New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_CP009273 | 3576788 = | NA (NA) | 93 (1.190) | 84/496 | 0.0 | 94.9% | coding (391/417 nt) | BW25113_RS17825 | YrhA family protein |
? | NZ_CP009273 | = 3794204 | 5 (0.060) | coding (122/699 nt) | rfaY | lipopolysaccharide core heptose(II) kinase RfaY |
CAACGCCATTCATGGCCATATCAATGATTTTCTGGTGCGTACCGGGTTGAGAAGCGGTGTAAGTGAACTGCAGTTGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NZ_CP009273/3577035‑3576788 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAAGGGTTAAATACACTCAATGACTTTTATTTATTGGCTGAACGGAAAACCTTACGTTTTGTCCATACTTATATCATGATCAT < NZ_CP009273/3794204‑3793961 CAACGCCATTCATGGCCATATCAATGATTTTCTGGTGCGTACCGGGTTGAGAAGCGGTGTAAGTGAACTGCAGTTGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCC > 2:655959/1‑249 ACGCCATTCATGGCCATATCAATGATTTTCTGGTGCGTACCGGGTTGAGAAGCGGTGTAAGTGAACTGCAGTTGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCCAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGGATCACCCTAT > 2:357932/1‑250 GCCATTCATGGCCATATCAATGATTTTCTGGTGCGTACCGGGTTGAGAAGCGGTGTAAGTGAACTGCAGTTGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATT > 1:54935/1‑249 CATTCATGGCCATATCAATGATTTTCTGGTGCGTACCGGGTTGAGAAGCGGTGTAAGTGAACTGCAGTTGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGAT > 2:436634/1‑250 GCCATATCAATGATTTTCTGGTGCGTACCGGGTTGAGAAGCGGTGTAAGTGAACTGCAGTTGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAA > 1:94601/1‑249 TATCAATGATTTTCTGGTGCGTACCGGGTTGAGAAGCGGTGTAAGTGAACTGCAGTTGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAAAAGTT < 2:410979/250‑1 TATCAATGATTTTCTGGTGCGTACCGGGTTGAGAAGCGGTGTAAGTGAACTGCAGTTGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAAAAGTT < 1:681270/250‑1 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AGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAA < 1:198334/250‑1 AGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATG > 1:342037/1‑248 AGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAAGGG > 2:284293/1‑250 AGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAAGGG < 2:614633/250‑1 CAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAAGGGTTAAA > 2:263300/1‑250 AGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAAGGGTTAAA > 1:218085/1‑249 TGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAAGGGTTAAATACA > 1:323255/1‑250 ATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAAGGGTTAAATACAC < 1:615465/249‑1 TAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAAGGGTTAAATACACT > 1:467951/1‑249 ACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAAGGGTTAAATACACTCAATGA < 2:375595/250‑1 AGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAA > 2:192110/1‑153 GAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAAC < 1:192110/153‑1 ACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAAGGGTTAAATACACTCAATGACTTTTATTT < 2:512136/250‑1 ACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAAGGGTTAAATACACTCAATGACTTTTATT > 2:550440/1‑249 CACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAAGGGTTAAATACACTCAATGACTTTTATTTATTGGCT > 2:728435/1‑250 AAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAAGGGTTAAATACACTCAATGACTTTTATTTATTGGCTGAAC < 1:339625/248‑1 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CATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAAGGGTTAAATACACTCAATGACTTTTATTTATTGGCTGAACGGAAAACCTTACGTTTTGTCCATACTTATATCATGATCA > 1:348328/1‑250 ATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAAGGGTTAAATACACTCAATGACTTTTATTTATTGGCTGAACGGAAAACCTTACGTTTTGTCCATACTTATATCATGATCAT < 1:229690/250‑1 ATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAAGGGTTAAATACACTCAATGACTTTTATTTATTGGCTGAACGGAAAACCTTACGTTTTGTCCATACTTATATCATGATCAT < 2:530233/250‑1 ATCACCCTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAAGGGTTAAATACACTCAATGACTTTTATTTATTGGCTGAACGGAAAACCTTACGTTTTGTCCATACTTATATCATGATCAT > 1:2769/1‑250 CAACGCCATTCATGGCCATATCAATGATTTTCTGGTGCGTACCGGGTTGAGAAGCGGTGTAAGTGAACTGCAGTTGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NZ_CP009273/3577035‑3576788 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTATTGATGATACAAAAGTTATGCTTATTGATACCGATTACGGTAAATTGATTCTTAAGGTTTTTTCTCCGAAAGTTAAGCGTAACGAACGTTTCTTTAAGTCTCTGTTAAAAGGTGATTATTACGAACGCCTTTTTGAGCAAACCCAAAAAGTACGAAATGAAGGGTTAAATACACTCAATGACTTTTATTTATTGGCTGAACGGAAAACCTTACGTTTTGTCCATACTTATATCATGATCAT < NZ_CP009273/3794204‑3793961 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |