| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,759,031 | 0 | G | A | 39.1% | 100.6 / 19.2 | 64 | intergenic (‑388/+160) | sufA/ydiH | Fe‑S cluster assembly scaffold SufA/YdiH family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/10); new base A (0/25); total (29/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCC‑TTAAGTCT‑GTG‑CGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCC‑GGCGC‑‑TTAT‑CTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCG‑ATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAAGTCAGGATCAATGCACGCCCAGACGCCAGGCAAAGTAGATTTCTTCTTTTAATTCAGCAGAAGAGAGAGTAAGCAGGTCAGCAAATTCAAGTTC > NZ_CP009273/1758785‑1759277 | gTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCC‑TTAAGTCT‑GTG‑CGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCC‑GGCGC‑‑TTAT‑CTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCG‑ATAAGaat < 1:259673/250‑1 (MQ=255) cAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCC‑TTAAGTCT‑GTG‑CGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCC‑GGCGC‑‑TTAT‑CTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCG‑ATAAGAATAAtct < 2:225147/250‑1 (MQ=255) ggCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCC‑TTAAGTCT‑GTG‑CGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCC‑GGCGC‑‑TTAT‑CTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCG‑ATAAGAATAATCTCa < 2:454896/250‑1 (MQ=255) tcGCTAAGAATTAGGCATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGCGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCC‑TTAAGTCT‑GTG‑CGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACACCATCC‑GGCGC‑‑TTAT‑CTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCG‑ATAAGAATAATCTCATa > 2:552153/2‑249 (MQ=255) 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GTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCC‑TTAAGTCT‑GTG‑CGACACAGGCTTAAGGG‑TTTCTACCCCATCC‑GGCGC‑‑TTAT‑CTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCG‑ATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAAGTCAGGATCAATGCACGCCCAGACGCCAGGCAAAGTAGATTTCTTCTTTTAATTCAGCAGAAGAGAGAGTAAGCAGGTCAGCAAATTCAAGTTC > NZ_CP009273/1758785‑1759277 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |