| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 29,496 | 0 | T | A | 41.0% | 95.3 / 25.6 | 61 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase/glutamine‑hydrolyzing carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/3); new base A (0/25); total (33/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.72e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TAAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGCGGTTGGGGAAGTCGTTT > NZ_CP009273/29247‑29744 | taAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAatat < 1:132820/250‑1 (MQ=255) aaGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAAtata < 1:139538/249‑1 (MQ=255) gCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATaaaaaa > 1:384154/1‑250 (MQ=255) tttAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAACATAATATAAAAAATc > 2:399570/1‑250 (MQ=255) tttAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAATc > 1:642076/1‑250 (MQ=255) aaTTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAATCCCg > 2:226101/1‑250 (MQ=255) ttttGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCa > 2:237180/1‑250 (MQ=255) ttttttttttGGTGTTATTTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCAAAAAATTACATTTTTTGTTTTCTTTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCTCTTTTTTCTGCTCTTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAGGCGTTTCCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTAAATG‑CGTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTg < 1:90914/249‑1 (MQ=255) ttttATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGa > 1:234132/1‑250 (MQ=255) ttttGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCAC‑TTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAg > 1:288265/1‑250 (MQ=255) 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aaTG‑CTTGAAAAACAGGCATGAC‑CAAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGc < 1:240566/247‑1 (MQ=255) ccTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAggg > 1:50861/1‑250 (MQ=255) aaaaTAATATAAAAAATGCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGCGGTTGGGGa < 1:306355/250‑1 (MQ=255) aaaaTAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGCGGTTtggg > 2:391919/1‑249 (MQ=255) aataAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGCGGTTGGGGAAGTCg < 2:441387/250‑1 (MQ=255) ataAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGCGGTTGGGGAAGTCGttt > 1:515728/1‑250 (MQ=255) | TAAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGCGGTTGGGGAAGTCGTTT > NZ_CP009273/29247‑29744 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |