| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 858,015 | 0 | G | T | 39.2% | 89.5 / 17.3 | 51 | H16Q (CAC→CAA) | ybiW | glycyl radical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/26); new base T (20/0); total (25/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.85e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATCTCTTTTTCGATCCACGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTCACAATATG‑CACCAGCG‑CATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTC‑CGGGGCGTCATAGGGCAGATTAAGTAAGTGATATTTGTTGATGCCCAGCGTGTGGTAGGGCAGAAAATGAATTTCGCCAACGTGCAGCTCGTCGGCGGC > NZ_CP009273/857767‑858253 | aTCTCTTTTTCGATCCACGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTCACAATATG‑CACCAGCG‑CATTTTtgt < 1:489803/250‑1 (MQ=255) ctctTTTTCGATCCACGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑GTTCTAAACATA‑GACCCAGG‑CATTTTTTTgc > 2:330466/1‑250 (MQ=255) tctTTTTCGATCCACGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGAATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTTACAATATG‑CACCACCG‑CCTTTTTTTgcg > 2:244773/1‑250 (MQ=255) ttCGATCCACGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTTACAAAATG‑TACCAGCG‑CATTTTTTTGTGCctt > 1:79467/1‑249 (MQ=255) gATCCACGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTCACAATATG‑CACCAGCG‑CATTTTTGTGCGCTTTAATg < 1:81620/250‑1 (MQ=255) tatTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTCACAATATG‑CACCAGCG‑CATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCgtgt < 2:24749/250‑1 (MQ=255) atTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑GTTCACAATATG‑CACCCGCG‑CATTTTTTTGCGCTTTTATGCGGGCGCTGAGCGGGTc > 1:253733/1‑250 (MQ=255) ccGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTCACAATATG‑CACCAGCG‑CATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCa < 2:457566/249‑1 (MQ=255) gAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTTCCCCTAAT‑CACCCACGCCCTTTTTTGGGGCTTTATTGCGGT‑GCTGAGCggtgcctgcttc > 2:356740/1‑239 (MQ=255) cgcggcgcgAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑CTTTTCAATATG‑CACCAGCG‑CCCTTTTTTGCGCCTTTATTCGGGTGCTGGGCGGGTCCCGGTTTAGTGTGGtg > 2:333349/1‑249 (MQ=255) gcgcgAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑CTTTACAATATGCCCCCAAGG‑CA‑TTTTGTGCGCTTTAATGCGGGGGCTGGGGGTGTGCCGGTTTAATGGGGTGATgg > 1:232175/1‑250 (MQ=255) cgcgAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTCACAATATG‑CACCAGCG‑CATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGgt < 1:61172/250‑1 (MQ=255) tGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTCACAATATG‑CACCAGCG‑CATTTTTGTGCGCTTTAAt < 1:499478/198‑1 (MQ=255) ccTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTTACAAAATG‑CACCCGCG‑CACTTTTTTGCGCTTTTATGCGGTCGCTGGGCGTGTCCAGTTTTAGTGTGGGCATGGTTGTTATTCTCGTAAg > 1:515723/1‑250 (MQ=255) gTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTCACAATATG‑CACCAGCG‑CATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGt < 1:123259/248‑1 (MQ=255) tGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTCACAATATG‑CACCAGCG‑CATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAAc < 1:493491/250‑1 (MQ=255) tCAGCTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTCACAATATG‑CACCAGCG‑CATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCt < 2:118013/250‑1 (MQ=255) cAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGGTTTTTCCAATATG‑‑ACCCGCG‑CCTTTTTTTTCGCTTTTATTCGGGCGGTGGGCGTGTTCCGGTTCAGTGTGGGTCTGGTTTTTTTTCTCGTAAGGTCGCGGGTAACACtt > 2:442348/1‑250 (MQ=255) aaCTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTCACAATATG‑CACCAGCG‑CATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCtt < 1:216839/249‑1 (MQ=255) gtgtTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTCACAATATG‑CACCAGCG‑CATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTggcag < 1:65385/249‑1 (MQ=255) tCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTCACAATATG‑CACCAGCG‑CATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGCATActgc < 1:273141/250‑1 (MQ=255) ttCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTCACAATATG‑CACCAGCG‑CATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAg < 1:146117/250‑1 (MQ=255) 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ggCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTCACAATATG‑CACCAGCG‑CATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTC‑CGGGGCGTCATAGGGCa < 1:363919/249‑1 (MQ=255) gCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTCACCATATG‑CACCAGCG‑CATTTTTTTGCGCTTTAATTCGGGCGCTGAGCGTGTCCCGTTTCAGTGTGGTCATTGTTGTTTTCCTCGTAAGGTCGCGGGTAACCCCTTCTGGCAGGGCTACTGCTGGGCAAAATCCAGCAGTTCTGGCGCATCAAACGGTTTTTT‑CTGGGCGTCATAGGGCGGa > 2:268212/1‑250 (MQ=255) ttATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTCACAAAATT‑CACCAGCG‑CCTTTTTTTGGGCTTTTATGCGGGCGCTGAGCGGGTCCAGGTTTAGTGTGGGCATGGTTGTTTTCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTT‑CGGGGCGGCATAGGGCCGAtt > 1:31240/1‑250 (MQ=255) 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cAGCG‑CATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTC‑CGGGGCGTCATAGGGCAGATTAAGTAAGTGATATTTGTTGATGCCCAGCGTGTGGTAGGGCAGAAAATGAATTTCGCCAACGTGCAGCTCGTcggcgg > 2:148013/1‑250 (MQ=255) aGCG‑CATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTC‑CGGGGCGTCATAGGGCAGATTAAGTAAGTGATATTTGTTGATGCCCAGCGTGTGGTAGGGCAGAAAATGAATTTCGCCAACGTGCAGCTCGTCggcggc < 2:383582/250‑1 (MQ=255) gcg‑cATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTC‑CGGGGCGTCATAGGGCAGATTAAGTAAGTGATATTTGTTGATGCCCAGCGTGTGGTAGGGCAGAAAATGAATTTCGCCAACGTGCAGCTCGTCggcggc > 1:181245/1‑249 (MQ=255) | ATCTCTTTTTCGATCCACGAGACAGTATATTCCGGGAAGATCGGCGCGGCGCGAACTTCGCTTGCCTGGTTGCCAATGATCAACTCATCGTGTTTGATCCAGATGGTGCGATTCGCCAGGTGATGCGCCAGTGCCAGCGCGCGACGTACCGGGATCGGCTTATCGAGATGTTGTTGATACATCTCGGTATAGTGCTGCGCGCGCTCGGTACAGACTGGCGG‑TTTCACAATATG‑CACCAGCG‑CATTTTTGTGCGCTTTAATGCGGTCGCTGAGCGTGTCCAGTTTCAGTGTGGTCATGGTTGTTATCCTCGTAAGGTCGCGGTTAACCCTTTCTGGCAGGCATACTGCTGGGCAAAGTCGAGCAGTTCTGGCGCATCAAGCGGTTTTTC‑CGGGGCGTCATAGGGCAGATTAAGTAAGTGATATTTGTTGATGCCCAGCGTGTGGTAGGGCAGAAAATGAATTTCGCCAACGTGCAGCTCGTCGGCGGC > NZ_CP009273/857767‑858253 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |