| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 29,486 | 0 | C | A | 39.1% | 115.3 / 28.6 | 64 | intergenic (+291/‑165) | dapB/carA | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase/glutamine‑hydrolyzing carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/4); new base A (0/25); total (35/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.92e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTGATTATAAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGG > NZ_CP009273/29240‑29713 | ttGATTATAAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACaa < 2:80078/249‑1 (MQ=255)ttGATTATAAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACaa > 1:322375/1‑249 (MQ=255) tataAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAaataa > 1:504740/1‑249 (MQ=255) taAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAataata > 1:668748/1‑249 (MQ=255) taAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAatat < 1:132820/250‑1 (MQ=255) aaGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAAtata < 1:139538/249‑1 (MQ=255) gCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATaaaaaa > 1:384154/1‑250 (MQ=255) tttAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAACATAATATAAAAAATc > 2:399570/1‑250 (MQ=255) tttAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAATc > 1:642076/1‑250 (MQ=255) aaTTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAATCCCg > 2:226101/1‑250 (MQ=255) 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gatgatCTTTTTGTCGTTTAATG‑CCTGAAAAACATGCATGAG‑CCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAAcc < 1:394193/249‑1 (MQ=255) cGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCgg > 1:253085/1‑250 (MQ=255) gCTAAATG‑CCTGAAAAACATGCATGCC‑CCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCgg < 1:259809/249‑1 (MQ=255) tAATG‑CCGATAAAACA‑GCAAGAGACAAAAAAAAAATAAAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGcc < 2:355403/249‑1 (MQ=255) aaTG‑CTTGAAAAACAGGCATGAC‑CAAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGc < 1:240566/247‑1 (MQ=255) ccTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAggg > 1:50861/1‑250 (MQ=255) | TTGATTATAAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATG‑TAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAG‑G‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATG‑CCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGG > NZ_CP009273/29240‑29713 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |