| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,806,632 | 0 | C | T | 35.2% | 96.8 / 27.5 | 71 | S181L (TCG→TTG) | coaBC | bifunctional phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate‑‑cysteine ligase CoaBC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/36); new base T (25/0); total (35/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.84e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAA‑CGACCT‑GAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACG‑CGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGAAGCCGCCGTGAATGCT > NZ_CP009273/3806385‑3806879 | gctgcGGAAAGGGCGAATGCCCTGGTATCGCGAATTTGTCTGGCTCCCCCTGCGCGTGAACCGGGGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCg < 2:432347/249‑1 (MQ=255) ggAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGGGCCTTTTTTGCCCGTc > 1:665218/1‑249 (MQ=255) gaaagggCGAATTCCCGGGTCTCGACGATTTGTCTGGCTACCCCTGCCCCTGTCGCTGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCa < 1:704640/245‑1 (MQ=255) cgacgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTTTCCCGGCCA‑AGACCT‑TAAAAAACTGGACAt > 1:794671/1‑250 (MQ=255) acgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGGGCACTTTTTCCCCGTCAC‑CACCCC‑GCCAAATCTGTACATTa > 2:463465/1‑250 (MQ=255) tttggTCTGGCTAAACGCGCGGCTATAGCGGGGCCCCCCGCCAAGAGCCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAA‑CGACCT‑GAAACATCTGAACATTATGa < 1:48306/246‑1 (MQ=255) aTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGGGCATTTTTTGCCCGGCAA‑CGACCC‑GAAAAATCTGAACATTAtta > 1:453552/1‑248 (MQ=255) 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atatGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAA‑CGACCT‑GAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACG‑CGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAAt > 1:657762/1‑250 (MQ=255) tatGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAA‑CGACCT‑GAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACG‑CGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATg < 1:489095/250‑1 (MQ=255) ggCGGTGGCGAATTTTCCGCCCGTCAA‑CGACCT‑GAAACATCGGAACATTAGGTTTACCGCCGGCCCGACG‑CGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGAAGTGATGACCGCGCTGGAAATGGaa < 2:687166/250‑1 (MQ=255) 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ttCGCCCGTCAA‑CGACCT‑GAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACG‑CGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGAAGCCGCCGTGAATGCt > 2:508010/1‑250 (MQ=255) | GCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAA‑CGACCT‑GAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACG‑CGTGAACCGCTCGAT‑CCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGAAGCCGCCGTGAATGCT > NZ_CP009273/3806385‑3806879 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |