New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_CP009273 | 2262322 = | 3 (0.030) | 99 (1.020) | 92/494 | 0.1 | 97.1% | intergenic (+28/‑11) | yeiR/lpxT | zinc‑binding GTPase YeiR/Kdo(2)‑lipid A phosphotransferase |
? | NZ_CP009273 | = 2283592 | NA (NA) | intergenic (‑68/‑387) | BW25113_RS11435/narP | IS5‑like element IS5 family transposase/nitrate/nitrite response regulator protein NarP |
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
ATTCTGGAATGGGCGCGACTTGCACCGGTGGAACGCGTCAAAGGCGTGCTGCGTATTCCCGAAGGGCTGGTGCGAATCAACCGTCAGGGCGATGACCTGCACATTGAAACGCAAAACGTTGCGCCACCGGACAGCCGTATTGAGCTGATTTCCAGCAGCGAAGCTGACTGGAATGCCTTGCAGAGCGCGCTGTTGAAGCTTCGTTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAATTAGAGAAAATATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCT > NZ_CP009273/2262073‑2262570 | aTTCTGGAATGGGCGCGACTTGCACCGGTGGAACGCGTCAAAGGCGTGCTGCGTATTCCCGAAGGGCTGGTGCGAATCAACCGTCAGGGCGATGACCTGCACATTGAAACGCAAAACGTTGCGCCACCGGACAGCCGTATTGAGCTGATTTCCAGCAGCGAAGCTGACTGGAATGCCTTGCAGAGCGCGCTGTTGAAGCTTCGTTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAAt < 2:313796/250‑1 (MQ=255) aTTCTGGAATGGGCGCGACTTGCACCGGTGGAACGCGTCAAAGGCGTGCTGCGTATTCCCGAAGGGCTGGTGCGAATCAACCGTCAGGGCGATGACCTGCACATTGAAACGCAAAACGTTGCGCCACCGGACAGCCGTATTGAGCTGATTTCCAGCAGCGAAGCTGACTGGAATGCCTTGCAGAGCGCGCTGTTGAAGCTTCGTTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAAt > 1:215126/1‑250 (MQ=255) tttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAgaga < 2:39183‑M1/7‑1 (MQ=255) ttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAgaga < 1:590071‑M1/7‑1 (MQ=255) ccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGAGaaa > 1:570519‑M1/241‑249 (MQ=255) gcgcGACTTGCACCGGTGGAACGCGTCAAAGGCGTGCTGCGTATTCCCGAAGGGCTGGTGCGAATCAACCGTCAGGGCGATGACCTGCACATTGAAACGCAAAACGTTGCGCCACCGGACAGCCGTATTGAGCTGATTTCCAGCAGCGAAGCTGACTGGAATGCCTTGCAGAGCGCGCTGTTGAAGCTTCGTTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAATTAGggaaggtgc < 1:450346‑M1/250‑10 (MQ=255) aggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGAGAAAATATGATTaaa > 2:459819‑M1/231‑250 (MQ=255) aggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGAGAAAATATGATTaa > 1:684401‑M1/231‑249 (MQ=255) tGCACCGGTGGAACGCGTCAAAGGCGTGCTGCGTATTCCCGAAGGGCTGGTGCGAATCAACCGTCAGGGCGATGACCTGCACATTGAAACGCAAAACGTTGCGCCACCGGACAGCCGTATTGAGCTGATTTCCAGCAGCGAAGCTGACTGGAATGCCTTGCAGAGCGCGCTGTTGAAGCTTCGTTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAATTAGggaaggtgcgaataagc > 2:687810‑M1/1‑233 (MQ=255) ggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGAGGAAATATGATTaaaa > 2:42959‑M1/230‑250 (MQ=255) 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ccatccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccagtttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctctttgctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGAGAAAATATGATTAAAAATTTGCCGCAAATa > 2:735628‑M1/215‑249 (MQ=255) ggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGAGAAAATATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTgttgtt < 2:705249‑M1/43‑1 (MQ=255) ctgcGTATTCCCGAAGGGCTGGTGCGAATCAACCGTCAGGGCGATGACCTGCACATTGAAACGCAAAACGTTGCGCCACCGGACAGCCGTATTGAGCTGATTTCCAGCAGCGAAGCTGACTGGAATGCCTTGCAGAGCGCGCTGTTGAAGCTTCGTTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAATTAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtc < 1:566625‑M1/250‑46 (MQ=255) aaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGAGAAAATATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATAtt < 1:210351‑M1/50‑1 (MQ=255) gTATTCCCGAAGGGCTGGTGCGAATCAACCGTCAGGGCGATGACCTGCACATTGAAACGCAAAACGTTGCGCCACCGGACAGCCGTATTGAGCTGATTTCCAGCAGCGAAGCTGACTGGAATGCCTTGCAGAGCGCGCTGTTGAAGCTTCGTTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAATTAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcattt < 1:668775‑M1/250‑50 (MQ=255) cggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcgtgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGAGAAAATATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTc > 1:359039‑M1/198‑250 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |