| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 29,486 | 0 | C | A | 40.0% | 90.1 / 17.4 | 50 | intergenic (+291/‑165) | dapB/carA | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase/glutamine‑hydrolyzing carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/5); new base A (0/20); total (25/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.25e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GATTATAAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGCGGTT > NZ_CP009273/29242‑29731 | gATTATAAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACaaaa < 1:410276/249‑1 (MQ=255) aTTATAAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAaat > 1:414413/1‑249 (MQ=255) taAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAataata > 1:513301/1‑249 (MQ=255) aaGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaa < 1:512811/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |