Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,221,754 | 0 | T | C | 40.9% | 64.9 / 15.6 | 67 | pseudogene (484/1436 nt) | mdtQ | multidrug resistance outer membrane protein MdtQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/18); new base C (13/14); total (34/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAG‑CAATTGGCGGGTTTG‑CTCGC‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TA‑CCCA‑GGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCC‑AGATA‑TCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGC > NZ_CP009273/2221508‑2221989 | cGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAG‑CAATTGGCGGGTTTG‑CTCGC‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TA‑CCCA‑GGCGGGCAGTAA‑CCTCCg < 2:537128/250‑1 (MQ=255) gTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAG‑CAATTGGCGGGTTTG‑CTCGC‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TA‑CCCA‑GGCGGGCAGTAA‑CCTCCGccc < 1:169844/250‑1 (MQ=255) ttttGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAG‑CAATTGGCGGGGTTT‑CTCGC‑GTTCCGCCCCCCGGGCTTTTACCC‑TA‑CCCC‑GGCGGGCAGTAA‑CCTCCGcccc > 1:345434/1‑249 (MQ=255) tttGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAG‑CAATTGGCGGGGTTG‑CTCGC‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTTACCG‑TA‑CCCA‑GGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCgc > 1:422778/1‑249 (MQ=255) ttGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAG‑CAATTGGCGGGGTTT‑CTCGC‑GGTCCGCCGCCCGTGCTTTAAACC‑TA‑ACCA‑AGCGGGGAGTAA‑CCcccgcccggt > 1:846654/1‑248 (MQ=255) gCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAG‑CAATTGGCGGGTTTG‑CTCGT‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TA‑CCCA‑GGCGGGCAGTAA‑CCGCCGCCCGAtt < 2:331683/249‑1 (MQ=255) gCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAG‑CAATTGGCGGGTTTG‑CTCGC‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TA‑CCCA‑GGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGAtt < 2:615111/249‑1 (MQ=255) cTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAG‑CAATTGGCGGGTTTG‑CTCGC‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TA‑CCCA‑GGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTc < 2:133623/249‑1 (MQ=255) cTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAG‑CAATTGGCGGGTTTG‑CTCGC‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TA‑CCCA‑GGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCt < 1:21201/250‑1 (MQ=255) cTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAG‑CAATTGGCGGGGTTG‑ATCGC‑GCTCCGCCGCCCCAGCCTTTACCC‑CA‑ACCA‑AGCGGGCATAAA‑ACTCCCCCCGAtttt > 1:704866/1‑248 (MQ=255) 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taGCGGGCGTTCGGTCGCGATAATGTTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTCCCC‑CCCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAG‑AAATTGGCGGTTTTG‑CTCGC‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TC‑CCCA‑GGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCC‑AGATA‑TCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTa < 1:541182/249‑1 (MQ=255) gTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAG‑CAATTGGCGGGTTTG‑CTCGC‑GGTCCGCCCCCCCTGCTTTTACCG‑GA‑CCCA‑AGCGGGCAGTAA‑CCCCCGCCCGATTTTTTCCCC‑AGATA‑TCGGGATGCCCACCCCCCGGTTAACCCAAAAG‑AACGTTTGGGTA‑CCACCGGGCGGTCg > 1:164765/1‑250 (MQ=255) gcgATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAG‑CAATTGGCGGGGTTG‑CTCGC‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TA‑CCCA‑GGCGGGCAGTAA‑CCCCCGCCCGATTTTTTCCCC‑CGATA‑TCGAGATG‑CCCGCCCGCCGTTTAACCCAAAATACCCTTTGTGTA‑CCACCGGCCGGTCGTAc > 1:314653/1‑250 (MQ=255) 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ggCTACGCTGCCAGCCAG‑CAATTGGCGGGTTTG‑CTCGC‑GTCCCGCCCCCCTTGTTTTAACCG‑TA‑CCCA‑GGGGGGCAGTAC‑CCCCCGCCCGATTCTTCCCCC‑AGATA‑TCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCg < 1:35098/250‑1 (MQ=255) cTACGCGGCCAGCCAG‑AAATGGGCGGGTTTG‑CTCGC‑GTCCCGCCGCCCGTGCTTTACCCG‑TC‑CCCA‑GGCGGGCAGTAC‑CCTCCGCCCGATTCTTCCCCA‑AGATA‑TCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGAt < 1:338237/250‑1 (MQ=255) cGCTGCCAGCCAG‑CATTGGGGGGGTTTG‑CTCGC‑GTCCCGCCGCCCGTGCTTTACCCG‑TA‑CCCA‑GGCGGGCAGTAC‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCC‑AGATA‑TCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTg < 1:68234/250‑1 (MQ=255) cTGCCAGCCAG‑CAATTGGCGGGTTTG‑CTCGC‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TA‑CCCA‑GGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCC‑AGATA‑TCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCg > 1:346503/1‑250 (MQ=255) gccag‑cAATTGGCGGGTTTG‑CTCGC‑GTCCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TA‑CCCG‑GGCGGGCAGTAC‑CCTCCCCCCGATTCTTCCCCC‑AGATA‑TCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCAt < 1:856154/250‑1 (MQ=255) ttGGCGGGTTTG‑CTCGC‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TA‑CCCA‑GGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCC‑AGATA‑TCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGAACGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTg > 2:219211/1‑250 (MQ=255) cggtgctCCGCCGCCGGTGCTAGACCCG‑TC‑CGGG‑GGCGCCAAGTCC‑CCCCCGCCGGATTCTCCCCCG‑AGAGC‑TCGAGAAG‑CCGGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCACATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCg < 2:435771/244‑1 (MQ=255) cgccCGTGCTTTAACCG‑TA‑CCCA‑GGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCC‑AGATA‑TCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGTGC‑CAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCTGCCGAACAGTCGGTCTGCGGATCATCCTGAGTGGCTACTGCCTTCGCCTGGGCtt > 2:252412/1‑248 (MQ=255) cgccCGTGCTTTAACCG‑TA‑CCCA‑GGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCC‑AGATA‑TCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCtt > 2:224196/1‑248 (MQ=255) ccGTGC‑TTAACCC‑GA‑CCCAGGGGGGGAAGTAC‑CCCCCCCCCTTTCTTTTCCCC‑ATATA‑TCGAGATC‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCagct < 1:974624/250‑1 (MQ=255) ggtcctatAACCG‑CA‑CCCG‑GGCGGTCTGCAC‑CCCCCCCCCGTTTCTCCCCCC‑AGAAC‑GCGAGTGC‑CCGGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCagcta < 2:749069/243‑1 (MQ=255) cgctgcaaCGG‑TA‑CCCG‑CGCGGGCTATCC‑CCCCCCCCCCATTCTGTCCCCGAGA‑A‑GCGAGACC‑CCCCCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCagcta < 2:398962/242‑1 (MQ=255) cttAACCC‑TT‑CCCA‑GGCGGGCAGTAACCCCCCCCCCGTTTCTTTCCCC‑AAATA‑CCGGGAGG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTg < 2:961913/249‑1 (MQ=255) tacccgaccccA‑GGCGGGCAGCAC‑CCCCCGCCCGATTCTTCCCCC‑AGATA‑TCGAGAGG‑CCACCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGaa < 2:946384/241‑1 (MQ=255) gtccccG‑GGCGGGCAGTAC‑CCTCCGCCCGATTCTTCCCCC‑AGATA‑TCGAGATC‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCt < 1:857296/247‑1 (MQ=255) ccA‑GGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCC‑AGATA‑TCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCGTATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGtt > 1:325690/1‑249 (MQ=255) ccA‑GGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCC‑AGATA‑TCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAGAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGtt > 2:632570/1‑249 (MQ=255) cgggCGGGCAGTAC‑CCCCCGCCCGATTCTTCCCCA‑AGATA‑TCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCa < 1:582264/248‑1 (MQ=255) gCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCC‑AGATA‑TCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGc > 1:889041/1‑249 (MQ=255) | CGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCA‑CTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAG‑CAATTGGCGGGTTTG‑CTCGC‑GTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCG‑TA‑CCCA‑GGCGGGCAGTAA‑CCTCCGCCCGATTCTTTCCCC‑AGATA‑TCGAGATG‑CCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTA‑CCACGGGCCGGTCGTACCTGC‑GGCCGGATCGTTCAGAGC‑AAACGG‑CCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGC > NZ_CP009273/2221508‑2221989 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |