| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,995,399 | 0 | A | C | 51.1% | 52.5 / 74.6 | 45 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase sigma factor FliA/H48 family flagellin FliC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/3); new base C (0/23); total (19/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.32e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.19e-08 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCG‑TTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGC‑AGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGCCAACACG > NZ_CP009273/1995153‑1995648 | ccACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCG‑TTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGC‑AGAAAAAAAcc < 1:125566/249‑1 (MQ=255) gcgGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCG‑TTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGC‑AGAAAAAAACCCCGCCGGTg > 1:555663/1‑250 (MQ=255) ggCAGTCAAACCTGCGGGCGAAATGTTTCGGGACGCCCCAGGGGGACATACCGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCGGGGTTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCT‑TTATATGAGTTATCGGCATGATTACCGTTTTCTGCAGGGTTTTAAATCGGACGATTAGTGGGTGAAAGGAGGGTTTTTTTGGGGGTTACAGGTAAATCCC‑AGGC‑AAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCg < 2:140572/250‑1 (MQ=255) gcgcAATGCTTCGTGACGCCCCAGCGGAACATAACGCTGCCCCAGCGAGTTTTTATCCATTACCCCTTAAGCGGTATAGAGTAAATTCACGATAAACAGCCCTGCG‑TTATATGAGTTATCGGAATGATTATCCGTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAATGGGGGGTTATTGGGGGGTTACAGGAAAATTCC‑AGGC‑AAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGa < 1:425880/250‑1 (MQ=255) 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tATCCATTCCCCCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCT‑TTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAATGAGGGTTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGC‑AGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTAc < 1:344786/249‑1 (MQ=255) aTCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCG‑TTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGC‑AGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACa > 2:258079/1‑249 (MQ=255) ccATTACCCCTCCAGGGGTATAGAGTGAATTCACAAAAACCGGCCCTGTT‑TTATAGGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGTTTTTTAAGCGGACGATTAGTGGGTGAAAGGAGGGGTTTTTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGA‑AAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTCATCCGGCCTACaaaa < 2:72421/250‑1 (MQ=255) 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aaaCCGCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGATTTATGTTGCCGGATGCGGCGGAAACGCCTTATCCGGCCCACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCCAGTCCACTTGTAGGCCTGGTAAACGCAGGGCATCAAGCAATTTGGCCTTGCCGTCAGCCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCGCCAGCAGACACAGAACCTGCTGCGGAACCTGGTTAGCTTTTGCCAaca > 2:409703/1‑250 (MQ=255) aaCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGCCAacac > 1:512455/1‑250 (MQ=255) aCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGCCAACACg > 1:277977/1‑250 (MQ=255) | CCACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCG‑TTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCC‑AGGC‑AGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGCCAACACG > NZ_CP009273/1995153‑1995648 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |