTCCCCCCCCCGTGT‑TTTAACCTTC‑CCCG‑GGCGGGCA‑GTCCCCCCCCCCCGATTCTTCCCCCATATCTCGAGACGCCAG‑CCCG‑CCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGa < 2:196864/241‑1 (MQ=255) 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ttttCTTTTGGCTGAAAGACC‑TTGTTTACCG‑CCCCCGGG‑TTTCGCCCCCCCCAGTACG‑GGGGGG‑CTCCGCTGCCACCAGGCAATGGGC‑GGTTTTGCT‑CGCTTCCCGCCCCCGTTCC‑TTTACCCGTC‑CCCG‑GGCGGGCA‑GTACCCCCCCCCCGATTCTTCCCCCAGATATCGAGAGGCCAG‑CCCG‑CCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCaga < 2:588532/249‑1 (MQ=255) tttGCGGCAAG‑CC‑GTTGTTAACGCCCGCGGGG‑TTTTGCCACCCCCAGGCGA‑GTGGGG‑CTCCGCGGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGTTTTCCT‑CGCTTCCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTC‑CCCA‑GGCGGGCA‑GTACCCTCCGCCCGTTTTTTCCCCCAAATATCGAGATGCCAG‑CCCG‑CCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAA‑Cg < 2:800453/249‑1 (MQ=255) aCC‑GTTTTTACCG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGAAATGGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTCCCGCCGCCCGTGC‑TTTACCCGTC‑CCCA‑GGCGGGAA‑GTACCCCCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAG‑CCCG‑CCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAA‑CGGCCCCATTAAGc < 1:82474/250‑1 (MQ=255) 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CCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACC‑GTGTTTAACG‑CCGCCTGG‑GTTTGCCACTCCCAGTACA‑GGCGGG‑CTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGC‑GGGTTTGCT‑CGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAACCGTA‑CCCA‑GGCGGGCA‑GTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAG‑CCCG‑CCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAA‑CGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCT > NZ_CP009273/2221507‑2221994 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |