Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,941,210 | 0 | C | T | 34.8% | 151.6 / 39.1 | 89 | E40K (GAA→AAA) | hdfR | HTH‑type transcriptional regulator HdfR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/43); new base T (31/0); total (46/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-13 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑GATTCGAAAGCTCACT‑GCTGACTGGGTCAGATAGAGC‑GATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACG‑CGTTCGGC‑TAACTTCCAGGAAA‑GTTTTTAACAATTCCGTATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAAAGAATTAGGAGCGTGCAGGATGGCGGAAAGCT > NZ_CP009273/3940963‑3941458 | tGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCGTGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GGAAAGGGTTAC‑ACCCAGTTTGTTTTTcc > 1:442218/1‑250 (MQ=255) tAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGG‑GGAAAAGATGAC‑ACCCCG‑GTGATTTTTCAGt > 1:53943/1‑250 (MQ=255) aaGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GGAAAGGGTCAC‑ACACAA‑GTGGTTTTTCTGtt > 2:602477/1‑250 (MQ=255) cTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCt < 1:486330/250‑1 (MQ=255) tATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑g < 2:277584/248‑1 (MQ=255) tGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑GAtt < 1:642856/249‑1 (MQ=255) gCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GGAAAAGGTCAC‑ACCCAA‑TTGTTTTTTCAGtttttttgtttga > 1:294622/1‑238 (MQ=255) 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cAATCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGTGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGTATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑GATTCTAAAGCTCACT‑GCTGACTg < 2:34641/249‑1 (MQ=255) aGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGG‑GAAAAAGGTCAC‑ACCCCG‑TTGATTTTTCAGTTGTCT‑GATTCGGAAACTCACT‑GCTGACTGGGGCAGATa > 1:303375/1‑248 (MQ=255) gCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑GATTCGAAAGCTCACT‑GCTGACTGGGTCAGATagag < 1:395453/250‑1 (MQ=255) 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ttAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑GATTCGAAAGCTCACT‑GCTGACTGGGTCAGATAGAGC‑GATTCAg < 1:68798/250‑1 (MQ=255) aGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GGAAAGGGTTAC‑AACCAG‑GTGATTTTTCAGTTGTCT‑GATTCGAAAGATCCCT‑GCTGGCTGGGTCTGATTGAGC‑GGTTCAGCCg > 1:74466/1‑250 (MQ=255) aGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑GATTCGAAAGCTCACT‑GCTGACTGGGTCAGATAGAGC‑GATTCAGcc < 1:864130/249‑1 (MQ=255) aGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGG‑GAAAAGGGTCAC‑ACCCCG‑TTGATTTTTCTGTTGTCT‑GATTTGAAAACTCACT‑GCTGTCGGGGGCGGATAGAGG‑GGTTTAGcct > 2:329903/1‑249 (MQ=255) tACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGG‑GAAAAAGATGAC‑ACCCAG‑CTGCTTTTCTAGTTGTCT‑GCTTCGAAAACTCACA‑GCGGACTGGGTCAGCTAGAGA‑GAGTCAGCCGCCCg > 1:761108/1‑250 (MQ=255) cATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGG‑GGAAAGGGTGACAACCCCG‑TGGTTTTTTCGTTTGT‑T‑TATTTCAAAGATCACTGGCGGCCTGGG‑CGGATAGAGG‑GATATAGCCCCTCGAc > 2:22902/1‑250 (MQ=255) aTTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGG‑GGAAAAGGGCAC‑ACCCAG‑ATTATTTTTCTGTTTTCT‑TCTTCGTAGGCTCACT‑GCTGTCTGGGGCAGATAGAGC‑GATTTAGCCGcgctccc > 2:64341/1‑244 (MQ=255) ttCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GGAAAAGGTCAC‑AACCCG‑TTGGTTTTTCCATTTTTT‑TATTTTAAAACTTAAT‑GCCGACTGGGGCAGATAGAGG‑GATTTAGCCgcccgccc > 1:14481/1‑249 (MQ=255) aCGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑GATTCGAAAGCTCACT‑GCTGACTGGGTCAGATAGAGC‑GATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGAcg < 2:97309/250‑1 (MQ=255) cGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGCGGGGG‑GAAAAGGTT‑AC‑ACCCCG‑TTGATTTTTCCGTTGTTT‑GATTTGTAAGCTCACT‑GCTGACTGGGGCAGATAGAGG‑GATTCAAGCGCCCGGCCAAAggtacgg > 2:468563/1‑244 (MQ=255) cgcTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑GATTCGAAAGCTCACT‑GCTGACTGGGTCAGATAGAGC‑GATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACG‑CGTTCg < 1:315725/250‑1 (MQ=255) ccGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCTCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑GATTCGAAAGCTCACT‑GCTGACTGGGTCAGATAGAGC‑GATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACG‑CGTTCGGC‑TAACtt < 2:422538/250‑1 (MQ=255) cGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAAGTATGCCCCCCCTCCTTACCGGCCGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑GATTCGAAAGCTCACT‑GCTGACTGGGTCAGATAGAGC‑GATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACG‑CGTTCGGC‑TAACTTc < 1:190423/250‑1 (MQ=255) tAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑GATTCGAAAGCTCACT‑GCTGACTGGGTCAGATAGAGC‑GATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACG‑CGTTCGGC‑TAACTTCCAg < 1:688443/250‑1 (MQ=255) tAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑GATTCGAAAGCTCACT‑GCTGACTGGGTCAGATAGAGC‑GATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACG‑CGTTCGGC‑TAACTTCCAg < 1:226152/250‑1 (MQ=255) gAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑GATTCGAAAGCTCACT‑GCTGACTGGGTCAGATAGAGC‑GATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACG‑CGTTCGGC‑TAACTTCCAGGa < 2:542683/250‑1 (MQ=255) aaaaCTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑GATTCGAAAGCTCACT‑GCTGACTGGGTCAGATAGAGC‑GATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACG‑CGTTCGGC‑TAACTTCCAGGaa < 2:44087/250‑1 (MQ=255) aaCTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑GATTCGAAAGCTCACT‑GCTGACTGGGTCAGATAGAGC‑GATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACG‑CGTTCGGC‑TAACTTCCAGGAAA‑g < 1:446756/250‑1 (MQ=255) gTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑GATTCGAAAGCTCACT‑GCTGACTGGGTCAGATAGAGC‑GATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACG‑CGTTCGGC‑TAACTTCCAGGAAA‑Gttttt < 1:602477/250‑1 (MQ=255) aGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑GATTCGAAAGCTCACT‑GCTGACTGGGTCAGATAGAGC‑GATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACG‑CGTTCGGC‑TAACTTCCAGGAAA‑GTTTTTAACAATTCCGt < 2:855169/250‑1 (MQ=255) gTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑GAAAAGGTTCAC‑ACCCAG‑TTGATTTTCCAGTTGTCT‑GATTCGAAAGCTCACT‑GCTGACTGGGTCAGATAGAGC‑GATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACG‑CGTTCGGC‑TAACTTCCAGGAAA‑GTTTTTAACAATTCCGTAt < 1:182073/250‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |