| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,806,632 | 0 | C | T | 34.4% | 129.6 / 35.9 | 90 | S181L (TCG→TTG) | coaBC | bifunctional phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate‑‑cysteine ligase CoaBC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/50); new base T (31/0); total (40/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGG‑TAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGAAGCCGCCGTGAATGCTTC > NZ_CP009273/3806386‑3806881 | ctgcCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGG‑TAGCGCCTTTTTTGcc > 1:901106/1‑250 (MQ=255) ccGGAATGGCGAATGCCTTGGTACCGACGATTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGG‑TAGCGCATTTTTCGccc < 1:978676/248‑1 (MQ=255) gaaaTGGCGAAGGCCCTGTTATCGCCTTTTGGTCTGCCTACCCCTGCGCCTGTGGCCGTCCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGG‑TAGCGCATTTTTCGCCCGTCa < 2:119594/248‑1 (MQ=255) aagggcgatggcccTGGTATCGACTATTTGTCGGTCTACCCCCGCGCCTGTACCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGG‑TAGCGCATTTTTCGCCCGTCAAc < 1:798933/238‑1 (MQ=255) caaaTGACCTGGTATCGACGTTTTGTCGGGCTCCCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGG‑TAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCt < 1:341293/248‑1 (MQ=255) cGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGG‑GGACGCGTTTTTTTCCCCTCAACAAccc > 2:457476/1‑249 (MQ=255) aaTGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGG‑TAGCGCATTTTTTGCCCGTCACCGAcccg > 1:732710/1‑247 (MQ=255) 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CTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGG‑TAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCT‑GAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAACGTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGATGTGATGACCGCGCTGGAAATGGAAGCCGCCGTGAATGCTTC > NZ_CP009273/3806386‑3806881 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |