| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,897,074 | 0 | G | A | 38.3% | 64.8 / 31.1 | 49 | intergenic (+341/+1032) | ygcE/queE | FGGY‑family carbohydrate kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase QueE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/26); new base A (18/0); total (22/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.91e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TAACAAGTCCGGTTTATCCCCGCTGATGCAGGGAACATAATAAAAACTTTAACTAGTTCGGTTTATCCCTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGG‑TTATGTAAAACCACT‑CATTA‑GC‑CT‑CAAAAC‑AAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACTGTTA‑TTCTAAAGAAAAAA‑TTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATT‑AAAATTTCTTAACGATTTAAGAATCATACAAATAACACTTTGATTAAATTTAATTTTTTGTATCGATAATTGTGAACCTCTCTGGCATGGAGAACTATTTTGAACATGAGGTGTTACGTGGATATGTTGCTT > NZ_CP009273/2896831‑2897318 | taccAAGTGCGGTTTTTATCCGCTTATGCAAGGAACATAATAAAAACAGTAACAAGTTCGGTTTATCCCTGGTTTTACAAGGAATATTAACTACACGCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACACTATCAATTCTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACGATACATCAACAACGTATAGAAGCTG‑TTATGTAGACCCACT‑CATGA‑TC‑CT‑CAAAAC‑AAATACaaa < 2:336635/246‑1 (MQ=255) cAAGTCCGGTTTATCCCCGCTGATGCAGGGAACATAATAAAAACTTTAACTAGTTCGGTTTATCCCTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGG‑TTTTTTAAAAACACC‑CATTA‑AA‑CT‑CAAAAA‑AAAAAAAAAATTc > 1:267068/1‑250 (MQ=255) aaGTCCGGTTTATCCCCGCTGATGCAGGGAACATAATAAAAACTTTAACTAGTTCGGTTTATCCCTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGG‑TTATTTAAAAACACC‑CATTA‑AT‑CT‑CAAAAA‑AAAAAAAAAATTc > 1:103388/1‑249 (MQ=255) cGGTTTATCCCCGCTGATGCAGGGAACATAATAAAAACTTTAACTAGTTCGGTTTATCCCTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGG‑TTATGTAAAAACACT‑CATTA‑GC‑CT‑CCAAAA‑AAAAAAAAAAATCCAGAtt > 1:209503/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |