| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,221,768 | 0 | T | C | 36.6% | 59.0 / 10.3 | 41 | pseudogene (470/1436 nt) | mdtQ | multidrug resistance outer membrane protein MdtQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/5); new base C (0/15); total (21/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAA‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGT > NZ_CP009273/2221523‑2222017 | ttAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTTCTCGCGGTCCGCCGCCCCGGCTTTTAA‑CCG‑A‑CCC‑CGGC‑GGGCAGGAAACTCCGCCCGATTCTTTtccc > 1:282536/1‑250 (MQ=255) 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c‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCa > 2:678049/1‑250 (MQ=255) cccccccccgtaTTCTTCCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCatat < 1:367930/239‑1 (MQ=255) cccccGTTTCTTCCCCCAGATATCGA‑GATGCCCGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGt < 1:125245/248‑1 (MQ=255) 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TTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGC‑TTTAA‑CCGTA‑CCC‑AGGC‑GGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGA‑GATGCCAGCCCGCCGTTAAG‑CCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGT > NZ_CP009273/2221523‑2222017 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |