| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,221,757 | 0 | G | C | 39.0% | 60.5 / 13.3 | 41 | pseudogene (481/1436 nt) | mdtQ | multidrug resistance outer membrane protein MdtQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/9); new base C (6/10); total (22/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAA‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCA > NZ_CP009273/2221514‑2221991 | ttGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGCTCGCGGTTCGCCCCCCCTGC‑TTTTA‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGCAACCTCCGCCCgct > 1:122004/1‑248 (MQ=255) cTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAA‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTc < 2:352436/249‑1 (MQ=255) tgCATTATTATCGGTGTCCACGACTGCAACAGAGGAAGTAAGCCCGGTCTGATATAGACGGCGATCGGTCTCGATATTGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGACGCCTGGTTTT‑AACACGCCCATTCCAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTGC‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGTCGGTATCCTCCGCCCGATTCtt < 2:350213/248‑1 (MQ=255) ttAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTTCTCGCGGTCCGCCGCCCCGGCTTTTAA‑CCG‑A‑CCC‑CGGC‑GGGCAGGAAACTCCGCCCGATTCTTTtccc > 1:282536/1‑250 (MQ=255) tatCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAA‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGat < 2:212939/250‑1 (MQ=255) tCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGCTCGCGTTCCCCCGCCCGTGG‑CTTAA‑CCCGA‑CCC‑CGGC‑GGGCAGGAACCTCCGCCCGGTTCTTTTCCCAGatat > 1:6133/1‑250 (MQ=255) ggTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTTCGCCGCCCCCGC‑TTTTA‑CCCTA‑CCC‑CGGC‑GGGCAGTCACCTCCCCCCCCGTCTTTTCCCAGATATc > 2:259652/1‑249 (MQ=255) gTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAA‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCga < 1:205075/250‑1 (MQ=255) cacaCCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAA‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATg < 2:358904/249‑1 (MQ=255) ccTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAA‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGc < 2:24801/250‑1 (MQ=255) cTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTGCTCCCGGTCCCCCCCCCCTGC‑CTTTA‑CCGTA‑CCC‑CGGC‑GGGGCGGAAACCCCCCCCCACTCCTTCCCCCGCTATCgcgctgaccacc > 2:523276/1‑239 (MQ=255) tGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTTCTCGCGGTTCCCCGCCCCTGC‑TTTTA‑ACCTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAAACCCCCCCCCGTTCTTTTCCCCGATATCCA‑GATGCCACCCCCCCCtt > 1:75490/1‑250 (MQ=255) atatgtcTGGCGACCGGCCGCGATATTTGTTTTCTGTTTTTTTTCTATTTGCTGCAAGCCCGTTTTTACCGCCGCCTGGTTTG‑CCCCCCCCCATTCCGGGCGGGCTACGCTGCCCGCCAGCAATTGGCGGTTTTGCCCGCGTCCCGCCGCCCTTGC‑TTTAA‑CCGTC‑CCC‑AGGG‑GGGCGGTACCCCCCGCCCTATTCTTCCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTg < 2:132577/241‑1 (MQ=255) gATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAA‑CCGTA‑CCC‑CGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTTCCCCGATATCCA‑GATGCCAGCCCGCCCTTTAG‑CCAAAAGTACCGCTTGTGTACCACCGGCCGGTCGTACCt > 1:64899/1‑250 (MQ=255) gCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTTCTCGCGGTCCCCCCCCCCCGC‑CTTTA‑CCCTA‑CCC‑CCGCGGGGCGGAAACCCCCCCCCCTTTTTTTCCCC‑CATATCCAGGAGGCCA‑CCCGCCCCTTAG‑CCCAAAATACCGCTGGGGTTCCCCGGGGCGGGGGGACCCGCGGCCGGGTCggt > 2:713605/1‑248 (MQ=255) ctctTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTTCTCGCGGTCCGCCCCCCCCGC‑TTTTA‑CCCTACCCC‑AGGG‑GGGGGGGAACCCCCCCCCCCTTTTTTCCCC‑GATATTGG‑GATGGCCGCCCCCCCCTAAGCCCAAAAAAACCCTTGGGGTCCCAC‑GGCCGGGCGGACCCCCGGGCGGGCCGTTc > 2:52700/1‑250 (MQ=255) tttCTATTTCCTGCAACACCGT‑TTTTACCCCCCCTGGGTTTGGCCCCCCCCAGTACGGGCGGCCTCCCCTGCCACCCAGCATTTGGCGGTTTTCCTCGCTTCCCCCCCCCCTTCT‑TTTAC‑CCGTC‑CCC‑GGGC‑GGGCAGTACCCTCCCCCCGATTCTTCCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCagag < 2:260020/249‑1 (MQ=255) ggcagcataccggtgtTCCACGCGGCCGTGGTTG‑GCCCCCCCAAGTCAGGGGGGGCTCCGCGGCCACCCAGCAGTGGGCGGGTTTGCTGGCGTCCCGCCGCCCTTTC‑TTTAA‑CCGTC‑CCA‑GGGC‑GGGCGGTACCCCCCGCCCGATTTTTCCCCCAGATATCGG‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGc < 2:129358/237‑1 (MQ=255) gccgccGGGTTTT‑GCCACCCCCAGTCCGGGGGGGCTCCGCTCCCAGCCAGCAATGGGCGGGTTTGCTCGCCTCCCGCCGCCCGTGC‑TTTAA‑CCGTC‑CCC‑GGGC‑GGGCAGTACCCCCCCCCCGATTCTTCCCCCAAATATCGA‑GATCCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACa < 2:61076/250‑1 (MQ=255) ccACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTTGTCGCGTTCCGCCCCCCCGGC‑TTTTA‑CCCTA‑CCC‑CGGG‑GGGGCGTAACCCCCCCCCCGTTTTTTCCCCCGATATTCC‑GATGGCCACCCCCCGTTCAG‑CCCAAAGAACCCGCGGTGTGACACGGGGCGGGCGTACCCCGGGCCGGGACGGTCCCAGGCAAAGGCCCCCCTAAGCCGTCGGCCCGCAtttttttgcgcccc > 2:375/1‑242 (MQ=255) ccccGGTACGGGGGGGCTCCGTGGCCCCCCCGCATTGGGGGGGTGTGCCCCCGTCCCGCCGCCCGTGC‑TTCAC‑CCGCC‑CCC‑AGGG‑GGGCACTACCCCCCCCCCCTTTTTTCCCCCAGATAGGGA‑GCGGCCCGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCatat < 2:575287/249‑1 (MQ=255) cAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCTCCGCCCGTGC‑TTTAA‑CCGCA‑CCC‑AGGC‑GGGGCGTTATCTCCGCCCGCCTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATTCCAGCCCGCCGCTAAG‑CCCAAAGTACCGTCCGGGTACCACCGGCCCGTCGCACCTGCTGCCCGCTCGCTCAGAGCCAACAGACTCAGTAAGCCTTCCGCTGACATTTTTTGTCTCCCCATATccctccc > 2:228711/1‑244 (MQ=255) gggCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGCGC‑TTTAA‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTc > 1:319672/1‑250 (MQ=255) tgctgcgctgcCACCCAGCATGGGGCGGTTTTCCCCGTCTCCCGCC‑CCCGTTG‑TTTAACCCGTC‑CCG‑GGGG‑GGGCAGCACCCCCCCCCCGTTTTTTCCCCCATATTTCGA‑GATCCCACCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCg < 2:645571/249‑1 (MQ=255) cGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAA‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGGTTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCCCCGTTAAG‑CCCAAAGTACCGTTGGTGTACCACCGGCCGGTCGTACCTGCGGCCCGAACGGTCAGAGCAAACGGCCCCACTAAGCCTTTTGCCGACATTTTTTGCCGCCCCATATCCGCCGGAAAGTCCATCTg > 2:175941/1‑250 (MQ=255) agcAATGGGCGGTTTTCCTCGCGTTCCGCCCCCCGTGC‑TTTAC‑CCGTC‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCCCCCCCCGATTCTTCCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCt < 1:713605/250‑1 (MQ=255) cGGTTTTGCTCCCGTCCCGCCCCCCGTTC‑TTTAC‑CCGTC‑CCC‑AGGC‑GGGCATTCCCCCCCCCCCGATTCTTCCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCaa < 1:350026/250‑1 (MQ=255) ggTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAA‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACt > 1:490442/1‑250 (MQ=255) ggTTCGCTCGCGTTCCCCCGCCCGTTC‑TTTAC‑CCGTC‑CCC‑GGGG‑GGGCAGTACCCTCCCCCCGATTCTCTCCCCAGATAGCGA‑GCGGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACt < 2:19021/250‑1 (MQ=255) gtttcgcgccgTTCCCCCCCCCCTTC‑TTTCA‑CCCGA‑CCCGGGGG‑GGGCAGTCCCCCCCCCCCGATTCTTCCCCCAGATAGCGA‑GATGCCCGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCAGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACt < 2:258393/241‑1 (MQ=255) tGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAA‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCt > 1:35552/1‑250 (MQ=255) cgcgTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAA‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGc > 1:549032/1‑250 (MQ=255) cgcgTCCCCCCCCCCGTGT‑TTAAC‑CCGTC‑CCC‑GGGC‑GGGCAGAACCCCCCGCCCGTTTCTTCCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGc < 1:146357/250‑1 (MQ=255) cgTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAA‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCt > 2:37039/1‑250 (MQ=255) cgccCGTGC‑TTTAA‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCtt > 1:684435/1‑248 (MQ=255) cccGTGC‑TTTAA‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCagc > 1:694690/1‑250 (MQ=255) ccGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGCTTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGACAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATgcg > 2:478003/1‑250 (MQ=255) tA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTg > 2:460680/1‑250 (MQ=255) ccc‑AGGC‑GGGCATAACCCTCCCCCCTATTCTTCCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGtt < 1:606871/250‑1 (MQ=255) cgggC‑GGGCAGTACCCCCCCCCCGATTCTTCCCCCAAATACCGG‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCa < 1:583754/248‑1 (MQ=255) c‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCa > 2:678049/1‑250 (MQ=255) | TTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAA‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCA > NZ_CP009273/2221514‑2221991 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |