Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 1,995,399 | 0 | A | C | 51.8% | 64.8 / 90.6 | 56 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase sigma factor FliA/H48 family flagellin FliC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/5); new base C (0/29); total (22/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.77e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.85e-09 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGC > NZ_CP009273/1995154‑1995641 | cACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAAcccc > 2:514412/1‑250 (MQ=255) aCGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCccg < 2:154861/250‑1 (MQ=255) ggaGTCGATCCTGCAGGCGCAATTCTTCGTGCCGCACCAGCGAGACATAACGCTG‑CCACTGCGAGTT‑TTTATCCATTACCCTTTCGGGGGTATAGGGTGAATTCTCGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTTTGCAGGTTTTTTAAGCGGAAGATTAGTGGGTAAAATGAGGGTTTTTTT‑GGGGG‑TTACAGGAAAATT‑CCAGGCGAAAAAACCCCCCGCCGGTGGCgg < 2:269562/248‑1 (MQ=255) gTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCgggg > 1:435220/1‑249 (MQ=255) aaCCGGCAGGCACATTGTTTGGTGCCCCACCAGGGGAAAATACCGCTG‑CCACAGGGAGTG‑TTTATCCATTCCCCCTTCAGCGGTATAGAGTAAATTCACGAAAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTAAAAGGGGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTAAAGGTAAATC‑CCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCa < 2:139967/250‑1 (MQ=255) tgtttgggcaCGCCCCAGGGGGAAATAACGCGG‑CCACAGCGGGTG‑TTTACCCATTCCCCCTACAGGGTTAAGGAGTAAATTAAGAATAACAAGCCCG‑GTGTTATAGGATTTATCGGAATGATTTTCTTTTTCTGCGGGTTTTTAAACCGGACGATTGGTGGGTAAAAGGAGGGTTTTTTT‑GGGGG‑TTAAAGGTAAATT‑CCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt < 2:529810/241‑1 (MQ=255) tGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt > 2:502506/1‑250 (MQ=255) tGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt > 2:411274/1‑250 (MQ=255) tttCGTGACGCCCCGGGGGGACAT‑ATGCTGTCCATAG‑GGGTGTTTTCTCCATTACACTTCCGGGGGTATAGAGTAAATTCACGATAAACAGCCCT‑GTTTTATATGATTTAGCGGATTGATTTTCCGTTTCTGCGGGTTTTTTAATCGGATTATTAGTGGGTAAAGTGGGGGTTTTTTT‑GGGGG‑TAACA‑GTAAATTCCCAGAAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgc < 2:327931/249‑1 (MQ=255) ttCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg > 2:245881/1‑250 (MQ=255) ggtgcccccccAGGGGAAAATACCGCTG‑CCACAGGGAGTT‑TTTATCCTTTCCCCCTTCAGGGTTAAAGATTAAATTCACGAAAAACAGCCCT‑GTTTTATATGATTTATCGGCATGTTTATCCGTTTCTGCGGGTTTTTTAATCGGACGATGAGTGGGTAAAAGGGGGGTTTTTTT‑GGGGG‑TTACAGTTAAATC‑CCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg < 2:448615/239‑1 (MQ=255) cGCACCAGCGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATg > 1:487965/1‑250 (MQ=255) ccccAGGGGGACATAACGCTG‑CAACAGGGAGTG‑TTTATCCATTACCCCTTCAGCGTTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCTTTTCTGCGGGTTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTGAAAGGAGGGTTTATTG‑GGGGG‑TTACAGGAAAATT‑CCAGGAAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGtt < 1:460376/248‑1 (MQ=255) ggCGGGACAAAACGCGC‑CCACAGCGAGTG‑TTTACCCATTACACCTTCGGGGGTATAGAGTAAATTCACAATAAACAGCCCT‑GCTTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCGGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTAAAAGGGGGGTTTTTTG‑GGGGG‑TTACAGGAAAATT‑CCAGGCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCg < 1:239082/249‑1 (MQ=255) cGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACCCCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAATGAGGGGTTATTG‑GGGGG‑TTACAGGTAAATC‑CCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGa < 1:353068/250‑1 (MQ=255) cgatG‑CCCCAGCGGGTT‑TTTACCCATTCCCCCTTAAGCGTTATGGAGTAATTTCACGAAAAAC‑GCCCTGGCGTTATATGATTTACCGGAATTATTTCCCGTTTCTGCGGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAAGGAGGGGTTTTTT‑GGGGG‑TAACAGGTAATTT‑CAAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTaa < 2:528361/247‑1 (MQ=255) cGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCTTTCCACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCTTTATATGAGTTATCGGCATGATTTTCCGTTTCGGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAATGGGGGGTTTTTT‑GGGGG‑TTACAGGAAAATC‑CCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTaa < 2:108391/250‑1 (MQ=255) gCTG‑CCACAGCGGGTT‑TTTATCCATTACCCCTTCAGGGGTATAGAGTAATTTCACAAAAAACCGCCGT‑GTGTTATATGAGTTATCGGCATGATTTTCCGTTTCGGCGGTGTTTTAAATCGGACGATTGGGGGGTAAAATGGGGGTTTTTTT‑GGGGG‑TTACAGGAAAATC‑CCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTaaa < 2:346306/250‑1 (MQ=255) gtagtttttccccATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTAAATTCAAGATAAACGGCCTG‑GCTTTATATGGTTTTTGGGCTTGATTATCCGTTTCTGCGGGGTTTTTAATGGGACGATTAGGGGGTGAAAGGAGGGTTTTTTT‑GGGGT‑TTACAGGAAATTT‑CCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc < 2:275014/239‑1 (MQ=255) ttATCCATTACCCCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCTTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAATGAGGGTTTATTG‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTa < 1:100044/249‑1 (MQ=255) tCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaa > 2:14499/1‑249 (MQ=255) ccATTACCCCTTCAGGGGTATAGAGTGAATTCACAAAAAACAGCCCT‑GCTTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCGGGTTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTAAAAGGAGGGTTTATTT‑GGGGT‑TTACAGGAAAATT‑CCGGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACaaaa < 1:463781/250‑1 (MQ=255) aTTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAt > 2:128438/1‑250 (MQ=255) cAGCGGTATAGAGTAATTTCACAATAACCAGCCCT‑GCTTTATATGAGTTTTCGGCTTGATTTTCCTTTTCTGCGGGGTTTTTAAGCGGACGATTGGGGGGTAAAATGAGGGTTTTTTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGAAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAAtt < 2:331649/249‑1 (MQ=255) aGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTc > 1:57230/1‑249 (MQ=255) 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ggtttttCGGCATGTTTTTCCGTTTCTGCGGGTTTTTTATCCGGCCGATTGGGGGGTAAAATGGGGGTTTTTTT‑GGGGG‑TAACAGTAAAATC‑CCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAgcgcagcgca < 2:404237/243‑1 (MQ=25) aGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATC‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATc < 1:428837/250‑1 (MQ=255) ggCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAAt > 1:124393/1‑250 (MQ=255) 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gAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGc < 1:411274/250‑1 (MQ=255) | CACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTG‑CCACAGCGAGTG‑TTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCT‑GCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TTACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGC > NZ_CP009273/1995154‑1995641 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |