| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP009273 | 1,240,690 | 0 | G | T | 34.1% | 175.4 / 29.5 | 91 | L25F (TTG→TTT) | BW25113_RS06225 | protein YcgY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/49); new base T (31/0); total (42/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTTCATAAGGCGGATAGCGATACAGATGCCGCTATCCGCTTTCACATCAGAACGTATACTCGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTGTTTCGTTGTTTTTGGTGTGATTCAGAAAATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAAATGGGGCGGATAGTGAGGCGGTTTTGGCTGCGCTTATTGAACATTTAGAATTGATCAATCCTTCTGGC‑AGA‑TTAAG‑CCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGCGAAGAGGAATGGTCTGAATTCTTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAG‑AAAGCAAAAAAACGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGCGTAAA > NZ_CP009273/1240441‑1240939 | ttttCATAAGGCGGATAGCGATACAGATGCCGCTATCCGCTTTCACATCAGAACGTATACTCGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTGTTTCGTTGTTTTTGGTGTGATTCAGAAAATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAAATGGGGCGGATAGTGAGGCGGTTTTg > 1:839816/1‑250 (MQ=255) tCATAAGGCGGATAGCGATACAGATGCCGCTATCCGCTTTCACATCAGAACGTATACTCGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTGTTTCGTTGTTTTTGGTGTGATTCAGAAAATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAAATGGGGCGGATAGTGAGGCGGTTTTTGCt > 1:191442/1‑250 (MQ=255) aTAAGGCGGATAGCGATACAGATGCCGCTATCCGCTTTCACATCAGAACGTATACTCGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTGTTTCGTTGTTTTTGGTGTGATTCAGAAAATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAAATGGGTCGGATAGTGAGGCGGTTTTGGGTgg > 2:817052/1‑249 (MQ=255) aTAAGGCGGATAGCGATACAGATGCCGCTATCCGCTTTCACATCAGAACGTATACTCGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTGTTTCGTTGTTTTTGGTGTGATTCAGAAAATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAAATGGGGCGGATAGTGAGGCGGTTTTTGGTgc > 1:270256/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |