| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP009273 | 2,845,013 | 0 | T | G | 33.3% | 144.4 / 18.2 | 77 | G218G (GGT→GGG) | hypB | hydrogenase nickel incorporation protein HypB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/42); new base G (24/1); total (34/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.66e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGTTATTGAAGGCGACCAGCAAACCGTGAACGATGCCGCACGCATTCGCGCTACCGGCACACCAGCGATTCAGGTGAACACCGGTAAAGGCTGCCATCTTGACGCACAGATGATTGCCGACGCCGCACCGCGTCTGCCACTGGACGATAACGGTATTCTGTTTATCGAAAACGTTGGCAACCTCGTATGCCCGGCCAGCTTCGATCTCGGTGAAAAACACAAAGTGGCGGT‑GCTTTCCGTTA‑CCGAAGGTGAAGACAAACCACTG‑AAATATCCGCATATGTTTGCCGCCGCCTCGCTGATGCTGCTCA‑ACAAAGTTGA‑CCTGTTGCCGTA‑TCTCAACTTTGACGTTG‑AAAAGTGCATCGCCTGCGCCCGCGAAGTCAATCCAGAAATTGAAATCATCCTTATTTCCGCCACCAGCGGCGAAGGGATGGACCAGTGGCTGAACTGGCTGGAGACACAGCGATGTGCATAGGCGTTCCCGGCCAGATCCGCACCA > NZ_CP009273/2844764‑2845256 | aGTTATTGAAGGCGACCAGCAAACCGTGAACGATGCCGCACGCATTCGCGCTACCGGCACACCAGCGATTCAGGTGAACACCGGTAAAGGCTGCCATCTTGACGCACAGATGATTGCCGACGCCGCACCGCGTCTGCCACTGGACGATAACGGTATTCTGTTTATCGAAAACGTTGGCAACCTCGTATGCCCGGCCAGCTTCGATCTCGGTGAAAAACACAAAGTGGCGGT‑GCTTTCCGTTA‑CCGAAGGt < 2:532656/250‑1 (MQ=255) aGGCGACCAGCAAACCGTGAACGATGCCGCACGCATTCGCGCTACCGGCACACCAGCGATTCAGGTGAACACCGGTAAAGGCTGCCATCTTGACGCACAGATGATTGCCGACGCCGCACCGCGTCTGCCACTGGACGATAACGGTATTCTGTTTATCGAAAACGTTGGCAACCTCGTATGCCCGGCCAGCTTCGATCCCGGTGAAAAACACAAAGTGGCGGT‑GCCTTTCCTTT‑CCGCACGTggaagcaac > 2:94154/1‑242 (MQ=255) gCGACCAGCAAACCGTGAACGATGCCGCACGCATTCGCGCTACCGGCACACCAGCGATTCAGGTGAACACCGGTAAAGGCTGCCATCTTGACGCACAGATGATTGCCGACGCCGCACCGCGTCTGCCACTGGACGATAACGGTATTCTGTTTATCGAAAACGTTGGCAACCTCGTATGCCCGGCCAGCTTCGATCTCGGTGAAAAACACAAAGTGGCGGT‑GCTTTCCGTTA‑CCGAAGGTGAAGACAAAcc < 1:167463/250‑1 (MQ=255) ccAGCAAACCGTGAACGATGCCGCACGCATTCGCGCTACCGGCACACCAGCGATTCAGGTGAACACCGGTAAAGGCTGCCATCTTGACGCACAGATGATTGCCGACGCCGCACCGCGTCTGCCACTGGACGATAACGGTATTCTGTTTATCGAAAACGTTGGCAACCTCGTATGCCCGGCCAGCTTCGATCTCGGTGAAAAACACAAAGTGGCGGT‑GCTTTCCGTTA‑CCGAAGGTGAAGACAAACCACTg < 1:366923/250‑1 (MQ=255) 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ccGAAGGTGAAGACCAACCCCTG‑AAATATCCGCATATGTTTGCCGCCTCCTCGCTGATGCTGCTCA‑ACAAAGTTGA‑CCTGTTGCCGTA‑TCTCAACGTTGACGTTG‑AAAATTGCATCGCCTGCGCCCGCGAAGTCAATCCAGAAATTGAAATCATCCTTATTTCCGCCACCAGCGGCGAAGGGATGGACCAGTGGCTGAACTGGCTGGAGACACAGCTATGTGCATAGGCGTTCCCGGCCAGATCCGCAc < 2:921941/249‑1 (MQ=255) cGAAGGTGAAGACAAACCACTG‑AAATATCCGCATATGTTTGCCGCCGCCTCGCTGATGCTGCTCA‑ACAAAGTTGA‑CCTGTTGCCGTA‑TCTCAACTTTGACGTTG‑AAAAGTGCATCGCCTGCGCCCGCGAAGTCAATCCAGAAATTGAAATCATCCTTATTTCCGCCACCAGCGGCGAAGGGATGGACCAGTGGCTGAACTGGCTGGAGACACAGCGATGTGCATAGGCGTTCCCGGCCAGATCCGCACCa < 2:804832/250‑1 (MQ=255) | AGTTATTGAAGGCGACCAGCAAACCGTGAACGATGCCGCACGCATTCGCGCTACCGGCACACCAGCGATTCAGGTGAACACCGGTAAAGGCTGCCATCTTGACGCACAGATGATTGCCGACGCCGCACCGCGTCTGCCACTGGACGATAACGGTATTCTGTTTATCGAAAACGTTGGCAACCTCGTATGCCCGGCCAGCTTCGATCTCGGTGAAAAACACAAAGTGGCGGT‑GCTTTCCGTTA‑CCGAAGGTGAAGACAAACCACTG‑AAATATCCGCATATGTTTGCCGCCGCCTCGCTGATGCTGCTCA‑ACAAAGTTGA‑CCTGTTGCCGTA‑TCTCAACTTTGACGTTG‑AAAAGTGCATCGCCTGCGCCCGCGAAGTCAATCCAGAAATTGAAATCATCCTTATTTCCGCCACCAGCGGCGAAGGGATGGACCAGTGGCTGAACTGGCTGGAGACACAGCGATGTGCATAGGCGTTCCCGGCCAGATCCGCACCA > NZ_CP009273/2844764‑2845256 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |