| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,897,051 | 0 | C | A | 37.5% | 139.9 / 45.3 | 80 | intergenic (+318/+1055) | ygcE/queE | FGGY‑family carbohydrate kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase QueE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/45); new base A (30/0); total (35/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAGTTCGACAACTTAAAAAATGATAACAAGTCCGGTTTATCCCCGCTGATGCAGGGAACATAATAAAAACTTTAACTAGTTCGGTTTATCCCTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGG‑TTATG‑TAAAACCAC‑TCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTA‑CTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAAT‑AT‑TAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACGATTTAAGAATCATACAAATAACAC‑TTTGATTAAATTTAATTTTTTGTATCGATAATTGTGAACCTCTCTGGCATGGAGAACTATTTTGAACATGAGGTG > NZ_CP009273/2896808‑2897299 | aaGTTCGACAACTTAAAAAATGATAACAAGTCCGGTTTATCCCCGCTGATGCAGGGAACATAATAAAAACTTTAACTAGTTCGGTTTATCCCTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGG‑TTATT‑TAAAAACaaaca > 1:867747/1‑246 (MQ=255) 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AAGTTCGACAACTTAAAAAATGATAACAAGTCCGGTTTATCCCCGCTGATGCAGGGAACATAATAAAAACTTTAACTAGTTCGGTTTATCCCTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGG‑TTATG‑TAAAACCAC‑TCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTA‑CTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAAT‑AT‑TAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTAACGATTTAAGAATCATACAAATAACAC‑TTTGATTAAATTTAATTTTTTGTATCGATAATTGTGAACCTCTCTGGCATGGAGAACTATTTTGAACATGAGGTG > NZ_CP009273/2896808‑2897299 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |