Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 29,496 | 0 | T | A | 38.8% | 79.6 / 19.9 | 49 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase/glutamine‑hydrolyzing carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/6); new base A (0/19); total (24/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGCGGTTGGGGAAGT > NZ_CP009273/29249‑29739 | aaGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaa < 1:512811/250‑1 (MQ=255) gCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaaaaa < 2:192311/250‑1 (MQ=255) cTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAt > 2:396687/1‑250 (MQ=255) cTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAt < 1:305285/250‑1 (MQ=255) ttAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAACCATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATcc > 1:393390/1‑250 (MQ=255) ttAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTATCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATc < 2:501203/249‑1 (MQ=255) cTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAACTAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGtt > 2:216419/1‑249 (MQ=255) ttttATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGa > 1:95255/1‑250 (MQ=255) aTTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACttt > 1:392309/1‑250 (MQ=255) tttttGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACttt > 2:65680/1‑249 (MQ=255) 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ttATTTAATGCAATTTTCTTGCTGCGCAAGCTTTTTCCAGAACAGT‑TT‑AGATGTTTTTTTTGTCGTTTAATCCTTTAAAAACATGCATGAGCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTctct < 1:266289/249‑1 (MQ=255) tcttctTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGa > 2:508216/1‑250 (MQ=255) ttGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAg > 2:395267/1‑250 (MQ=255) 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gCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGCGGtt > 1:174663/1‑250 (MQ=255) gCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGCGGtt < 1:334712/250‑1 (MQ=255) aaaaaaaATATAAAAACTCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGCGGTTgggg < 2:92939/249‑1 (MQ=255) ataataTAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGCGGTTGGGGGAGt > 2:194602/1‑250 (MQ=255) | AAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGG‑TT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGCGGTTGGGGAAGT > NZ_CP009273/29249‑29739 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |