| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,601,603 | 0 | T | G | 29.5% | 236.2 / 12.2 | 139 | V443G (GTG→GGG) | hyfF | hydrogenase 4 subunit F |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/57); new base G (38/3); total (79/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
GTACTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGG‑CCT‑GGTACGGATG‑GCTGCGC‑GGGTGTTAAT‑GGCGAAACCG‑CCGCAGGCCGTTAACCGGGGTGATCTCGGCTGGTTGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGG‑AACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGC‑GGGCG‑CTT‑CCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCACCGCATCTGTTTCGGAGAAACACAGTGAACG > NZ_CP009273/2601356‑2601852 | gTACTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCAAGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAAAGCTGGTGCTGGC‑GGG‑CGT‑GGTTCGGGTG‑GGTGGGG‑GGgtgt > 1:846554/1‑250 (MQ=255) tACTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGG‑CCT‑GGTACGGATG‑GCCGCGC‑GGGTGtt > 1:822446/1‑250 (MQ=255) tGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGG‑CCT‑GGTACGGATG‑GCTGCGC‑GGGGGTTAAt > 1:144554/1‑250 (MQ=255) cTCAAGTGCGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGG‑CCT‑GGTACGGATG‑GCTGCGC‑GGGTGTTAAT‑g < 1:136785/249‑1 (MQ=255) cTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGG‑CCT‑GGTTCGGGTG‑GCTGCGC‑GGGGGGTAGT‑gg > 2:1091497/1‑250 (MQ=255) tCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTTTTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGG‑CTT‑GGTCCGGTGG‑GCTGGGT‑GGgggtgatggc > 2:1563943/1‑244 (MQ=255) aaGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGG‑CCT‑GGTACGGATG‑GCTGCGC‑GGGTGTTAAT‑GGCg < 1:1618448/249‑1 (MQ=255) aaGGACGGCTGGCGCGATGTGAGCGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCAGGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGG‑CCT‑GGTACGGATG‑GCTGCGC‑GGGTGTTAAT‑GGCg < 2:240104/249‑1 (MQ=255) aCGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATTACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGG‑GCT‑GGTGCGGATG‑GGCGCGC‑GGGGGGTGAT‑GGCGGAAcc > 2:377615/1‑250 (MQ=255) cGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGG‑CCT‑GGTACGGATG‑GCTGCGC‑GGGTGTTAAT‑GGCGAAAcc < 1:1319083/249‑1 (MQ=255) cgcgcgATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGGCTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGG‑CCT‑GGTTTGGGGG‑GGTGCGC‑GGGTGTTCAT‑GGCGGAACcg‑ccgcg > 2:684432/1‑249 (MQ=255) cgcgcgATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGG‑CCG‑GGGACGG‑TG‑GGTGCGCGGGGGGTTAAT‑GGGGAAACcc‑ccgc > 2:141546/1‑250 (MQ=255) gcgcgATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCGCCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGC‑GGG‑CCT‑GGGACGGGTG‑GCTGCGC‑GGGGGTTTAT‑GGCGAAACCG‑CCGCAg > 1:1725223/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |