Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,823,685 | 0 | G | A | 40.9% | 50.2 / 18.6 | 44 | E461K (GAA→AAA) | xanP | xanthine/proton symporter XanP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/7); new base A (0/18); total (19/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.53e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTAATGTTTGGCACCATCGCCGCCTCCGGTGTGCGTATCGTTTCTCGTGAGCCGCTGAACCGTCGGGCGATTCTGATTATCGCGCTGTCGCTGGCGGTTGGTCTGGGCGTGTCTCAGCAGCCGCTGATTTTGCAGTTTGCCCCTGAATGGCTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAA‑C‑AGTAATTCACTGGCGGC‑GGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCATTTCACGGGATGGAAGACCATGAAATTTATTGGGAAGCTGCTTCTCTACATTCTCATCGCTCTGTTAGTGGCGATCGCTGGCCTCTATTTTCTTCTGCAAACCCGCTGGGGAGCAGAACATATCAGCGCATGGG > NZ_CP009273/3823460‑3823931 | gTAATGTTTGGCACCATCGCCGCCTCCGGTGTGCGTATCGTTTCTCGTGAGCCGCTGAACCGTCGGGCGATTCTGATTATCGCGCTGTCGCTGGCGGTTGGTCTGGGCGTGTCTCAGCAGCCGCTGATTTTGCAGTTTGCCCCTGAATGGCTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAA‑C‑AGTAATTCACTggcggc < 2:225558/249‑1 (MQ=255) 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tCCGGTGTGCGTATCGTTTCTCGTGAGCCGCTGAACCGTCGGGCGATTCTGATTATCGCGCTGTCGCTGGCGGTTGGTCTGGGCGTGTCTCAGCAGCCGCTGATTTTTCAGTTTGCCCCTGAATGGCTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTTATTTTCCCCCCAGAAAAA‑C‑AGTAATTCACTGGCGGC‑CGTAAGATTATTAACCCCCCCGtct > 2:138365/1‑250 (MQ=255) ctcGGGGGCCGCGGAACGGGCGGGCGATTCTGATGAGCGCGCTGTCGCGGGCGGTGGGTCGGGGGGTGTCTCAGCAGCCGCTGATGTTGCAGTTTGCCCCTGAATGGCGAAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGGGGGCGGTATTACTGCCATGGTGCTGAATCTGATTTCCCCACCAGAAAAA‑C‑AGTAATTCACTGGCGGC‑GGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTcc < 2:158587/249‑1 (MQ=255) cGATTCTGATTATCGCGCTGTCGCTGGCGGTTGGTCTGGGCGTGTCTCAGCAGCCGCTGATTTTGCAGTTTGCCCCTGAATGGCTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAA‑C‑AGTAATTCACTGGCGGC‑GGTAAGATAATTAACGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCg > 1:395245/1‑250 (MQ=255) 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ccaGAAAAA‑C‑AGTAATTCACTGGCGGC‑GGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCATTTCACGGGATGGAAGACCATGAAATTTATTGGGAAGCTGCTTCTCTACATTCTCATCGCTCTGTTAGTGGCGATCGCTGGCCTCTATTTTCTTCTGCAAACCCGCTGGGGAGCAGAACATATCAGCGCATggg > 2:138436/1‑250 (MQ=255) | GTAATGTTTGGCACCATCGCCGCCTCCGGTGTGCGTATCGTTTCTCGTGAGCCGCTGAACCGTCGGGCGATTCTGATTATCGCGCTGTCGCTGGCGGTTGGTCTGGGCGTGTCTCAGCAGCCGCTGATTTTGCAGTTTGCCCCTGAATGGCTGAAAAACCTGCTCTCCTCCGGGATCGCCGCGGGCGGTATTACTGCCATCGTGCTGAATCTGATTTTCCCACCAGAAAAA‑C‑AGTAATTCACTGGCGGC‑GGTAAGATAATTACCGCCGCAGTCTCACCTCTTTAACCATTCCCGCCTTGAGGATTGCGCGTAAATCGTGCATAACTCCCTTATGTGCATTTCACGGGATGGAAGACCATGAAATTTATTGGGAAGCTGCTTCTCTACATTCTCATCGCTCTGTTAGTGGCGATCGCTGGCCTCTATTTTCTTCTGCAAACCCGCTGGGGAGCAGAACATATCAGCGCATGGG > NZ_CP009273/3823460‑3823931 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |