Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 429,105 | 0 | T | G | 32.6% | 104.2 / 15.2 | 92 | G65G (GGT→GGG) | ribD | bifunctional diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase/5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino)uracil reductase RibD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/40); new base G (23/6); total (46/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.35e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTCGAAGATATCAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCC‑AAA‑GGT‑GCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGC‑ACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTCAAGCGGATGCGCACCGGCTTTCC > NZ_CP009273/428857‑429350 | ttCGAAGATATCAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGG‑AAAAAGCC‑AAA‑GGT‑g > 1:570343/1‑250 (MQ=255) ttCGAAGATATCAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGGACACGCGTTGCGTATGGCGGGGG‑GAAAAACC‑AAA‑AGT‑g > 2:405719/1‑250 (MQ=255) cGAAGATATCAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCC‑AAA‑GGT‑Gc < 2:729660/249‑1 (MQ=255) cAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGG‑AAAAAACC‑AAA‑GGG‑GCGACCGccc > 1:423593/1‑247 (MQ=255) aGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCC‑AAA‑GGT‑GCGACCGCCTATGTc < 1:915283/250‑1 (MQ=255) gAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGG‑GAAAAACA‑CAA‑AGT‑GGGAACGCCCGTGTc > 2:786731/1‑249 (MQ=255) gAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGGGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGG‑AAAAAACC‑ACA‑AGA‑GCGACCCCCCATGTcc > 2:856336/1‑249 (MQ=255) aTTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGAC‑AAA‑GGG‑GGGACCGCCTATGTcacc > 2:334683/1‑249 (MQ=255) tttGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACAGGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCC‑AAA‑GGT‑GCGACCGCCTATGTCacac < 1:631003/250‑1 (MQ=255) cGAAGAGACCGCGCGCCGGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACAGGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGGGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCC‑AAA‑GGT‑GCGACCGCCTATGTCACACTCGaa < 2:942546/250‑1 (MQ=255) gAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTGTGACAAACC‑AAA‑‑GA‑GCGACCCCCCCTGACACACTccaca > 2:624952/1‑246 (MQ=255) gagaTCGCGCGCCGGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCC‑AAA‑GGT‑GCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCt < 1:369807/250‑1 (MQ=255) cgcgcCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCC‑AAA‑GGT‑GCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCca < 1:894548/250‑1 (MQ=255) 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ccTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGG‑AAAAAGCC‑CAA‑GGG‑GCGACCCCCTCTGTCCCACCCCAACCCTGTAGCcatcat > 1:680661/1‑250 (MQ=255) cTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCC‑AAA‑GGG‑GCGACCGCCTCTTTTCCACTCCAACCCCGTAGCCATCCTg > 1:883578/1‑250 (MQ=255) cTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCA‑CAA‑AGT‑GCGACCGCCTCTTTCACACTCGAACCCTGAAGCaatcatc > 1:748942/1‑249 (MQ=255) ggaggaCTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGG‑AAAAAACC‑AAA‑GGG‑GGGACCGCCCATGTCACACCCGAAACCCGTAGCCCTCCTggg > 1:225056/1‑249 (MQ=255) gaggaCTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCC‑AAA‑GGT‑GCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTc < 1:859651/250‑1 (MQ=255) aCTAAGCCGTGCAGGACGATTATTACATGGCGCGGGCGCTAAGGCTGGCGCAACGGGGACGTTTTACCACGCATCCCAGCCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGCCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCC‑AAA‑GGT‑GCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTAc < 1:468827/250‑1 (MQ=255) 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tATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAACC‑AAA‑AGG‑GCGACCGCCCATTTCACACCCGCACCCTGTAGCCATCCTGGTTGTCCGCCACCGTGCTGTGACGC‑Ac > 1:259123/1‑250 (MQ=255) gggCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCC‑AAA‑GGT‑GCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGC‑ACTCATCGCCGCTgg < 1:469112/250‑1 (MQ=255) cgcTAAAGCTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCC‑AAA‑GGT‑GCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGC‑ACTCATCGCCGCTGGCGt < 1:385807/250‑1 (MQ=255) 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cTGGCGCAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCC‑AAA‑GGG‑GCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCCTGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGC‑ACTCATCGCCGCTGGCGTAGcgcgcg > 1:719060/1‑250 (MQ=255) gcAACGAGGACGTTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAA‑CGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCC‑AAA‑GGT‑GCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGC‑ACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGtt < 1:907168/250‑1 (MQ=255) cAACGAGGACTTTTTACCACGCATCCCAACCCGAAGGTGGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTCCCCCCAA‑CGGGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAAGCC‑AAG‑GGT‑GCGACCGCCTATGTCACACTCGAACCCTGTAGCCATCATGGTCGTACGCCACCGTGCTGTGACGC‑ACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTg < 2:101587/250‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |