Read alignment evidence... | |||||||||||
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CCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCG‑CCGCCCGTGC‑TTTA‑ACCGTA‑CCCAGGC‑GGGCAGT‑AACCTCCGCCCGATTCTTT‑‑CCCCAGATA‑TC‑GAGATGCCA‑GCCCG‑CCGTTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTG‑CGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACA‑TTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCG > NZ_CP009273/2221507‑2222003 | ccGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCG‑CCGCCCGTGC‑TTTA‑ACCGTA‑CCCAGGC‑GGGCAGT‑AACCTc < 1:167255/249‑1 (MQ=255) 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cccGCA‑CCCGGGC‑GGGCATT‑ACCCCCCGCCCGTTTCTTC‑‑CCCCAGATA‑CC‑GAGATGCCA‑GCCCG‑CCGTTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTG‑CGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACA‑TTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATgc < 1:951171/249‑1 (MQ=255) tA‑CCCAGGC‑GGGCAGT‑AACCTCCGCCCGATTCTTT‑‑CCCCAGATA‑TC‑GAGATGCCA‑GCCCG‑CCGTTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTG‑CGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACA‑TTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTg > 1:975570/1‑250 (MQ=255) ccAGGC‑GGGCAGT‑AACCTCCGCCCGATTCTTT‑‑CCCCAGATA‑TC‑GAGATGCCA‑GCCCG‑CCGTTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTG‑CGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACA‑TTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGtt > 2:409728/1‑249 (MQ=255) aGGC‑GGGCATT‑ACCCTCCGCCCGATTCTTC‑‑CCCCAGATA‑CC‑GAGATGCCA‑GCCCG‑CCGTTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTG‑CGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACA‑TTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAg < 1:769255/250‑1 (MQ=255) c‑GGGCAGT‑AACCTCCGCCCGATTCTTT‑‑CCCCAGATA‑TC‑GAGATGCCA‑GCCCG‑CCGTTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTG‑CGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACA‑TTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCa > 2:2432/1‑250 (MQ=255) gCAGT‑ACCCCCCGCCGGATTCTTC‑‑CCCCAGATA‑TC‑GAGATGCCA‑GCCCG‑CCGTTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTG‑CGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACA‑TTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCt < 1:440119/250‑1 (MQ=255) tCCGCCCGATTCTTT‑‑CCCCAGATA‑TC‑GAGATGCCA‑GCCCG‑CCGTTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTG‑CGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACA‑TTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCg > 2:383693/1‑250 (MQ=255) | CCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCG‑CCGCCCGTGC‑TTTA‑ACCGTA‑CCCAGGC‑GGGCAGT‑AACCTCCGCCCGATTCTTT‑‑CCCCAGATA‑TC‑GAGATGCCA‑GCCCG‑CCGTTAAGCCAAAAGTACCG‑TTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTG‑CGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACA‑TTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCG > NZ_CP009273/2221507‑2222003 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |