| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,076,312 | 0 | T | G | 33.9% | 122.3 / 13.1 | 65 | intergenic (+43/‑500) | putP/BW25113_RS05295 | sodium/proline symporter PutP/FTR1 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/33); new base G (22/0); total (32/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.31e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCA‑GCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCC‑TCG‑CCATATAAATTGAATGGTG‑CA‑GGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGC‑GATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTA‑TGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGA > NZ_CP009273/1076063‑1076560 | atcatcGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCA‑GCGGGt < 1:850956/250‑1 (MQ=255) atcGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCA‑GCGGGGTgc > 1:235902/1‑250 (MQ=255) atcGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGGTTTTTTTGGGTTTAGCC‑GCGGGGTgg > 2:178143/1‑249 (MQ=255) cgcTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCA‑GCGGGTTGCGCTCCCt < 2:139118/250‑1 (MQ=255) 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gccgTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCA‑GCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCC‑TCG‑CCATATAAATTGAATGGTG‑CA‑GGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGC‑GATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTA‑TGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGAt < 1:387217/250‑1 (MQ=255) ggTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCA‑GCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCC‑TCG‑CCATATAAATTGAATGGTG‑CA‑GGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGC‑GATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTA‑TGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGaaa < 1:247217/250‑1 (MQ=255) cAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCA‑GCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCC‑TCG‑CCATATAAATTGAATGGTG‑CA‑GGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGC‑GATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTA‑TGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCt < 1:736451/250‑1 (MQ=255) cTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTTGCTTCAGCA‑GCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCC‑TCG‑CCATATAAATTGAATGGTG‑CA‑GGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGGACGCTTCAGC‑GGTTTTTACGCCCCCCACACCCGAGCTGTTATTT‑TGTTCCGGGGCAAAAGTTAGATTTTATAATCGCGGGTGGACGAAAtttgtttgttaac > 1:390425/1‑239 (MQ=255) aGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCA‑GCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCC‑TCG‑CCATATAAATTGAATGGTG‑CA‑GGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGC‑GATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTA‑TGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCg < 2:652738/250‑1 (MQ=255) ggACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCA‑GCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCC‑TCG‑CCATATAAATTGAATGGTG‑CA‑GGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGC‑GATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTA‑TGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCt < 2:461942/250‑1 (MQ=255) ggACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCA‑GCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCC‑TCG‑CCATATAAATTGAATGGTG‑CA‑GGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGC‑GATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTA‑TGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCt < 1:226036/250‑1 (MQ=255) gcggTTTTGTTTGGCTTCAGCA‑GCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCC‑TCG‑CCATATAAATTGAATGGTG‑CA‑GGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGC‑GATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTA‑TGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACAt > 1:685290/1‑250 (MQ=255) gTTTTGTTTGGCTTCAGCA‑GCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCC‑TCG‑CCATATAAATTGAATGGTG‑CA‑GGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGC‑GATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTA‑TGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGa < 2:66582/250‑1 (MQ=255) ggCTTCAGCA‑GCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCC‑TCG‑CCATATAAATTGAATGGTG‑CA‑GGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGC‑GATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTA‑TGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGa < 1:62954/249‑1 (MQ=255) gTTGCGCTCCCTTAATGTGCC‑TCG‑CCATATAAATTGAATGGTG‑CA‑GGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGC‑GATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTA‑TGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGa < 2:126155/250‑1 (MQ=255) | ATCATCGGTGCGCTGACGGTTATCGTCTGGAAACAGTTCGGCTGGCTGGGACTGTACGAAATTATTCCGGGCTTTATCTTCGGCAGTATTGGGATTGTAGTGTTTAGTTTGCTGGGTAAAGCGCCGTCAGCGGCGATGCAAAAACGCTTTGCCGAGGCCGATGCGCACTATCATTCGGCTCCGCCGTCACGGTTGCAGGAAAGCTAAGGGACTTAGCCTGCGGCGGTTTTGTTTGGCTTCAGCA‑GCGGGTTGCGCTCCCTTAATGTGCC‑TCG‑CCATATAAATTGAATGGTG‑CA‑GGGAGCGCGCAGGGGGCGGCCAATCGCCGCCGCCCCCTGCTGT‑CCCGGCCTTCGGGGAACGCTTCAGC‑GATTTTGACGCCACCAACACCCGAGCTGTTATTA‑TGTTCCGGGCAAAAAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGA > NZ_CP009273/1076063‑1076560 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |