| Read alignment evidence... | |||||||||||
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GCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTA‑CAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTG‑CTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTG‑C‑TTTAACCGTACCCAGGCGGG‑CAG‑T‑AACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATC‑GAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCG‑GCCGGATCGTTCAGAGCAAA‑CGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGC > NZ_CP009273/2221453‑2221944 | gcTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTA‑CAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGtt < 1:671854/250‑1 (MQ=255) cTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTA‑CAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGttt < 2:755114/250‑1 (MQ=255) tAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTA‑CAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTTGCTGGTGTG‑c > 2:770928/1‑250 (MQ=255) aaCCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTA‑CAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTg < 1:600937/248‑1 (MQ=255) 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cccgaGTA‑CAGGCGGGCTGCTTCCCCAGCCCACAATGTGCGGGTTCT‑CCCGCG‑TCCCCCCGCCCGTG‑C‑GTACCCCGTCCCCGGGCGGG‑AAG‑T‑ACCCCCCGCCCGATTTTTCCCCCAGATATG‑GAGAGGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCG‑GCCGGATCGTTCAGAGCAAA‑CGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCatat < 2:269585/246‑1 (MQ=255) ggTA‑CGGGCGGGCTACGCTCCCAGCAAGCAATGGGCGGTTTGG‑CTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTG‑C‑TTTAACCGTCCCCGGGCGGG‑AAG‑T‑ACCCCCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATC‑GAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCG‑GCCGGATCGTTCAGAGCAAA‑CGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATccgc < 1:643497/249‑1 (MQ=255) gggCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTG‑CTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTG‑C‑TTTAACCGTACCCAGGCGGG‑CAG‑T‑AACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATC‑GAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCG‑GCCGGATCGTTCAGAGCAAA‑CGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTc > 1:166561/1‑250 (MQ=255) ggCTACGCTGCCAGCCAGAAATTGGCGGGGTTG‑TTCGCG‑TGTCGCCGCCCGGG‑C‑ATTAAACGGCCCCAGGCGGG‑CAG‑T‑AACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATC‑GAGATGCCAGCCCGCCGTCAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGGCGGGCGGACCTGCG‑GGCGGATGGTTCACAGCAAA‑AGGACCCATTTAGACTTGTGCCGAAAGTTTTTGCCGCTCCATATTCGCCGCAAAGACg > 2:421242/1‑250 (MQ=255) ccGCTGCCAGCCAGAAATTGGGGGGTTTG‑CCCGCT‑TCCCCCCCCCCGTG‑C‑TTTACCCGTCCCAGGGGGGG‑CAT‑T‑ACCCCCCGCCCTATTTTTCCCCCAGATACC‑GAGATCCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCG‑GCCGGATCGTTCAGAGCAAA‑CGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCt < 1:950513/249‑1 (MQ=255) acacggaaatGGCGGGTTTGCCCCGCG‑TCCCGCCGCCCGTT‑C‑TTAACCCGCCCCCGGGCGGC‑CAG‑T‑ACCCCCCGCCCGATTCTTCCCCCAGATAGC‑GAGAGGCCGGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCG‑GCCGGATCGTTCAGAGCAAA‑CGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCa < 2:118678/241‑1 (MQ=255) gCGGGTTTG‑CTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTG‑C‑TTTAACCGTACCCAGGCGGG‑CAG‑T‑AACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATC‑GAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCG‑GCCGGATCGTTCAGAGCAAA‑CGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGc > 2:183302/1‑249 (MQ=255) | GCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTA‑CAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTG‑CTCGCG‑TTCCGCCGCCCGTG‑C‑TTTAACCGTACCCAGGCGGG‑CAG‑T‑AACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATC‑GAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCG‑GCCGGATCGTTCAGAGCAAA‑CGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGC > NZ_CP009273/2221453‑2221944 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |