| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,659,062 | 0 | C | A | 43.8% | 107.7 / 38.9 | 80 | A37S (GCG→TCG) | gadX | acid resistance transcriptional activator GadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/5); new base A (0/35); total (40/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAA‑TATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGG‑CTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTGTGATGTTCTACGGGCAGGAT > NZ_CP009273/3658820‑3659307 | tAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAA‑TATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGG‑CTTGCATCCGCAAAAAc > 1:618553/1‑249 (MQ=255) aaTGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAA‑TATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGG‑CTTGCATCCGCAAAAAcc < 1:577851/249‑1 (MQ=255) tctTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAA‑TATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGG‑CTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCa > 1:360678/1‑250 (MQ=255) tttACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAA‑TATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGG‑CTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCg > 1:169370/1‑250 (MQ=255) 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tCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAA‑TATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGG‑CTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGc > 2:315089/1‑250 (MQ=255) atagaaaaGTTTTTTATTCGGAGATAGTTGCGAAACTTCCAAAAAAAAAGGAA‑TATCTCTAAAACAGTGATAAACGAGTAAAAAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGAAAAAAAAATAAAAGCGTGTCCCTTGACAAAAATAAAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCAATTTTGG‑CTTGCACCCGAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGatat < 2:282943/244‑1 (MQ=255) gCGAAGATTTTTATTCTGCAATAGTTGCGCACCTTCCTAAAAAACAGAAA‑TATCTCTACTACAGTGATAAACGAGTAATGAAGAACCTTTTTTATGTGCATAAAGATTAAATGCCTCCTCCTGGAGCATCGGGAAAAATAATAAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTCCTCGATTTTGG‑CTGGCATCCGAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTc < 1:393008/249‑1 (MQ=255) 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TAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAA‑TATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGG‑CTTGCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTGTGATGTTCTACGGGCAGGAT > NZ_CP009273/3658820‑3659307 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |