Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,659,062 | 0 | C | A | 34.5% | 102.6 / 14.4 | 55 | A37S (GCG→TCG) | gadX | acid resistance transcriptional activator GadX |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/8); new base A (0/19); total (28/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.91e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
AAAGATTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTGTGATGTTCTACGGG > NZ_CP009273/3658814‑3659301 | aaaGATTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGc > 2:131795/1‑249 (MQ=255) aaaGATTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGc > 1:22676/1‑249 (MQ=255) gATTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCaaa > 2:584032/1‑249 (MQ=255) ttAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAAc < 2:630119/250‑1 (MQ=255) aaTGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAAc > 2:467582/1‑248 (MQ=255) ttttACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCa < 2:133120/248‑1 (MQ=255) ttACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCg < 2:19297/249‑1 (MQ=255) gTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCAt > 1:246433/1‑249 (MQ=255) tttCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTaaaa > 2:8829/1‑248 (MQ=255) cTGCATAGCGAATATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTAAAAAACAGAAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAATATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTAAACACACTTATCTCCTCGATTTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGc < 1:698894/249‑1 (MQ=255) cATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGata > 2:165821/1‑250 (MQ=255) aTAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAg > 1:134874/1‑225 (MQ=255) tAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAgg < 2:134874/225‑1 (MQ=255) aGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAt > 2:589363/1‑250 (MQ=255) ttttCTTATTGTGCAATTGTTGCACACCTTCCTAAAAAACAGGAATATCTCTACGACAGGAATAAACGAGAAATGAAGAATCTTTTTTATGTACATGAAGTTTTAACGCCTCCCCCTTGAGCAGCGGAAAAAATAAAGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATAAAAAATTTACAACCCCCTTATCACCTCAAATTTGGCTTA‑CACCCGAAAAAACCGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAtt < 2:113711/248‑1 (MQ=255) gATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAt > 2:342372/1‑249 (MQ=255) ttATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGGGATGAACGAGTAATAAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAAAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACAAATAAAAAATTTACAACACACTTATCTCCTAGATTTTGGCTTC‑CACCCGAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAAcc < 1:497255/249‑1 (MQ=255) gtggcacAACTTCCTAAAAAACAGAAATTTCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAAAAACTTTTTTATGTGCAAGAATATTTAATCCCCCCTCCTTGAGCATGGGGAAAAATAATAAAAGCGTGCCCCTTGAAACAAAAAAAAAATTTTAAACCCACTTTTCTCCTCAATTTTGGTTTG‑CACCCGAAAAACCCAGTTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAatat < 1:319983/243‑1 (MQ=255) gTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGATTAATGAAGAATTTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATCCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAAAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACAAATAAAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGATTTTGGCTTG‑CATCCGAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAatata < 1:8829/250‑1 (MQ=255) ccTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTg > 1:244976/1‑249 (MQ=255) agAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAAAATCTTTTTTATGTGCATAAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATGGGGAGAAATAATAAAAGCGTCTCCTTTGACACAAATAAAAAATTTTCAACACATTTATCTCCTCAAATTTGGCTTG‑CACCCAAAAAACCCGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCAt < 2:669479/249‑1 (MQ=255) aaaaCAGAAATATCCACACAAAGGAGAAGAATGAGTAAAGAAGAAACTTTTTTATGTGAATGAAGATTTAACGCCCCCCCCGTGACCATCGGAAAAAAAAAATAAAGCGTGCCCGTTGACAAAAATAAAAAATTTTAAACCCATTTTCTTACTC‑AATTTGGCTTGCCCCCCAAAAAAACCGGTTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACg < 2:541436/250‑1 (MQ=255) aaCAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGc > 2:479922/1‑249 (MQ=255) aCAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCaa > 2:497776/1‑250 (MQ=255) aaTATCTCTCCTCAAGTGATGAAAGAGTAATGAAGAATTTTTTTTATGGGAATGAAGATTTAATGCCTCCTCTTTGGGAATGGGGAAAAATAATGAAAGCGTCTCCCTTGACACAAAAAAAAAATTTTCAACCCATTTCTCTACTCAATTTTGGCTTA‑CACCCAAAAAAACCGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGa < 1:273269/250‑1 (MQ=255) ctacAGTGATGAAGGAGTAATGAAGAATTTTTTTTATGTGCATGAAAATTTAATGCCCCCTCCTTGAGCATCGGGAAAAATAAGGAAAGCGTGTCCTTTGACACAAATAAAAAATTTTCAACACCCTTATCTACTCAATTTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGTTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCAt < 1:740006/250‑1 (MQ=255) ctacAGTGATAAACGAGTAATGAAGAAATTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATCCCTCCTCCTTGAGCATGGGAAAAAATAAGGAAAGCGTTTCCCTTGACACAAATAAAAATTTTTCAACACCCTTTTCTACTCAATTTTGGCTTG‑CATCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTcc < 1:70935/247‑1 (MQ=255) ctacAGTGATAAACGAGAAATAAAAAATCTTTTTTATGTGCATAAAATTTTAATGCCCCCTCCTTGGGCATCGGGAAAAATAATAAAAGCTTTTCCCTTAACACAAATAAAAAATTTTCAACACTCTTATCTCCTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGAAAAACCCAGTTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCAt < 1:275677/250‑1 (MQ=255) atgaACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGAt > 1:412472/1‑250 (MQ=255) tgaACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGAtt > 1:190671/1‑250 (MQ=255) gAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCa > 2:123413/1‑248 (MQ=255) aagaaACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACt > 1:405754/1‑249 (MQ=255) tttATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAAAAATAAAAAAAGCGTGTCCCTTAACACAAATAAAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCAATTTTGGCTTG‑CATCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACa < 1:611400/249‑1 (MQ=255) tttATGTACATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGAAGAAATAAGGAAAGCGTTTCCCTTAACACAAATAAAAAATTTTCACCCCACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CACCCGAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACa < 1:605422/249‑1 (MQ=255) tgggCATGAAGATTTAATGCCCCCCCCTTGAGCATCGGAAAAAATAAAGAAAGCGGTCCCCTTGACAAAAATAAAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGATTTTGGCTTG‑CATCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAAc < 1:190576/247‑1 (MQ=255) aattttAATGCCCCCCCCTGGAGAATGGGAAAAAAAAAGAAAAGCGTGCCCCTTAAAAAAAATAAAAAATTTTAAACACATTTATCTACTCAAATTGGGCTTG‑CACCCAAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGTCAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTg < 1:620748/247‑1 (MQ=255) gATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGt > 1:663183/1‑250 (MQ=255) gATTAAATACCTCCTCCTTTAGCAACGGGAGAAAAAATAAAGTCGTTTCCCTTAACACAAATAAAAATTTTACAACCCATTTATCACCTCAATTTTGGCTTG‑CACCCACAAAACCCAGGTCGCCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGt < 1:539526/250‑1 (MQ=255) ttttAATCCCTCCTCCTTGAGCATCGGAAAAAAAAATAAAGGCTTTCCCCTTGAAAAAAATAAAAAATTTCCAACACATTTATCTCCTCAATTTTGGCTTG‑CATCAGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGtt < 1:601919/249‑1 (MQ=255) ttAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTtta > 2:686819/1‑250 (MQ=255) atcccccctcctTGAGCCTCGGGAAAAATAATGAACGCGTCTCCCTTGACACAAATACAAATTTTTCACCACACTTATCTACCCAATTTTGGCTTG‑CACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTttatta < 1:175785/244‑1 (MQ=255) cccccccctGGAGCATGGGGAAAAAAAATAAAAGCGTTTCCCTTGACACAAATAAAAAATTTCCAACCCATTTATCTACTCGATTTTGGCTTG‑CACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAAt < 1:475484/243‑1 (MQ=255) ctcctTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAg > 1:683271/1‑249 (MQ=255) cctTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCAc > 2:608609/1‑250 (MQ=255) cctTGAGAATCGGAAAAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACAAATAAAAAATTTTCAACACACTTATCTCCTCGATTTTGGCTTG‑CACCCGAAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCAc < 1:683591/250‑1 (MQ=255) agaAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAg > 1:698450/1‑250 (MQ=255) ataatGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAACTTTTCAACACACTTATCTTCTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAATAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCTTTAACCATGGTGTGTATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTATTGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCa > 1:247023/1‑249 (MQ=255) aaatGAAAGCGTGTCCCTTGACACAAATAAAAAATTTTCAACACACTGATCACCTCGAATTTGGATGC‑CATCCACAAAAACCAGGTAACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCaaa < 1:132256/249‑1 (MQ=255) tCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGataaa > 1:122078/1‑249 (MQ=255) catcacaaaaaTACAAAATTTACAACACACTTATCTACTCGAATTTGTCTCA‑CATCCAAAAAAACAAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGAtaaataaa < 2:704546/241‑1 (MQ=255) gAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAAc > 1:154007/1‑249 (MQ=255) aaaTAAAAAATTTAAAACACACTTATCTACTCAAATTTGGCTTC‑CATCCGAAAAAACCAGGCCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACg < 1:131795/249‑1 (MQ=255) aaaaTTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCgg > 2:345952/1‑250 (MQ=255) ttttCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCTATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGgag > 1:510709/1‑249 (MQ=255) tATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAAt > 1:605561/1‑250 (MQ=255) tctttGGCTTG‑CATCCTCAAAAACCTTTTCTCCGCCATTAAATTTGCGATATTCACCATTAACCATGGTGTGATTATATTTATGTCTTGCATACGCTATTTGACAATTCCCATGTATTGTTTTCATAGTTGACTTAATATTACTTAAACATTTTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTTATTGATAAATAAATTTTAACGAAGCGGGAGAACTGTATGATAATGTGTGATGtt > 2:273744/3‑250 (MQ=255) ttG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTGTGATGTTCTACggg > 1:723526/1‑249 (MQ=255) | AAAGATTAATGCTCTTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTCTACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTCAACACACTTATCTACTCGAATTTGGCTTG‑CATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTGTGATGTTCTACGGG > NZ_CP009273/3658814‑3659301 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |