Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 328,711 | 0 | A | G | 34.4% | 111.2 / 17.3 | 64 | G210G (GGA→GGG) | pdeL | DNA‑binding transcriptional activator/c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeL |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/37); new base G (22/0); total (27/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e-12 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAAC‑GTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGCAAATGGCGAGT > NZ_CP009273/328464‑328960 | cGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGAtt < 1:595314/250‑1 (MQ=255) ttttCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGGTGTTTTTTGGCAGCGGGGTTTg > 1:536765/1‑249 (MQ=255) cTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGGGGGGTTTGgaaa > 1:625794/1‑249 (MQ=255) cgcgcgtagtGGCGTACTGACGGGCTGGGAGGTGCTTGTCCGCTGGAAACATCCACAAACGGTAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCAGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGAGGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATAAACGTCTCGGCGGGTTGTTGTTTGGCAGCGGGATGTGaaaaa < 2:497897/238‑1 (MQ=255) cgcgcAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAaga < 2:381843/249‑1 (MQ=255) gcgcAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGGTGTTTTTTTGCCGGGGGGGTTGtaaaaaa > 1:161423/1‑246 (MQ=255) gCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCt < 2:416553/250‑1 (MQ=255) cGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTg < 2:26398/250‑1 (MQ=255) tACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGAttt < 1:103485/227‑1 (MQ=255) aCGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTtaat < 1:257951/249‑1 (MQ=255) cGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTtaataa < 2:651784/250‑1 (MQ=255) tgtgAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTTGCAGCGGGATTTGTAAAAGAGTG‑TCCTAAACTGGTTTATAAAtttg > 1:428977/1‑248 (MQ=255) tgAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAgg < 2:119016/249‑1 (MQ=255) cTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGAt < 1:746941/249‑1 (MQ=255) tCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTTGCCGCGGGGTTTGAAAAAGAGGG‑TCTTAACCTGGTTTATAAATTAGGTAACGATaaaa > 1:664091/1‑249 (MQ=255) cGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCTGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCa < 2:59897/250‑1 (MQ=255) 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cacaAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGa < 2:646119/250‑1 (MQ=255) aCGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTaa < 2:520570/250‑1 (MQ=255) aaTTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTTGCAGCGGGGTTTGAAAAAGAAGG‑TCTGAACCCGGGTAATAAATTTGGTAACGGTAAAATCAAGTCGGTTCTCCGGCTAACCGaa > 2:504704/1‑250 (MQ=255) 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ccATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGGTGTTTTTTTGGAGCGGGGTTTGAAAAAGAGTG‑GCTGGAACCGGTTAATAAATTAGGGAACGATAAAAACAAGCTGGTTTTCGAGCTAAAGGAAC‑GTAACCCTATTTCGGGAACGCCAAAAGCCAGAGCGGTATTTTACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGGCTTTGGGACGGGGTATGGGACCTATTGTTAATTTCCGGCGTTCCCg > 2:660276/1‑250 (MQ=255) ttGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAAC‑GTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCg < 2:712925/249‑1 (MQ=255) gCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAAC‑GTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGAtt < 2:203950/249‑1 (MQ=255) ggcggGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAAC‑GTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGa < 1:8876/249‑1 (MQ=255) gggTTGGTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAAC‑GTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGTCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAg < 1:452847/250‑1 (MQ=255) ggTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAAC‑GTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGt < 2:602035/250‑1 (MQ=255) ttttGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAAC‑GTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTtgt > 1:236229/1‑250 (MQ=255) tGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAAC‑GTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGc < 2:659726/249‑1 (MQ=255) ggCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAAC‑GTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGCa < 2:44737/249‑1 (MQ=255) gCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAAC‑GTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGCaa < 2:94417/249‑1 (MQ=255) cAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAAC‑GTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGCAAAt < 2:428977/250‑1 (MQ=255) aGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAAC‑GTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGCAAATg < 2:422465/250‑1 (MQ=255) aTTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAAC‑GTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGCAAATGGCGAgt < 1:106626/250‑1 (MQ=255) | CGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTATTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGGACAATTTCCATATTGGCATCAACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTG‑TCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAAC‑GTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGCAAATGGCGAGT > NZ_CP009273/328464‑328960 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |