Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 748,581 | 0 | T | A | 43.1% | 69.1 / 23.6 | 51 | intergenic (‑330/+60) | ybgD/gltA | fimbrial protein/citrate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/3); new base A (0/22); total (26/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.47e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAGACGGAATACCCATCGCTTTCAGGATGATACC > NZ_CP009273/748338‑748826 | aaaTATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAAt > 2:268778/1‑250 (MQ=255) aaaTATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAAt > 1:30426/1‑250 (MQ=255) tattaAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATg > 1:377721/1‑249 (MQ=255) cAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGt > 1:39436/1‑250 (MQ=255) aaaaaCTAAATTTTTGGTATCATAATTTTTTTGTATGATAAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTTTTTTTAATGGGGTTAAAAATGCGACTACCATGAATTTTTTAATTAAAAGTTTGGGGTTGCTAATATTTTGAGTTTTTTTTTTTTTTTAAAATTTTTATATAGTTTTTTTAATGTTTTTTTTTTTTAAATTTTTTTGTGTTTAGGAATAAAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGCGGGt < 2:285249/249‑1 (MQ=255) aaaaCTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGt > 1:88637/1‑249 (MQ=255) aaaCTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACACTTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGTTTa > 2:361459/1‑250 (MQ=255) cTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTaaaa > 1:315525/1‑250 (MQ=255) attattGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATAtt > 2:200498/1‑250 (MQ=255) aattaaTTTTTTTTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCTTTTTCATAGGTTTAAAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTAAAAGTATTGGGTTGCTGATATTTTGGGCTTTTTTTTTTTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAAGGGTTTTTATTTTTACATTTTTTTGTTTTTAGAAATAAAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAg < 2:286310/245‑1 (MQ=255) tGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCaa > 1:374297/1‑250 (MQ=255) tGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTAAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTAAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCaa < 1:200498/250‑1 (MQ=255) attttGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACTTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAATTTTTAAATTAAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGTTGTTCTATTTTTTTAAAATATCTATATAGGTCTGTTAAGGAATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAAt < 1:102093/247‑1 (MQ=255) tgttgtATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAAc > 1:456433/1‑249 (MQ=255) tgtATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTTAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCAt > 2:220322/1‑249 (MQ=255) tATGATAAAAAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTATTTTTCATGGGTTTATAAAGGCAACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTTTTGGTTTCCTAATATTTTGAGCTGTTTTTTTTTTTTTAAATATTTATATGGGTCTTTTAATGGTTTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTa < 1:209028/249‑1 (MQ=255) ataagaaaaaaaaaTA‑AGGGGGGTAAAAAAAGACGTATTTTTCATAGGTTTAAAAATGCGACTACAATGAATTTTTTAATTAAAAGTATGGGGTTGTTGATATTTTGATTTGTTTTTTTTTTTTAAAATATTTATATAGGTCTGTTAATGATTTTTATTTTTAAAATTTTTTTTTTTTAGGAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTaa < 2:198087/239‑1 (MQ=255) tgataaAAAAAATATGGGGGGGTATAGATAGACTTATTTTTCATGGGGTTATAAATGCGACTACAATGAATTTTTTAATTAAAAGTATTGGTTTGCTAATATTTTGAGTTTTTTTTTTTTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTTTTTTTACAATTTTTTGTTTTTAGACATAAAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAAc < 2:495254/249‑1 (MQ=255) tAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTATAAATTAGCAATCAACCATTAAAGCTTGata > 2:464883/1‑250 (MQ=255) aaaaTATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATTTTTTCCAATTTTCAATCAACCCATAAAGCTTGgtat > 2:362424/1‑250 (MQ=255) tataGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTAAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTGGAGCTTTTCTATTTTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCt < 1:387992/250‑1 (MQ=255) ggggggtTTTAGATGGACTTATTTTTAATAGGTTTATAAATGCGACTCCCATGAATTTTTTAATTAAAATTTTGGGTTTTTTAATATTTTGAGTTGTTTTTTTTTTTTAAAATATTTATATAGTTTTTTAAATGGTTTTTATTTTTAAATTTTTTTGTTTTAAGAAATAAAAAAAACAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCtttt < 2:337468/249‑1 (MQ=255) tataGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTcg > 1:185750/1‑250 (MQ=255) tagatagaCGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTATAACTTAGCAAACAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTcgcg > 2:178585/1‑250 (MQ=255) aCGTCATTTTCATAGGTTTAAAAAGGCGACTACAATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATGGGGTTTCTGATAATTTGAGCTTTTTTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTTTGTTAAGGGATTTTATTTTAACAATTTTTTGTGTTTAGGAATATAAAAAGAAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCa < 1:240120/250‑1 (MQ=255) gggTTATAAATGCGACTACCATAAATTTTTTAATTGAAAGTTTTGGTTTGTTTTTATTTTGAGTTTTTTTTTTTTTTTTAAATATATATATAGGTTTGTTAATGGTTTTTTTTTTAAAATTTTTTTGTTTTTAGGAATAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACa < 2:88948/249‑1 (MQ=255) ataAATGCTACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAATTTTTGGGTTGCTAATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTAAAATATCTATATAGGTCTTTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGAATAAAAAAATAAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGa < 1:186136/249‑1 (MQ=255) aaaTGCGATTACCATGATTTTTTTAATTAAAAGTTTTGGGTTGCTAAAAATTTGAGCTTTTTTTTTTTTTTTAAATATTTATAGAGGTTTGTTAATGTTTTTTTTTTTTACAATTTTTTTTTTTAAGGAAAAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGAcgc < 2:484726/250‑1 (MQ=255) tGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGGTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGa > 1:75484/1‑250 (MQ=255) gACTACAATGAATTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATATTTTGAGCTGTTTTTTTTTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTAAATGGATTTTATTTTTACATTTTTTTGTTTTTAGGCAAAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACgg < 1:13962/250‑1 (MQ=255) ccATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAAt > 1:226141/1‑250 (MQ=255) atttttaAATTGAAAGTATTGGTTTGTTGATAATTTGAGCTTTTCTATTTTTTTTAAATATCTATATAGGTTTTTTAATGGATTTTATTTTTACATTTTTTTGTTTTAAGGCATAAAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAAATTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCAt < 1:95231/248‑1 (MQ=255) aTTAAAAGTTTTGTTTTGCTAATATTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATATCTATAGAGGTCTTTTAATGTTTTTTTTTTTTACATTTTTTTTTGTTTAGGCATAAAAAAATCACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCa < 2:21925/249‑1 (MQ=255) aaaGTATTGGTTTGCTAATATTTTGAGCTTTTTTATTTTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGTATTTTATTTTTAAAATTTTTTGTTTTTAGGAAAAAAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACtgt < 2:176549/249‑1 (MQ=255) aGTTTTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTTTATTTTTTTTAAATATTTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACATTTTTTTGTTTTTAGGAATAAAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCa < 1:68096/250‑1 (MQ=255) gCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAg > 2:521618/1‑250 (MQ=255) tAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGc > 1:502414/1‑250 (MQ=255) tttGATTTGTTTTATTCTTTTTAAATATTTATATAGTTTTGTTAATGGTTTTTATTTTAACAATTTTTTGTGTTTAGGCATAAAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGAt < 1:89585/250‑1 (MQ=255) aTTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATACTGTATACAGCTGACTCGGACGGGCAATCCTCATACCGTCACTGTGCATTTCCCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTa > 1:152216/1‑250 (MQ=255) tCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACg > 1:347638/1‑250 (MQ=255) aaaTATATATATATTTTTTTTAATTGATTTTTTTTTTACATTTTTTTGTGTTTAGAAATAAAAAAAACACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCAt < 2:88637/249‑1 (MQ=255) atatCTATATAGGCCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTTAAATATTTTAAACTTAGCAATCAACCATTAAAGCTTGATATCGCTTTTAAAGTAGCGGTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGAAGGGCAAACTTCATAACGTCAATGTGCATTTCGCTCCAGTGGGGGGTCCAGCCAACGGTAAGATCCATTGc > 2:236241/1‑250 (MQ=255) tttttatataGTTTTTTTAATGGATTTTTTTTTTACATTTTTTTGTGTTAAGGCAAAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCg < 2:61026/246‑1 (MQ=255) atCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCCGCCAACGGTACGTGCCATTGCg > 1:307686/1‑249 (MQ=255) taGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAAATTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCCGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGAc > 2:185161/1‑250 (MQ=255) aGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTTCAACTTAACAATCAACCATTAACGCCTGGTATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTTTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTTGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACg > 2:249986/1‑250 (MQ=255) tttaACAATTTTTTTTTTTAAGGCTTATAAAAACAACCCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAGACGGAAt < 1:394473/249‑1 (MQ=255) ttACAATTTTTTGTGTTTAGGAAAATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAGACGGAATAc < 1:58919/249‑1 (MQ=255) aCATTTTTTTGTGTTTAGGAATAAAAAAACCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAGACGGAATAccc < 1:43548/249‑1 (MQ=255) ttttGTGTTTAGAAAAAAAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAGACGGAATACCCATCGCt < 2:72892/249‑1 (MQ=255) tttAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAGACGGAATACCCATCGCTTTCAGgat > 2:253159/1‑250 (MQ=255) taagcaaaataAAATACAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAGACGGAATACCCATCGCTTTCAGgat < 2:483983/241‑1 (MQ=255) atatAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAAAATTTTCAAATTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAATCGCGTTTTTTATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTTCATTTTGCTCCAGTGGGCGAGCCAGCCAACGGTACGTGCCCTTGCGAAAATAACGGGGAACAAGGAAGACGGAATACCCCTCCGTTTCAGGATGATAcc > 2:140572/1‑249 (MQ=255) | AAATATTGTTAGTTTTATTAAATGCAAAACTAAATTATTGGTATCATGAATTTGTTGTATGATGAATAAAATATAGGGGGGTATAGATAGACGTCATTTTCATAGGGTTATAAATGCGACTACCATGAAGTTTTTAATTGAAAGTATTGGGTTGCTGATAATTTGAGCTGTTCTATTCTTTTTAAATATCTATATAGGTCTGTTAATGGATTTTATTTTTACAATTTTTTGTGTTTAGGCATATAAAAATCAACCCGCCATATGAACGGCGGGTTAAAATATTTACAACTTAGCAATCAACCATTAACGCTTGATATCGCTTTTAAAGTCGCGTTTTTCATATCCTGTATACAGCTGACGCGGACGGGCAATCTTCATACCGTCACTGTGCATTTCGCTCCAGTGGGCGATCCAGCCAACGGTACGTGCCATTGCGAAAATGACGGTGAACATGGAAGACGGAATACCCATCGCTTTCAGGATGATACC > NZ_CP009273/748338‑748826 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |