| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,897,051 | 0 | C | A | 44.9% | 76.6 / 28.3 | 49 | intergenic (+318/+1055) | ygcE/queE | FGGY‑family carbohydrate kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase QueE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/24); new base A (22/0); total (25/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.18e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GACAACTTAAAAAATGATAACAAGTCCGGTTTATCCCCGCTGATGCAGGGAACATAATAAAAACTTTAACTAGTTCGGTTTATCCCTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGG‑TTATGTAAAACCACT‑CATTA‑GC‑CT‑CAAAAC‑AAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTA‑TTCTAAAGAAAAAA‑TTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATT‑AAAATTTCTTAACGATTTAAGAATCATACAAATAACACTTTGATTAAATTTAATTTTTTGTATCGATAATTGTGAACCTCTCTGGCATGGAGAACTATTTTGAACATGAG > NZ_CP009273/2896814‑2897296 | gACAACTTAAAAAATGATAACAAGTCCGGTTTATCCCCGCTGATGCAGGGAACATAATAAAAACTTTAACTAGTTCGGTTTATCCCTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGG‑TTATTTAAAAACACT‑CATTA‑Ac‑c > 1:577593/1‑250 (MQ=255) aaCTTAAAAAATGATAACAAGTCCGGTTTATCCCCGCTGATGCAGGGAACATAATAAAAACTTTAACTAGTTCGGTTTATCCCTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGG‑TTTTTTAAAAACACA‑CATTA‑TC‑CT‑c > 1:483070/1‑249 (MQ=255) aaaTGATAACAAGTCCGGTTTATCCCCGCTGATGCAGGGAACATAATAAAAACTTTAACTAGTTCGGTTTATCCCTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGG‑TTATTTAAAAAAACT‑CATTA‑AC‑CT‑Caaaaa‑aaa > 2:433466/1‑249 (MQ=255) taccAAGTGCGGTTTTTATCCGCTTATGCAAGGAACATAATAAAAACAGTAACAAGTTCGGTTTATCCCTGGTTTTACAAGGAATATTAACTACACGCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACACTATCAATTCTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACGATACATCAACAACGTATAGAAGCTG‑TTATGTAGACCCACT‑CATGA‑TC‑CT‑CAAAAC‑AAATACaaa < 2:336635/246‑1 (MQ=255) 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GACAACTTAAAAAATGATAACAAGTCCGGTTTATCCCCGCTGATGCAGGGAACATAATAAAAACTTTAACTAGTTCGGTTTATCCCTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGG‑TTATGTAAAACCACT‑CATTA‑GC‑CT‑CAAAAC‑AAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTA‑TTCTAAAGAAAAAA‑TTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATT‑AAAATTTCTTAACGATTTAAGAATCATACAAATAACACTTTGATTAAATTTAATTTTTTGTATCGATAATTGTGAACCTCTCTGGCATGGAGAACTATTTTGAACATGAG > NZ_CP009273/2896814‑2897296 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |