Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NZ_CP009273 | 4,526,014 | 0 | A | T | 33.8% | 117.3 / 44.3 | 71 | intergenic (+166/+102) | yjhR/BW25113_RS26295 | helicase YjhR/HNH endonuclease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/44); new base T (24/0); total (27/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.52e-16 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TGGTGTACCGTGGTGAAGGCGTAAAAAATGAAATAAAGGCAATATATGGTAGTCTGGATCAACGTCAGCTTTAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGC‑TTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCCAAAACGTTCCAGTAAACTGTGTAGATGTTCGTAGATTTCCGAGCCATAATCGAAAAGGCGCGGATGTCTATTAAGGCATCCGGCTAATCTGTAAGCAA > NZ_CP009273/4525775‑4526261 | tGGTGTACCGTGGTGAAGGCGTAAAAAATGAAATAAAGGCAATATATGGTAGTCTGGATCAACGTCAGCTTTAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGC‑TTTTAGGAATgaa < 1:418814/248‑1 (MQ=255) 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ttAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCCAAAACGTTCCAGTAAACTGTGTAGATGTTCGTAGATTTCCGAGCCATAATCGAAAAGGCGCGGATGTCTATTAAGGCATCCGGCTAATCTGTAAGCaa > 2:429251/1‑250 (MQ=255) | TGGTGTACCGTGGTGAAGGCGTAAAAAATGAAATAAAGGCAATATATGGTAGTCTGGATCAACGTCAGCTTTAAATGTGATGAGCCGTTCATGATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGCGGGTGC‑TTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAATAATGGCCTAATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCTATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCCAAAACGTTCCAGTAAACTGTGTAGATGTTCGTAGATTTCCGAGCCATAATCGAAAAGGCGCGGATGTCTATTAAGGCATCCGGCTAATCTGTAAGCAA > NZ_CP009273/4525775‑4526261 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |