| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 4,570,451 | 0 | C | T | 42.9% | 97.9 / 30.3 | 70 | E277K (GAA→AAA) | hsdS | type I restriction‑modification system specificity subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/36); new base T (29/1); total (33/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.75e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TACCTTTTTGACCAGAAGTTGTTTTCACGCAGTTCATCATTGCATTTCGTGCTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCAATTTTCCATTAACTGCGCCCCCCAATACCGCTTGACGAAAACGTTT > NZ_CP009273/4570202‑4570700 | tACCTTTAGGACCAGAAGTTGATGTCACGCAGTTCATCATTGCATTTCGTGCTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGTAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACGTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCACCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTc < 2:349693/250‑1 (MQ=255) tttGACCAGAAGTTGTTTTCACGCAGTTCATCATTGCATTTCGTGCTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACttt < 1:55284/249‑1 (MQ=255) aGTTGTTTTCACGCAGTTCATCATTGCATTTCGTGCTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTACTTTT‑T‑T‑AAC‑ATTCt > 1:362244/1‑250 (MQ=255) ttgttTTCACGCAGTTCATCATTGCATTTCGTGCTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAg < 1:30171/250‑1 (MQ=255) tgttTTCACGCAGTTCATCATTGCATTTCGTGCTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTCACTTTC‑T‑T‑TAA‑ATTCTat > 1:203891/1‑248 (MQ=255) cACGCAGTTCATCATTGCATTTCGTGCTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTATTTTTCTTTT‑T‑T‑TAC‑ATTCTATaaaaca > 1:491850/1‑246 (MQ=255) atcatTGCATTTCGTGCTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑tttt < 2:453517/250‑1 (MQ=255) atcatTGCATTTCGTGCTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑tttt < 1:559136/250‑1 (MQ=255) atTGCATTTCGTGCTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGa < 2:471306/249‑1 (MQ=255) atTGCATTTCGTGCTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGAt < 1:445399/250‑1 (MQ=255) cagttCGTGCTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTTGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTa < 2:641183/246‑1 (MQ=255) tttCGTGCTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTTTTTACTTTC‑T‑T‑TAA‑ATTTTATAAAACGAATATCT‑tttttttctttat > 2:24117/1‑241 (MQ=255) ttCGTGCTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGATTTATTTACTTTT‑T‑T‑GAA‑ATTCTTAAAACCAAATATTG‑tttttttttacaat > 2:514711/1‑240 (MQ=255) tCGTGCTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATg < 1:99564/249‑1 (MQ=255) cTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAg < 2:473216/249‑1 (MQ=255) aGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTGCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACg < 1:667387/250‑1 (MQ=255) gATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAg < 1:557112/250‑1 (MQ=255) aaaaaaaTATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTTTTTTCTTTT‑T‑GTAAA‑TTTTTTAAAACCCATAATCG‑TTTT‑ATTTATCTAGCCTGCACGTACAGaaa > 2:197045/1‑248 (MQ=255) aaaaaaTATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTa < 2:721906/250‑1 (MQ=255) aaaaaTATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTTTCTTTT‑T‑T‑AACAATTTTATAAA‑CAACAATTG‑TTTTGATTTTCATGGGCCGCACGTACAAAAATa > 2:499546/1‑249 (MQ=255) aaaaTATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAAt < 1:174748/250‑1 (MQ=255) atTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTACTTTT‑T‑T‑AAA‑ATTCTAGAAAACGAAAATCG‑TTTTTATCTACATTGCCAGCACGCACAGAACTAAAGCgt > 1:580/1‑249 (MQ=255) tttCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTACTTTT‑T‑T‑TAC‑ATTTTAGAAAACACATATTT‑TTTTTTTTTAAATTTCCAGAACGTACAGAAATAATGAgtag > 1:50446/1‑250 (MQ=255) tttCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTTCCTTTT‑T‑T‑CAC‑ATTCTAGAAACCGAAAATAG‑TTTTTATCTACATTGCCAGCACCCACAGAAATAATGCgtag > 1:442649/1‑250 (MQ=255) tttCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAATTTTCTTTC‑T‑G‑AAA‑ATTCTCGAAAACCAAAATCC‑TTTTTTTCTATATGGCCATCACTTACACAACTAAAGctac > 1:28050/1‑246 (MQ=255) cGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTT‑T‑T‑AAA‑ATTCTAAAAAACGAAAATAG‑TTTTTTTTTATATGGGCAGGAACGACAGAAATAATACgtagagt > 1:231041/1‑247 (MQ=255) tatTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTTCTTTT‑T‑T‑TAC‑CTTCTTGTAAACCAATTTAG‑TTTTTTTTTTCATTGCCAGCCCGTCCAATAATAATACGTAGTATTTGAt > 2:224612/1‑250 (MQ=255) tCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTACTTTC‑T‑T‑AAA‑ATTTTAGAAAACGAATATCG‑TTTTTTTTTACATTGCCAGCCCGTACAAAAATAAAGCGGAGGAtttgtttac > 1:251761/1‑243 (MQ=255) tCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTACTTTCTT‑G‑AAA‑ATT‑TAGAAACCGAAAATCG‑TTTTTTTCTACATTGGCCGCACGTACAGAAATAATTCGGAGTATTTGGTG‑ACCA‑Acaccaactt > 1:205481/1‑246 (MQ=255) ttGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTTACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTTTAAAACGAATATAG‑TTTTGTTTTAACTTGCTAGAACAGCCAGCACAAATGTGTAGGATTTGATG‑AGCA‑AAACCA‑CTTTCAt > 2:671048/1‑250 (MQ=255) gTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTTCTTTC‑T‑T‑TAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTTATCTACATGGCCCGCACGTACAGAACTAAAGCGTAGTATTGGATG‑ATCC‑ACACCA‑CCTTCAtttt > 1:433362/1‑249 (MQ=255) gAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTtg < 2:332414/249‑1 (MQ=255) gCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTtgatg < 1:690620/250‑1 (MQ=255) gAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGaaa < 1:499546/249‑1 (MQ=255) tttATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTa < 2:381611/250‑1 (MQ=255) aTCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTACTTTT‑T‑T‑AAA‑AATTTATAAAAAGAATATTT‑TTTTTTTTTTAATTGCCTGCACGTAAATAACAAATGCTGAGTATTGGATT‑AACA‑AAACCA‑CATTCTTTTTGGTTTTATTAAAGACCAATACGt > 2:85066/1‑250 (MQ=255) aGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTTGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAAt < 2:6056/250‑1 (MQ=255) ataGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTACTTTC‑T‑T‑AAC‑ATTCTTGAAACCGAATATCG‑TTTTTATTTATCTGGCCAGCACGTACAGAAATAATGAGTTGTATTGGATG‑ACCA‑CAAACA‑CTTTCATTTTGGTTTTTTGAAAAAACATTaaataaattagt > 1:509435/1‑239 (MQ=255) aGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAATCTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTTATTCCTTTT‑T‑T‑ATA‑ATTCTATAAAACCACTAACA‑GTTTTATTTGTATGTTTCGCACCTACAAAAATAATTCGTAAGCTTTGTTA‑ACCT‑ACACCACCTTTTTTTTGTCTTT‑ATGTAAGACCATTACGCAAttacatt > 2:465506/1‑244 (MQ=255) tttGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTACTTTT‑T‑T‑TAA‑AATTTTGAAAACCAATATTG‑TTTTTTTTTATATAGCCAGCACGTACAGAAATAATTAGTAATATTTGATG‑ACCACAAACAA‑CTCTC‑TTTTGCTTTTATTTAAAAACAATTCGTAATTTAGGTaaaa > 2:263144/1‑244 (MQ=255) gATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGAtt < 2:65161/249‑1 (MQ=255) aTGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTTCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATATGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATTGATTC‑a < 2:563051/250‑1 (MQ=255) aTTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTaa < 1:715143/250‑1 (MQ=255) ttttCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTACTTTT‑T‑T‑TAA‑ATTTTTGAAAACGAAAATCG‑TTTTTATTTACATTGCCAGCACGGAAAGAAATAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTTGGTTTTATGAAAAAACATTAAGTAATTTAGTTAAGATAGATTCAAAAATTTaatt > 1:685435/1‑248 (MQ=255) ttCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTCCTTTT‑T‑G‑AAA‑AATCTAAAAAACGAAAATTG‑TTTTTATTTACATGGCCAGCACGGACAAAAATAATTCGTAGGATTTGATG‑AACA‑AAAACC‑CTTTCATTTTGCTTTGATGAAAAACCAATACGGAATTTAGGTTAAAAAAATTT‑AAaaattaaatttt > 1:206142/1‑248 (MQ=255) aTAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTACTTTT‑T‑G‑AAA‑ATTCTAGAAAACGAATATTG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTTGATG‑ACCA‑ACACCA‑CCTTTATTTTGCTTTGATGAAAAACCATTACGTTAATTAGTTTAGATAGATTT‑AAAAATTAAATTTTTaa > 1:191744/1‑249 (MQ=255) aCCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATa < 2:667703/249‑1 (MQ=255) cccACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCCAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTTTTGCGGTTTAGTTTACTGTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑TCACCA‑CTTTCATTTGGCTTTTATGAAAGACCATTAAGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑a < 2:190869/250‑1 (MQ=255) cacaAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTTTTTTCTTTT‑T‑T‑TAC‑ATTCTTTAAACCCAATATTG‑TTTTTTTTTTCATTGCCAGACCGTGCAGAAATAATATGTAGTATTGGGTG‑AACA‑ACACCA‑CTTTTATTTTGTTTTTTTGAAAAAAAATTAAGTTATTTTGTTAAGAAAGATTT‑AAAAATTTATTTTTTTAATAC‑aa > 2:386975/1‑248 (MQ=255) caAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTATTTTA‑TAG‑AAA‑TTTCTTTAAA‑CGAATATTG‑GTTTTTTTTTTATTGCCCGCACCTACACAAAACAATAGAAGTATTTGATT‑AACA‑ACAACA‑CTTTCATTTGGTTTTGATTAAAGAAAATTAAGTAATATAATTAATATAGATTT‑AAAATTTTACTTTTtatataatgaac > 2:582834/1‑244 (MQ=255) caAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATAACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAAt < 2:198703/250‑1 (MQ=255) aaCACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGt < 1:369318/250‑1 (MQ=255) cacCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGTTg < 2:611119/250‑1 (MQ=255) ccAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGTTGCg < 1:743020/250‑1 (MQ=255) caacaaATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTAATTTT‑T‑T‑AAA‑CTTCTTTACAACGAATATTT‑TTTTTATTTACATGGCCCGGACACACCGAAATCAAAAGTAGTCTTTGATG‑ACAA‑ACACCC‑CTCTCATTTTGGTTTTGTGAAAAACCAATATGTAATTTAGTTTAGATAGATTT‑AAAATTTAACATTTTAAATAT‑AGAATAtttttg > 2:569900/1‑246 (MQ=255) caaATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGTTGCGGCTc < 1:340116/250‑1 (MQ=255) caaATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGTTGCGGCTc < 1:386975/250‑1 (MQ=255) cTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTT‑T‑T‑TAC‑ATTTTAGAAAACCAATATTG‑TTTTTTTCTAAATGGCCAGCACGTACAGAAATAATGCGTAGTATTTGGTG‑AACA‑AAACCA‑CCTTTATTTTGCTTTTATTAAAGAACATTTCGTAATTTAGTTAAGATAGATTT‑AAAAATTTAATTCTTAAATAC‑AAAATGTTGCGGCTCaaaaat > 1:523877/1‑248 (MQ=255) cTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGTTGCGGCTCAAAAt < 1:147713/249‑1 (MQ=255) aaCTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTACTTTT‑T‑T‑TAT‑ATTTTTAAAAACAAATATTGTTTTTTTTTTACTTGGCC‑TCACCGTCAGAACAAATACGTAGTATTTGGTG‑AACC‑ACACCC‑CTTTTATTTTGCTTTTTTGAAAAACCAATACTCAATTTAGTTAAATTTGATTT‑AAAATTTTATTTCTTTTATACAAAAATTTTTTTGCTCAAAATTaa > 2:221000/1‑249 (MQ=255) aaCTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGTTGCGGCTCAAAATTAc < 2:233547/249‑1 (MQ=255) ttCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTTACTTTT‑T‑T‑AAA‑ATTCTAGAAAACGAATATTG‑TTTTTATCTACATTGCCAGCACGTACAGAAATAATGCGTAGTATTTGGTG‑AACA‑AAACCA‑CTTTCATTTTGCTTTTATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAAATTAACTTCTTTAATAC‑AGAATGTTTCGGCTCAAAATTATGCCa > 1:101852/1‑250 (MQ=255) taGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTg < 2:167847/250‑1 (MQ=255) aaaGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTTGTTTACATTT‑T‑T‑TAC‑ATTCTTAAAACAGAAAATCG‑TTTTGTTTTTTATTGCCCGCACGGACAAAAAACATTAGTAGTATTTGTTGAACCA‑AAACCC‑CTTTC‑TTTTGTTTTTTTTAAAGAACAATTCGTAATTCAATTAAGAAAAATTT‑AAAATTTAAATTTTTTAAAAA‑AGAATGATGTGGCTCAAAAATAAGCCATTTTTTTGTCACATTTTCAtt > 2:739251/1‑250 (MQ=255) aaGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAAGTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCAATTTTCCATTa < 1:62632/250‑1 (MQ=255) aGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTTACTTTT‑T‑G‑AAA‑ATTCTAGAAACCGAAAATCG‑TTTTTATTTACATTGCCCGCACGTACAAAAATAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTTGCTTTTTTGAAAAAACATTACGTAATTCAGTTAAGATAAATTC‑AAAAATTAACTTCTTAAATAC‑AAAAAGTTGTGGCTCAAAAATAAGCCATTTTTTTTTCAATTTTTCATTa > 1:70991/1‑249 (MQ=255) tAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCAATTTTCCATTAACTGCGCCCCCCAAt < 2:25695/250‑1 (MQ=255) gCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCAATTTTCCATTAACTGCGCCCCCCAATACCGCTTg < 1:32022/249‑1 (MQ=255) gCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCAATTTTCCATTAACTGCGCCCCCCAATACCGCTTGa < 1:312547/250‑1 (MQ=255) ggTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCAATTTTCCATTAACTGCGCCCCCCAATACCGCTTGACg < 2:608981/250‑1 (MQ=255) tAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCAATTTTCCATTAACTGCGCCCCCCAATACCGCTTGACGaaaa > 2:555748/1‑250 (MQ=255) cACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCAATTTTCCATTAACTGCGCCCCCCAATACCGCTTGACGAAAACGttt > 2:646980/1‑250 (MQ=255) cACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCAATTTTCCATTAACTGCGCCCCCCAATACCGCTTGACGAAAACGttt > 1:683176/1‑250 (MQ=255) cACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCAATTTTCCATTAACTGCGCCCCCCAATACCGCTTGACGAAAACGttt > 2:486543/1‑250 (MQ=255) | TACCTTTTTGACCAGAAGTTGTTTTCACGCAGTTCATCATTGCATTTCGTGCTGAGGGGGATGAAAAAAATATTTCGATATATTCTGGTAAAGCATCTTTGGTTAATCGAGCTCGAATAAGTTTATCAGGATATAGCAAATTTTGATGTTGTAATTTTTTCAATAACCCACAAACACCAACAAATTCTAAACTTCCGTTATAGCGAGTAAATAAAAGATCTCCATCTTGTAATTTGTGGCGGTTTAGTTCACTTTC‑T‑G‑AAC‑ATTCTAGAAACCGAATATCG‑TTTTGATCTACATGGCCAGCACGTACAGAACTAATGCGTAGTATTGGATG‑ACCA‑ACACCA‑CTTTCATTTGGCTTTGATGAAAGACCATTACGTAATTCAGTTAAGATAGATTC‑AAAATTTAACTTCTTAAATAC‑AGAATGTTGCGGCTCAAAATTACGCCATTTTTCTGTCAATTTTCCATTAACTGCGCCCCCCAATACCGCTTGACGAAAACGTTT > NZ_CP009273/4570202‑4570700 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |