Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP009273 | 1,995,399 | 0 | A | C | 42.9% | 152.7 / 22.1 | 91 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase sigma factor FliA/H48 family flagellin FliC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/4); new base C (0/39); total (48/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.50e-21 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CCACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATA‑GAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACC‑CC‑GCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGCCAACACG > NZ_CP009273/1995153‑1995648 | ccACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATA‑GAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAA‑Acc‑c > 1:414856/1‑250 (MQ=255) cGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCCTTACACCTTCAGCGGTATA‑GAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGT‑AATTTCCAGGCAGAAAAAA‑ACC‑cc‑gc > 2:464395/1‑250 (MQ=255) gCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATA‑GAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACC‑cc‑gcc > 1:248983/1‑250 (MQ=255) caggcgGGCAGTCGAACCTGCGGGCGCAATGTTTCGTGACGCACCGGGGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACCTCTTCAGCGGTATA‑GAGTGAATTCACGATAAACGGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGAA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGGGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAA‑CCC‑cc‑gccg < 2:768583/247‑1 (MQ=255) cgGGGAGACGAACCTGCAGGCACAATGCTTCGTGCCGCGCCGGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATA‑GAGTGAATTCACGATAAACGGCCTGGCGTTATATGAGTTAGCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCGGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGTTTATTTGGGGGTAAAAGGA‑AAATCCCAGACAAAAAAAA‑CCC‑CC‑GCCGGTgg < 2:950163/250‑1 (MQ=255) gCAGTCAATCCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCCCCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTTTTTACCCATTACACCTTCGGCGGTATA‑GAGGAATTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGGGTTATGGGAA‑TGATTATCCTTTTTTGCGGGTTTTTAAATCGGACAATTAGGGGGTAAAAGGGGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGT‑AAATCCCAGGAAAAAAAAA‑CCC‑CC‑GCCGGTGGCgg < 2:184692/250‑1 (MQ=255) cAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATA‑GAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACC‑CCTGCCGGTGGCgg > 1:391591/1‑250 (MQ=255) 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acaGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATA‑GAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACC‑CC‑GCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCt > 2:401073/1‑249 (MQ=255) cGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATA‑GAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACC‑CC‑GCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:957702/1‑250 (MQ=255) gttgtTTAGCCATTCCCCCTTC‑GGGGGATAGGAGTGAATTCACAAAAAACGGCCTGGCTTTATAGAATTTCTCGGCA‑TGATTCGCCGTTGCTGAGGGTTTTTTAATGGGAATTTTAGGGGGGAAAATGGGGGTTTATTTGGGGTTTAAAGGA‑AAATCCCAGGAAAAAAAAA‑CCC‑CC‑GCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCgg < 2:669035/248‑1 (MQ=255) 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CCACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATA‑GAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCA‑TGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGT‑AAATTCCAGGCAGAAAAAA‑ACC‑CC‑GCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGCCAACACG > NZ_CP009273/1995153‑1995648 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |