| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP009273 | 2,178,678 | 0 | T | G | 36.0% | 131.9 / 22.2 | 75 | T35P (ACC→CCC) | thiM | hydroxyethylthiazole kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/38); new base G (27/0); total (37/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAGTTCATGACAAAAATGGCGGCGATAATCGAGCGCACCCACCGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGTAA‑AGGTTTGCACCACAT‑CATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCT‑GAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATC > NZ_CP009273/2178433‑2178926 | aatttCATGACAAAAATGGCGGCGGTAATCGAGCGCACCCACAGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCATCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGTAA‑AGGTTTGc < 2:563174/247‑1 (MQ=255) aaaaaTGGCGGCGATAATCGAGCGCACCCACCGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGTAA‑AGGGTTGGACCACAT‑CAtt > 1:520566/1‑250 (MQ=255) ggcggcGATAATCGAGCGCACCCACCGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGTAA‑AGGTTTGCACCACAT‑CATTGGTCAt < 2:284898/250‑1 (MQ=255) ggcggcGATAATCGAGCGCACCCACCGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGGAA‑AGGGTTTCACcacaccctgtgttaa > 2:745413/1‑239 (MQ=255) gcggcgATAATCGAGCGCACCCACCGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGTAA‑AGGTTTGCACCACAT‑CATTGGTCATg < 2:721176/250‑1 (MQ=255) cggcgATAATCGAGCGCACCCACCGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGTAA‑AGGGTTGCACCACAT‑CATTGGTCATGc > 1:36254/1‑250 (MQ=255) gATAATCGAGCGCACCCACCGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGGAA‑AAGGTTGTACAACAA‑CCTTTGTCCTGCCGTg > 2:445424/1‑250 (MQ=255) tAATCGAGCGCACCCACCGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGAAA‑AGAGTTGCGCACCAT‑ACATGGTCATGCAGTGcc > 2:336111/1‑249 (MQ=255) aTCGAGCGCACCCACCGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGCGGGAAA‑AGGTTTGC‑CCACCT‑CATTGGTCAttgcgggcac > 2:293567/1‑240 (MQ=255) aTCGAGCGCACCCACCGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGTAA‑AGGTTTGCACCACAT‑CATTGGTCATGCAGTGcac < 1:725320/249‑1 (MQ=255) 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tAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGTAA‑AGGTTTGCACCACAT‑CATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGAGTGCGCT‑GAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTGTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCAGTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTtcgc < 2:103356/250‑3 (MQ=255) tCGCTGGCGAGGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGTAA‑AGGTTTGCACCACAT‑CATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCT‑GAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCtt < 2:683525/250‑1 (MQ=255) cTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGTAA‑AAGGTTGCACCACAT‑CATTTGTCTTGCCGTGGACAAGAGGGGAATGTTGGGGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCC‑GAACCCACCAGGTCGCCTTGCATAGATTTCTTCTGCCCTAACCGGAAAGAGCAATGACCTGGAGGTCCTTGAGTTCCCTACACTGGCATTATCACGATCAGGTGTAACGGGTTTTTCTCCGACtttcc > 2:693541/1‑247 (MQ=255) gATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGTAA‑AGGTTTGCACCACAT‑CATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCT‑GAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGa < 1:718510/250‑1 (MQ=255) tGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGTAA‑AGGTTTGCACCACAT‑CATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGGATGTTGGTGGAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCT‑GAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAAAGTGAAGAAGCAATGAACTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCCTTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTTTCAGCCTTCACGCCGAAg > 1:263176/1‑250 (MQ=255) gcCAGCAAGGTATTGGC‑GGTAA‑AGGTTTGCACCACAT‑CATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCT‑GAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGa < 2:476442/250‑1 (MQ=255) 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aGGTATGGGC‑GGTAA‑AGGTTTGCACCACAT‑CATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCT‑GAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGttt < 2:475150/250‑1 (MQ=255) ttGGC‑GGTAA‑AGGTTTGCACCACAT‑CATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCT‑GAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGtt < 2:36254/249‑1 (MQ=255) ttGGC‑GGTAA‑AGGTTTGCACCACAT‑CATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCT‑GAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTg > 1:633204/1‑250 (MQ=255) 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tAA‑AGGTTTGCACCACAT‑CATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCT‑GAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCgatgat < 2:127989/250‑1 (MQ=255) gTTTGCACCACAT‑CATTGGTCATACAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCT‑GAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATc > 1:6290/1‑250 (MQ=255) | AAGTTCATGACAAAAATGGCGGCGATAATCGAGCGCACCCACCGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGTAA‑AGGTTTGCACCACAT‑CATTGGTCATGCAGTGCACAAGAGGGGAATGTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCT‑GAACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATGACCTGGTGGTCCGTGACTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATC > NZ_CP009273/2178433‑2178926 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |