Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,659,062 | 0 | C | A | 39.4% | 137.5 / 42.5 | 95 | A37S (GCG→TCG) | gadX | acid resistance transcriptional activator GadX |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/10); new base A (0/37); total (47/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.31e-17 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AGATTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAAT‑GAAAGCGTGT‑CCC‑TTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTGTGATGTTCTACGGGCAGGATGACT > NZ_CP009273/3658816‑3659311 | aGATTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAAT‑GAAAGCGTGT‑CCC‑TTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCaa > 2:824183/1‑249 (MQ=255) ttAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAAT‑GAAAGCGTGT‑CCC‑TTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAAc < 1:329318/250‑1 (MQ=255) aaTGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAAT‑GAAAGCGTGT‑CCC‑TTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAAc > 2:318566/1‑248 (MQ=255) aTGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAAT‑GAAAGCGTGT‑CCC‑TTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCa < 1:741349/249‑1 (MQ=255) ctctTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAAT‑GAAAGCGTGT‑CCC‑TTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGt < 2:395454/249‑1 (MQ=255) ctTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAAT‑GAAAGCGTGT‑CCC‑TTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCAc > 2:379259/1‑250 (MQ=255) ttttACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAAT‑GAAAGCGTGT‑CCC‑TTGACACGAATACAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCAcc > 2:264430/1‑250 (MQ=255) 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ttCTGCTGTGGTTGCGCACTTTCATAAAAAACAGAAATTTCTCTACAACAGTGATGAACTAATAATGAAAAATCTTTTTTATGTGCATAAATATTTAATCCCCCCTCCTTGAGCAGCGGAAAAAAAAAG‑AAAAGCTTGC‑CCC‑TTGACACAAATACAAATTTTT‑C‑AACACACTTTTCTACACAATTTGGGTTTCCATCCAAAAAAACCAGTTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATg < 2:203190/249‑1 (MQ=255) gTTGCGCAACTTCCGAAAAAACAGAAATATCTCTACAACAGTGATGAACGAGAAAGAAAAAATTTTTTTTATGTGAATGAAGATTTAATCCCTCCTCCTGGAGCATCGGAAAAAATAAT‑AAAAGCGTGT‑CCC‑TTGACAAAAATAAAAAATTTT‑C‑AACACACTTATCTCCTCGAATTTGGCTTGCACCCGAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAatata < 1:587268/250‑1 (MQ=255) cgcAACTTCAAGAAAAACAGGAATATCTCTACAAAAGTGATAAAAGAATAATGAAAAAATTTTTTTATGTGAATGAAGATTTAATGCCCCCTCCTGGAGCATCGGAAAAAAAAAT‑AAAAGCGTGC‑CCT‑TTGAAACAAAAAAAAAATTTA‑C‑ACCCCACTTATCTACTAAATTTTGGTTTGCACCCAAAAAAACAAGGACACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTa < 2:264043/250‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |