| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,659,062 | 0 | C | A | 35.2% | 149.6 / 33.4 | 88 | A37S (GCG→TCG) | gadX | acid resistance transcriptional activator GadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/11); new base A (0/31); total (46/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.69e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAGATTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTT‑TATGTGCATG‑AAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGC‑G‑TGTCCCTT‑GACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTGTGATGTTCTACGGGCAGGATGAC > NZ_CP009273/3658815‑3659310 | aaGATTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTT‑TATGTGCATG‑AAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGC‑G‑TGTCCCTT‑GACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCa > 1:65301/1‑249 (MQ=255)aaGATTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTT‑TATGTGCATG‑AAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGC‑G‑TGTCCCTT‑GACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCa > 2:564562/1‑249 (MQ=255) gATTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTT‑TATGTGCATG‑AAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGC‑G‑TGTCCCTT‑GACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCaaaa < 1:658010/250‑1 (MQ=255) aaTGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTT‑TATGTGCATG‑AAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGC‑G‑TGTCCCTT‑GACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAAcc < 1:460085/249‑1 (MQ=255) aggCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTT‑TATGTGCATG‑AAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGC‑G‑TGTCCCTT‑GACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAg < 2:491624/248‑1 (MQ=255) tGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTT‑TATGTGCATG‑AAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGC‑G‑TGTCCCTT‑GACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAgg > 2:120543/1‑250 (MQ=255) tGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTT‑TATGTGCATG‑AAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGC‑G‑TGTCCCTT‑GACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAgg < 2:486060/250‑1 (MQ=255) tctTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTT‑TATGTGCATG‑AAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGC‑G‑TGTCCCTT‑GACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCa > 2:187119/1‑250 (MQ=255) ttACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTT‑TATGTGCATG‑AAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGC‑G‑TGTCCCTT‑GACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCACCg < 1:300564/249‑1 (MQ=255) ttACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTT‑TATGTGCATG‑AAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGC‑G‑TGTCCCTT‑GACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGc > 2:124802/1‑250 (MQ=255) 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taTAGTTGCACATCTACTGAAAAAACAGAAATATCCTTTATAAAGTAATAAACAAATAATAAAAAATTTTTTT‑TATGTACAGG‑AAGATTTAAGCCCTCCCCTTAGAGAATCGGGAAAAATAATGAAAGC‑G‑TGTCCTTT‑AACGAGAAAAAAAATTTTTCAACACACTTAAATACGCAATTTTGGCTT‑CCATCCAAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGaa < 1:406758/249‑1 (MQ=255) ttGCACAACTTCCTAAAAAACAGGAATATCTCAACAACAGTGATGAACAAGTAATGAAGAAACTTTTT‑TATGTGAATA‑AAGTTTAAACCCCTCCCCCTAGAGCATCGGAAAAAATAATAAAGGC‑G‑TTCCCTTT‑AACACAAAAAAAAAATTTAAAACACCTTTATCAACAAAATTTTGGTTT‑GAATCCAAAAAAACGAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAatatat < 2:59108/250‑1 (MQ=255) gcgcAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTT‑TATGTGCATG‑AAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGC‑G‑TGTCCCTT‑GACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACAATGGTGAGAATATAtt > 1:153126/1‑249 (MQ=255) gcacgttccaaaaaaaCAGAAATATCCTTAAAACAGGAATAAACGATTAAGAAAGAAGCTTTGT‑TA‑GTGGAAGAAAGTTTTACTGCCCCCCCTTGGAGAATGGGGAAAAATAATGAAAGC‑G‑TTTCCTTT‑AACACAAATAAAAATTTTACAACACTCTTATCTACTGAATTTTGGTTT‑TCACCCAAAAAAACGAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTAt < 2:410551/239‑1 (MQ=255) aaCTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTT‑TATGTGCATG‑AAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGC‑G‑TGTCCCTT‑GACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGt > 1:496731/1‑250 (MQ=255) aCTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTT‑TATGTGCATG‑AAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGC‑G‑TGTCCCTT‑GACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTc > 2:571105/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |