Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP009273 | 2,738,448 | 0 | A | C | 33.0% | 218.7 / 23.4 | 105 | V84G (GTG→GGG) | trmD | tRNA (guanosine(37)‑N1)‑methyltransferase TrmD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (56/13); new base C (0/34); total (56/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-17 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTG‑CCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTT‑GCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACC‑TTTGCGCCT‑TCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCCGCCGTAAGGACGATCGTCCACGGTACGGTGCCGGTCATGCGTGAAGTCGCGAGGACTCCAGCTCTGGATGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATC > NZ_CP009273/2738199‑2738693 | gTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAATCAGCGTCATTGCTGGTAACTCACCACCACTGAGAACGTAATCGCCGATTGACCATTCTTCGTCAATTTCGGTTTGGATCACGCGCTCATCTATACCTTCGTAGCGACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTG‑CCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTT‑GCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCa > 1:643787/1‑250 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |