| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,995,392 | 0 | G | A | 47.3% | 38.0 / 37.4 | 55 | intergenic (‑122/+199) | fliA/fliC | RNA polymerase sigma factor FliA/H48 family flagellin FliC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/7); new base A (0/26); total (22/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGC > NZ_CP009273/1995154‑1995641 | cACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAAcccc > 2:514412/1‑250 (MQ=255) aCGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCccg < 2:154861/250‑1 (MQ=255) ggaGTCGATCCTGCAGGCGCAATTCTTCGTGCCGCACCAGCGAGACATAACGCTG‑CCACTGCGAGTT‑TTTATCCATTACCCTTTCGGGGGTATAGGGTGAATTCTCGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTTTGCAGGTTTTTTAAGCGGAAGATTAGTGGGTAAAATGAGGGTTTTTTT‑GGGGG‑TTACAGGAAAATT‑CCAGGCGAAAAAACCCCCCGCCGGTGGCgg < 2:269562/248‑1 (MQ=255) gTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCgggg > 1:435220/1‑249 (MQ=255) aaCCGGCAGGCACATTGTTTGGTGCCCCACCAGGGGAAAATACCGCTG‑CCACAGGGAGTG‑TTTATCCATTCCCCCTTCAGCGGTATAGAGTAAATTCACGAAAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTAAAAGGGGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTAAAGGTAAATC‑CCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCa < 2:139967/250‑1 (MQ=255) tgtttgggcaCGCCCCAGGGGGAAATAACGCGG‑CCACAGCGGGTG‑TTTACCCATTCCCCCTACAGGGTTAAGGAGTAAATTAAGAATAACAAGCCCG‑GTGTTATAGGATTTATCGGAATGATTTTCTTTTTCTGCGGGTTTTTAAACCGGACGATTGGTGGGTAAAAGGAGGGTTTTTTT‑GGGGG‑TTAAAGGTAAATT‑CCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt < 2:529810/241‑1 (MQ=255) tGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt > 2:502506/1‑250 (MQ=255) tGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt > 2:411274/1‑250 (MQ=255) tttCGTGACGCCCCGGGGGGACAT‑ATGCTGTCCATAG‑GGGTGTTTTCTCCATTACACTTCCGGGGGTATAGAGTAAATTCACGATAAACAGCCCT‑GTTTTATATGATTTAGCGGATTGATTTTCCGTTTCTGCGGGTTTTTTAATCGGATTATTAGTGGGTAAAGTGGGGGTTTTTTT‑GGGGG‑TAACA‑GTAAATTCCCAGAAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgc < 2:327931/249‑1 (MQ=255) ttCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg > 2:245881/1‑250 (MQ=255) 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ggCGGGACAAAACGCGC‑CCACAGCGAGTG‑TTTACCCATTACACCTTCGGGGGTATAGAGTAAATTCACAATAAACAGCCCT‑GCTTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCGGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTAAAAGGGGGGTTTTTTG‑GGGGG‑TTACAGGAAAATT‑CCAGGCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCg < 1:239082/249‑1 (MQ=255) cGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACCCCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAATGAGGGGTTATTG‑GGGGG‑TTACAGGTAAATC‑CCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGa < 1:353068/250‑1 (MQ=255) cgatG‑CCCCAGCGGGTT‑TTTACCCATTCCCCCTTAAGCGTTATGGAGTAATTTCACGAAAAAC‑GCCCTGGCGTTATATGATTTACCGGAATTATTTCCCGTTTCTGCGGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAAGGAGGGGTTTTTT‑GGGGG‑TAACAGGTAATTT‑CAAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTaa < 2:528361/247‑1 (MQ=255) cGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCTTTCCACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCTTTATATGAGTTATCGGCATGATTTTCCGTTTCGGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAATGGGGGGTTTTTT‑GGGGG‑TTACAGGAAAATC‑CCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTaa < 2:108391/250‑1 (MQ=255) gCTG‑CCACAGCGGGTT‑TTTATCCATTACCCCTTCAGGGGTATAGAGTAATTTCACAAAAAACCGCCGT‑GTGTTATATGAGTTATCGGCATGATTTTCCGTTTCGGCGGTGTTTTAAATCGGACGATTGGGGGGTAAAATGGGGGTTTTTTT‑GGGGG‑TTACAGGAAAATC‑CCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTaaa < 2:346306/250‑1 (MQ=255) gtagtttttccccATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTAAATTCAAGATAAACGGCCTG‑GCTTTATATGGTTTTTGGGCTTGATTATCCGTTTCTGCGGGGTTTTTAATGGGACGATTAGGGGGTGAAAGGAGGGTTTTTTT‑GGGGT‑TTACAGGAAATTT‑CCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc < 2:275014/239‑1 (MQ=255) ttATCCATTACCCCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCTTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAATGAGGGTTTATTG‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTa < 1:100044/249‑1 (MQ=255) tCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaa > 2:14499/1‑249 (MQ=255) ccATTACCCCTTCAGGGGTATAGAGTGAATTCACAAAAAACAGCCCT‑GCTTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCGGGTTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTAAAAGGAGGGTTTATTT‑GGGGT‑TTACAGGAAAATT‑CCGGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaa < 1:463781/250‑1 (MQ=255) 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gAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGc < 1:411274/250‑1 (MQ=255) | CACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGC > NZ_CP009273/1995154‑1995641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |