Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 1,995,399 | 0 | A | C | 40.3% | 139.0 / 18.6 | 77 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase sigma factor FliA/H48 family flagellin FliC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/6); new base C (0/31); total (40/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.25e-16 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGG‑TTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGG‑CAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGCCAACAC > NZ_CP009273/1995156‑1995647 | cGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGG‑TTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGG‑CAGAAAAAAA‑CCccgc < 2:295289/250‑1 (MQ=255) cTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGG‑TTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGG‑CAGAAAAAAA‑CCccgccg > 2:156625/1‑250 (MQ=255) cTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGG‑TTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGG‑CAGAAAAAAA‑CCccgccg > 1:777902/1‑250 (MQ=255) gcgGGCATACAAACCTGCGGGCGAAAGTCTTCGCGACGCACCAGCGGGAAATAACGCTGCCACAGCGATTTTTTATCCATTACCCCTTAAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCTTTATATGAGTTATCGGCATGATTTTCC‑GTTTCTGCGGGGTTTTT‑AATGGGACGATTAGTGGGTAAAATGAGGGT‑TTTTTTGGGGTTTACAGGTAAATCCCAGG‑CAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTg < 2:474823/250‑1 (MQ=255) gcgGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGG‑TTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGG‑CAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTg > 1:153459/1‑250 (MQ=255) ggggCAGGCGACCCTGCAGGCGAAATGCTTGGTGCCGCACCAGCGGGACATACCGCTGCAACGGGGATTGTTTATCCATTCCCCCTTCAGCGGTATAGAGTAAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTTTCGGCATGATTATCC‑TTTTCTGCGGGGTTTTT‑AATCGGACGATGAGTGGGAGAAATGAGGGT‑TTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGG‑CAAAAAAAAA‑CCCCGCCGGTgg < 2:608685/249‑1 (MQ=255) gTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGG‑TTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGG‑CAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCgggg > 1:10854/1‑249 (MQ=255) cGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGG‑TTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGG‑CAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAg > 1:755078/1‑250 (MQ=255) gAACCTGCGGGCGCAATGCTTCGGGCCGCACCAGCGGAAAATAACGTGGCCTCAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGTTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCTTGCGTTATATGATTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGGAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGGGGGTAAAATGGGGGT‑TTTTTTGGGGGTTACAGGTAAATCCAAGG‑CAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGc < 2:609910/250‑1 (MQ=255) cTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGG‑TTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGG‑CAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAgacagg > 2:690885/1‑245 (MQ=255) 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ccATAGAGATTGTTTACCCATTACACGTTCGCAGTTAAAGAGTGATTACAAGAAAAAGGGGATTGTGTTATATGAGTTACGGTCATGATTATCC‑TTTTCTGAGGGGTTTTA‑AATGGGAAGATAAGTGGGTGAAATGTGGGG‑TTTTTTGGGGTTGACAGGAAAATCCCAGG‑CAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGcc < 2:898873/250‑1 (MQ=255) caacgCGAGTGTTTACCCATTCCCCTTTCAGCGGTATGGTGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCTTTATATGAGTTTTGGGGTGTATTAGCG‑TTTTCTGCGGGTTTTTT‑AAGGGGACGATTGGTGGGTAAAAGGGGGGT‑TTTTTTGGGGGTTACAGTAAAATTCCAGG‑AAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCt < 2:529362/246‑1 (MQ=255) caGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGG‑TTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGG‑CAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGGTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTa > 2:38119/1‑250 (MQ=255) 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CGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGG‑TTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGG‑CAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGCCAACAC > NZ_CP009273/1995156‑1995647 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |