| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,995,399 | 0 | A | C | 33.8% | 157.8 / 13.0 | 78 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase sigma factor FliA/H48 family flagellin FliC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/7); new base C (0/26); total (44/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.84e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTTCCACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGCCAA > NZ_CP009273/1995150‑1995644 | gTTCCACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGaaaaaaa > 1:629154/1‑250 (MQ=255) ccACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑ccc > 2:274544/1‑250 (MQ=255) aCGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCccg < 2:605381/250‑1 (MQ=255) gggCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTTCAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGc > 1:899517/1‑250 (MQ=255) gCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCgg > 2:227394/1‑250 (MQ=255) aGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCggg > 1:274927/1‑249 (MQ=255) cTGAAGGCGAAATGTTTCGTGACGCCCAGGCGGGACATACCGCTGCCACGGCGGGTTTTTATCCATTACCCCTTCGGGGGTATAGAGTAAATTCACGATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGAGTTATGGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAATGAGGGGTTATTGGGGGTTTACAGGTAAATCCCAGGAAGAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGt < 1:122843/250‑1 (MQ=255) tGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGtt > 2:266393/1‑250 (MQ=255) gcgcAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGa > 1:975550/1‑250 (MQ=255) catggttgcGTGGCGCAGCGGGGGGACATAACCCTGCCTAAGCGGGGGTTGATACAGTACACCTTCAGGGGTATAGAGTGAATTCAGGATAAACA‑GCGATGCGTTATAGGAGTTATCGGCATTATTCTCCGTTTCTGGGGGGTTTTTAATGGGAAGATTGGGGGGGGAAGTGGGGGGTTTTTTGGGGGTTACAGATAAATTCAAGGCAAAAAAACC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaa < 2:66/242‑1 (MQ=255) cAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACa > 2:82741/1‑249 (MQ=255) aaTGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATACCGCTGCTACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGCTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGAAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGGGGCGGGGAAGAACGGTGCCGACaaa > 2:819553/1‑250 (MQ=255) cTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGGCCAATTgc > 2:71164/1‑250 (MQ=255) 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cATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGAACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGGTgcgg > 2:523357/1‑250 (MQ=255) ccGCTGCCACAGCGATTGTTTATCCATTACCCCTTCGGCGGTATAGAGTGAATTCACGAAAAACA‑GCCTTGCGTTATATGATTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGTTTATTGGGGGGTTACAGGTAAATCCCAGGCAGAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGt < 1:205388/248‑1 (MQ=255) ccACCGCGATTGTTTACCCATAACACCCTCAGCGTAATAGAGTGAATTCACAAAAAACA‑GCCCTGTTTTATATGTGTTATCGGCATGATTATCGGTTTCTGCGGGTTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTAAAATGGGGGTTTTTTTGGGGGTTACAGGTAAATCCCAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACg < 2:338940/248‑1 (MQ=255) ggtttttACCAATTACTCTTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACAATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGGTTTATCGGAATGATTATCCTTTTCGGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGGGGGTTTTTTTGGGGTTTACAGGTAAATCCCAGGCAGAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCgg < 1:554629/246‑1 (MQ=255) tttATCCATTACCCTTTCAGGGGTATAGAGGGAATTCACGATAAACA‑GCCTTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTACCCGTTTCTGCAGGTTTTTTAATGGGACGATTAGTGGGTGAAATGGGGGTTTATTGGGGGGTTACAGGAAAATTCCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCt < 1:22938/249‑1 (MQ=255) aTCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACa > 2:179792/1‑249 (MQ=255) 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agggggTATAGATGAAATTCACAATAAACA‑GCTCGTGTTTATATGATTTCTGGACATGATTACCCGTTTCTGCGGGTTTTTTAATGGGAAGATTAGGGGGTAAAAGGAGGGTTTTTTTGGGGTTAAGAGGAAAATCCAAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAAtt < 2:872450/245‑1 (MQ=255) cGGTATAGAGTGAATTCAAGATAAACA‑GCCCTGTTTTATAGGAGTTATCGGCATGATTTTCCTTTTCTGCGGGGTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTGAAAGGGGGGGTTATTGGGGGTTTACAGGAAAATCCCAGGCAGAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAAt < 1:684340/250‑1 (MQ=255) ggTATAGAGTGAATTCACGATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAAt > 1:669805/1‑249 (MQ=255) tataGAGTAAATTCCCGATAAACA‑GCCCGGCGTTATATGATTTAGCGGAATGTTTACCCTTTTCTGCAGGTTTTTAAACGGGACGTTTAGGGGGGAAAATGAGGGTTTATTTGGGGTTTACGGGAAAATTCAAGGAAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATaaa < 1:139199/250‑1 (MQ=37) ataGAGTGAATTCACGATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCAGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CTCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACCAATTGAGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCACCCAACATCTGCAAATTCAATAAAt > 2:774469/1‑250 (MQ=255) aagagTAAATTCACGAAAAACA‑GCCTTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTAAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAAC‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAAtt < 1:208359/249‑1 (MQ=255) 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GTTCCACGCTCGCGGGCAGTCGAACCTGCAGGCGCAATGCTTCGTGACGCACCAGCGGGACATAACGCTGCCACAGCGAGTGTTTATCCATTACACCTTCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACA‑GCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTGAAATGAGGGGTTATTTGGGGGTTACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAA‑CCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGCAATTTGGCGTTGCCGTCAGTCTCAGTTAATCAGGTTACAACGATTAACCCTGCAGCAGAGACAGAACCTGCTGCGGTACCTGGTTAGCTTTTGCCAA > NZ_CP009273/1995150‑1995644 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |